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- PDB-7bc1: Crystal structure of aldo-keto reductase from Agrobacterium tumef... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bc1
タイトルCrystal structure of aldo-keto reductase from Agrobacterium tumefaciens in a ternary complex with NADPH and glucose
要素Aryl-alcohol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase / NADPH / glucose / sulfoquinovose
機能・相同性
機能・相同性情報


6-dehydroglucose reductase / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 6-dehydroglucose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Snow, A. / Sharma, M. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Leverhulme TrustRPG-2017-190 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Oxidative desulfurization pathway for complete catabolism of sulfoquinovose by bacteria.
著者: Sharma, M. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / Snow, A.J.D. / Zhang, Y. / Jarva, M.A. / Mui, J.W. / Scott, N.E. / Saunders, E.C. / Mao, R. / Epa, R. / da Silva, B.M. / Pires, D.E.V. / Ascher, ...著者: Sharma, M. / Lingford, J.P. / Petricevic, M. / Snow, A.J.D. / Zhang, Y. / Jarva, M.A. / Mui, J.W. / Scott, N.E. / Saunders, E.C. / Mao, R. / Epa, R. / da Silva, B.M. / Pires, D.E.V. / Ascher, D.B. / McConville, M.J. / Davies, G.J. / Williams, S.J. / Goddard-Borger, E.D.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aryl-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2503
ポリマ－34,3261
非ポリマー9242
水4,125229
1
A: Aryl-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Aryl-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Aryl-alcohol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,7499
ポリマ－102,9783
非ポリマー2,7716
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10660 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area31130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.853, 82.853, 77.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Aryl-alcohol dehydrogenase


分子量: 34326.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア)
株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: Atu3278 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CEY6
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2328458 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.947571 % / 解説: Hexagonal plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M SPG 25% PEG 1500 In-drop protein concentration of 13 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→52.57 Å / Num. obs: 48238 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 14.7 / Num. measured all: 571667 / Scaling rejects: 68
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.5391.672161023960.7460.5821.771.499.9
8.22-52.5711.20.03235513160.9990.010.03365.699.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BBY

7bby


解像度: 1.5→52.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 2.001 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1945 2368 4.9 %RANDOM
Rwork0.1658 ---
obs0.1672 45844 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.16 Å2 / Biso mean: 21.006 Å2 / Biso min: 13.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å2-0.59 Å2-0 Å2
2---1.19 Å20 Å2
3---3.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→52.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 60 229 2467
Biso mean--24.12 31.59 -
残基数----295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132278
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.6433109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5321.5834934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0825293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.73122.52695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70715354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2491512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02477
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 178 -
Rwork0.332 3384 -
all-3562 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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