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万見
- PDB-7bc6: Cryo-EM structure of the outward open proton coupled folate trans... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bc6
タイトルCryo-EM structure of the outward open proton coupled folate transporter at pH 7.5
要素
  • Proton-coupled folate transporter
  • nanobody
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter folate proton symporter
機能・相同性
機能・相同性情報


folic acid:proton symporter activity / Metabolism of folate and pterines / Heme signaling / Iron uptake and transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folate import across plasma membrane / folic acid binding / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / basolateral plasma membrane ...folic acid:proton symporter activity / Metabolism of folate and pterines / Heme signaling / Iron uptake and transport / methotrexate transmembrane transporter activity / folate import across plasma membrane / folic acid binding / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / endosome membrane / endosome / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-coupled folate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Parker, J.L. / Deme, J.C. / Lea, S.M. / Newstead, S.
資金援助 英国, 10件
組織認可番号国
Wellcome Trust210536 英国
Wolfson FoundationWL160052 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust100298 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L000253/1 英国
Wellcome Trust219531 英国
Wellcome Trust215519 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M011984/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/S021043/1 英国
Wellcome Trust203741 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of antifolate recognition and transport by PCFT.
著者: Joanne L Parker / Justin C Deme / Gabriel Kuteyi / Zhiyi Wu / Jiandong Huo / I David Goldman / Raymond J Owens / Philip C Biggin / Susan M Lea / Simon Newstead /
要旨: Folates (also known as vitamin B9) have a critical role in cellular metabolism as the starting point in the synthesis of nucleic acids, amino acids and the universal methylating agent S- ...Folates (also known as vitamin B9) have a critical role in cellular metabolism as the starting point in the synthesis of nucleic acids, amino acids and the universal methylating agent S-adenylsmethionine. Folate deficiency is associated with a number of developmental, immune and neurological disorders. Mammals cannot synthesize folates de novo; several systems have therefore evolved to take up folates from the diet and distribute them within the body. The proton-coupled folate transporter (PCFT) (also known as SLC46A1) mediates folate uptake across the intestinal brush border membrane and the choroid plexus, and is an important route for the delivery of antifolate drugs in cancer chemotherapy. How PCFT recognizes folates or antifolate agents is currently unclear. Here we present cryo-electron microscopy structures of PCFT in a substrate-free state and in complex with a new-generation antifolate drug (pemetrexed). Our results provide a structural basis for understanding antifolate recognition and provide insights into the pH-regulated mechanism of folate transport mediated by PCFT.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / database_2
Item: _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12140
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proton-coupled folate transporter
B: nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8272
ポリマ－64,8272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2230 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Proton-coupled folate transporter


分子量: 51366.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: PCFT / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: E6Y8U5
#2: 抗体 nanobody


分子量: 13460.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lama glama (ラマ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of the outward open proton coupled folate transporter with nanobody at pH 7.5COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2proton-coupled folate transporterCOMPLEX#11RECOMBINANT
3nanobodyCOMPLEX#21NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)単位実験値
110.059331 MDaNO
21MEGADALTONSNO
31MEGADALTONSNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Gallus gallus (ニワトリ)9031
23Lama glama (ラマ)9844
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 59.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 174399 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0064278
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7355827
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.66598
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045671
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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