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- PDB-7bbs: Structure of Bg10: an alcohol-tolerant and glucose-stimulated B-g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbs
タイトルStructure of Bg10: an alcohol-tolerant and glucose-stimulated B-glucosidase
要素Beta-glucosidase Bg10
キーワードHYDROLASE / Glucose-stimulated / GH1 family / metagenomics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-glucosidase Bg10
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Maldaner Pereira, P.A. / Gomes-Pepe, E.S. / Silva, S.T.N. / Matias, P.M. / Lemos, E.G.M.
資金援助 ブラジル, ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2011/10981-3 ブラジル
Foundation for Science and Technology (FCT)LISBOA-01-0145-FEDER-007660 ポルトガル
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of Bg10: an alcohol-tolerant and glucose-stimulated beta-glucosidase
著者: Maldaner Pereira, P.A. / Gomes-Pepe, E.S. / Silva, S.T.N. / Matias, P.M. / Lemos, E.G.M.
履歴
登録2020年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase Bg10
B: Beta-glucosidase Bg10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4662
ポリマ－108,4662
非ポリマー00
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area31330 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)92.432, 138.485, 114.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.466, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 17 through 323 or resid 341 through 484))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERHISA1 - 307
d_12ens_1SERPROA309 - 452
d_21ens_1SERPROB1 - 451

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase Bg10


分子量: 54233.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L3HS62, beta-glucosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 % / 解説: diamond-shaped plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% (v/v) PEG 3550, 250 mM potassium citrate, 4% (v/v) 1,5-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月13日
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→112.13 Å / Num. obs: 33702 / % possible obs: 54.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.94 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.604 Å / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1686 / CC1/2: 0.584 / Rpim(I) all: 0.486 / Rrim(I) all: 0.809 / % possible all: 8.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSMar 15, 2019データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GNX

1gnx


解像度: 2.3→112.13 Å / SU ML: 0.336 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.498
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 1716 5.09 %Random selection
Rwork0.228 31972 --
obs0.2301 33688 53.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→112.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7096 0 0 21 7117
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00187311
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52469999
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03961057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00361316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.95672579
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.42353283856 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.570340.415638X-RAY DIFFRACTION0.83
2.37-2.440.2653160.3074248X-RAY DIFFRACTION5.14
2.44-2.530.3518330.2869583X-RAY DIFFRACTION11.92
2.53-2.630.3751660.29631021X-RAY DIFFRACTION20.99
2.63-2.750.2936870.29181652X-RAY DIFFRACTION33.6
2.75-2.90.34241010.29212499X-RAY DIFFRACTION49.8
2.9-3.080.33021790.27813178X-RAY DIFFRACTION64.22
3.08-3.320.32092220.26323788X-RAY DIFFRACTION77.25
3.32-3.650.30122510.24384306X-RAY DIFFRACTION87.55
3.65-4.180.24362430.21364775X-RAY DIFFRACTION95.34
4.18-5.260.2422590.19534881X-RAY DIFFRACTION98.68
5.26-112.130.21492550.19435003X-RAY DIFFRACTION98.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7331777963780.1663030139330.0741011118991.00618976639-0.005748716874820.520359945127-0.08849710603620.01326728122170.000821768319397-0.0347893825970.0880285354547-0.1181657739510.009705030919790.06597340194560.0002730003728090.155619276271-0.04034338966140.0008782238603980.1115956963830.002970692913260.13390453156529.1644759133-25.188442488426.3396766891
20.6407178829760.0401475259112-0.2985272220331.066650755140.0279128762470.567322187908-0.0386976332582-0.054961324348-0.04178468373680.04782560437020.05843159695460.155572881244-0.0757414411247-0.0615377201793-0.01020777911960.122235575252-0.0350965210972-0.01794040655330.104520361688-0.000264027840140.081232466516838.389974108315.180994782525.3814896106
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 17 - 484

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
11(chain 'B' and resid 17 through 484)BB1 - 451
22(chain 'A' and resid 17 through 484)AA1 - 452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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