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- PDB-7bcb: Crystal structure of the HTH DNA binding protein ArdK from R388 p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bcb
タイトルCrystal structure of the HTH DNA binding protein ArdK from R388 plasmid bound to IR3 DNA
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*A)-3')
  • KORA domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Helix Turn Helix / Direct repeat / Plasmid conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


Arc Repressor Mutant, subunit A - #2690 / TrfB transcriptional repressor protein / TrfB plasmid transcriptional repressor / : / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TrfB transcriptional repressor protein domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fernandez-Lopez, R. / Boer, D.R. / Moncalian, G.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-55534-C2-2-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPGC2018-093885-B-I00 スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of direct and inverted DNA sequence repeat recognition by helix-turn-helix transcription factors.
著者: Fernandez-Lopez, R. / Ruiz, R. / Del Campo, I. / Gonzalez-Montes, L. / Boer, D.R. / de la Cruz, F. / Moncalian, G.
履歴
登録2020年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年7月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_contact_author / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq_dif / symmetry
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.volume / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _software.version / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_ref_seq_dif.details / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Chirality error / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KORA domain-containing protein
B: KORA domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0634
ポリマ－36,0634
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.890, 77.220, 114.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 KORA domain-containing protein


分子量: 12518.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: R388 plasmid / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / プラスミド: pET29c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6I6B7
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5522.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*A)-3')


分子量: 5504.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% 10,000 polyethylene glycol, 0.1 M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→77.22 Å / Num. obs: 12277 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 61.38 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 1744 / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SCALACCP4 7.0.078データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660位相決定
MOSFLM7.2.2データ削減
Coot0.8.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BCA

7bca


解像度: 2.8→45.89 Å / SU ML: 0.504 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.7723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2983 465 4.78 %
Rwork0.2529 9273 -
obs0.2551 9738 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1501 731 0 0 2232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00592335
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77993306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0404376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.4014563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.210.46831470.36542970X-RAY DIFFRACTION94.89
3.21-4.040.30211570.26843039X-RAY DIFFRACTION96.27
4.04-45.890.25581610.21853264X-RAY DIFFRACTION98.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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