PDB-7bdz: X-ray structure of Hen Egg White Lysozyme with dirhodium tetraace...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bdz

タイトル

X-ray structure of Hen Egg White Lysozyme with dirhodium tetraacetate (1)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / Metallodrug / Metal/protein adduct / bimetallic compounds

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Loreto, D. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Unusual Structural Features in the Adduct of Dirhodium Tetraacetate with Lysozyme.
著者: Loreto, D. / Ferraro, G. / Merlino, A.

履歴

登録	2020年12月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bdz.cif.gz	47.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bdz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bdz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bdz_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bdz_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7bdz_validation.xml.gz	9.3 KB	表示
CIF形式データ	7bdz_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/7bdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bd/7bdz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7be0C 7be1C 7be2C 7bebC 7becC 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o4w-2 6ybi-d 4h91-d 1lz5-d 6qxw-d 6qxy-d 4j6q-d 6h0l-d 1h87-d 3txh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.964, 77.964, 37.291
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-351- HOH
2	1	AAA-414- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 147分子

#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-RH / Rhodium 分子量: 102.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Rh / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1M sodium acetate, 20% ethylene glicol, 0.6 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→25.48 Å / Num. obs: 8895 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 1.94→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 426 / CC_1/2: 0.808 / R_pim(I) all: 0.249

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193l

193l

解像度: 1.94→25.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 3.66 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2174	430	4.845 %
R_work	0.1562	8445	-
all	0.159	-	-
obs	-	8875	99.162 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.212 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.299 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.299 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.598 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→25.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	76	126	1203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	943
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.13	0.01	9
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.384	1.705	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.51	1.585	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.989	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.34	20.952	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.039	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.344	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	526
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	427
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.145	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.073	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.309	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.576	1.959	532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.443	1.934	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.088	2.903	659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.085	2.904	659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.526	2.333	564
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.524	2.332	565
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.896	3.401	826
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.894	3.401	827
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.886	24.427	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.884	24.433	1319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.99	0.243	34	0.208	593	X-RAY DIFFRACTION	98.1221
1.99-2.045	0.198	37	0.173	597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.045-2.104	0.244	26	0.163	583	X-RAY DIFFRACTION	100
2.104-2.169	0.261	21	0.16	571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.24	0.177	24	0.145	549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.318-2.406	0.238	28	0.142	519	X-RAY DIFFRACTION	99.8175
2.406-2.504	0.234	20	0.157	505	X-RAY DIFFRACTION	100
2.504-2.615	0.187	25	0.155	477	X-RAY DIFFRACTION	100
2.615-2.742	0.234	19	0.147	452	X-RAY DIFFRACTION	99.5772
2.742-2.89	0.253	19	0.145	453	X-RAY DIFFRACTION	99.5781
2.89-3.065	0.243	25	0.14	409	X-RAY DIFFRACTION	100
3.065-3.276	0.18	24	0.122	383	X-RAY DIFFRACTION	98.7864
3.537-3.873	0.17	21	0.138	338	X-RAY DIFFRACTION	98.6264
3.873-4.327	0.172	22	0.143	309	X-RAY DIFFRACTION	98.5119
4.327-4.992	0.311	18	0.175	266	X-RAY DIFFRACTION	97.931
6.101-8.576	0.229	10	0.218	187	X-RAY DIFFRACTION	95.6311

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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