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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7bbs | |||||||||
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タイトル | Structure of Bg10: an alcohol-tolerant and glucose-stimulated B-glucosidase | |||||||||
![]() | Beta-glucosidase Bg10 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() scopolin beta-glucosidase activity / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maldaner Pereira, P.A. / Gomes-Pepe, E.S. / Silva, S.T.N. / Matias, P.M. / Lemos, E.G.M. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Bg10: an alcohol-tolerant and glucose-stimulated beta-glucosidase 著者: Maldaner Pereira, P.A. / Gomes-Pepe, E.S. / Silva, S.T.N. / Matias, P.M. / Lemos, E.G.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 420.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 288.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1gnxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54233.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 % / 解説: diamond-shaped plates |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% (v/v) PEG 3550, 250 mM potassium citrate, 4% (v/v) 1,5-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.3→112.13 Å / Num. obs: 33702 / % possible obs: 54.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.94 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 5.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.604 Å / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1686 / CC1/2: 0.584 / Rpim(I) all: 0.486 / Rrim(I) all: 0.809 / % possible all: 8.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1GNX 解像度: 2.3→112.13 Å / SU ML: 0.336 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.498 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→112.13 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.42353283856 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 17 - 484
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