PDB-7bbp: Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homolog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bbp

タイトル

Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with H4K5acK8ac

要素

Histone H4
PH-interacting protein

キーワード

PROTEIN BINDING / PHIP / PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN INTERACTING PROTEIN / bromodomain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / insulin receptor binding / lysine-acetylated histone binding / regulation of protein phosphorylation / structural constituent of chromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in complex with H4K5acK8ac
著者: Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F.

履歴

登録	2020年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bbp.cif.gz	120.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bbp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bbp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bbp_validation.pdf.gz	489.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bbp_full_validation.pdf.gz	491.7 KB	表示
XML形式データ	7bbp_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	7bbp_validation.cif.gz	28.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/7bbp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mb3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gld-2 4phq-2 5i7c-d 2jtn-d 3i9y-d 3gld-3 3b2m-2 4w80-d 6js9-d 1jth-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4085070 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: PH-interacting protein

BBB: PH-interacting protein

CCC: PH-interacting protein

DDD: PH-interacting protein

FFF: Histone H4

GGG: Histone H4

ヘテロ分子

62.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: PH-interacting protein

DDD: PH-interacting protein

GGG: Histone H4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: PH-interacting protein

CCC: PH-interacting protein

FFF: Histone H4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.210, 58.310, 77.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.080, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	AAA	A	1316 - 1431	4 - 119
2	2	1	PHE	PHE	BBB	B	1316 - 1431	4 - 119
3	3	2	HIS	HIS	AAA	A	1316 - 1432	4 - 120
4	4	2	HIS	HIS	CCC	C	1316 - 1432	4 - 120
5	5	3	HIS	HIS	AAA	A	1316 - 1432	4 - 120
6	6	3	HIS	HIS	DDD	D	1316 - 1432	4 - 120
7	7	4	PHE	PHE	BBB	B	1316 - 1431	4 - 119
8	8	4	PHE	PHE	CCC	C	1316 - 1431	4 - 119
9	9	5	PHE	PHE	BBB	B	1316 - 1431	4 - 119
10	10	5	PHE	PHE	DDD	D	1316 - 1431	4 - 119
11	11	6	HIS	HIS	CCC	C	1316 - 1432	4 - 120
12	12	6	HIS	HIS	DDD	D	1316 - 1432	4 - 120

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11 分子量: 15156.185 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H4 分子量: 1001.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0VAS5
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.87 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% 2-propanol -- 0.2M ammonium acetate -- 0.1M tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→55.39 Å / Num. obs: 41404 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / Num. unique obs: 2999 / CC_1/2: 0.653

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MB3

3mb3

解像度: 1.99→55.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 5.021 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	2016	4.87 %
R_work	0.2055	39378	-
all	0.207	-	-
obs	-	41394	98.858 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.966 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.279 Å²	-0 Å²	0.545 Å²
2-	-	1.134 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.978 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→55.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4031	0	12	165	4208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.651	5596
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.305	1.581	8865
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.272	5	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.139	21.452	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.492	15	732
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.872	15	34
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	986
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.159	0.2	3136
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1882
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.127	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.269	3.857	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.229	3.852	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.63	5.753	2446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.634	5.754	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.889	4.359	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.888	4.36	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.999	6.354	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.998	6.355	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.564	43.967	4577
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.575	43.938	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.083	0.05	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.083	0.05	3861
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.092	0.05	3819
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.092	0.05	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.075	0.05	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.092	0.05	3740

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0825	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0825	0.05008
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08314	0.05008
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08314	0.05008
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09219	0.05008
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09219	0.05008
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0917	0.05008
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0917	0.05008
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0755	0.05008
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0755	0.05008
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09198	0.05008
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09198	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.042	0.345	136	0.304	2856	X-RAY DIFFRACTION	98.8437
2.042-2.097	0.298	133	0.292	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.0489
2.097-2.158	0.32	155	0.275	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.1421
2.158-2.225	0.287	147	0.247	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.1447
2.225-2.298	0.262	134	0.236	2581	X-RAY DIFFRACTION	98.9792
2.298-2.378	0.323	122	0.237	2533	X-RAY DIFFRACTION	98.9564
2.378-2.468	0.261	120	0.232	2407	X-RAY DIFFRACTION	98.7495
2.468-2.568	0.293	123	0.225	2332	X-RAY DIFFRACTION	99.3123
2.568-2.682	0.253	105	0.213	2243	X-RAY DIFFRACTION	98.9882
2.682-2.813	0.22	113	0.198	2121	X-RAY DIFFRACTION	99.1567
2.813-2.965	0.247	119	0.202	2022	X-RAY DIFFRACTION	98.9829
2.965-3.145	0.241	106	0.217	1885	X-RAY DIFFRACTION	96.6505
3.145-3.361	0.276	88	0.216	1830	X-RAY DIFFRACTION	99.4298
3.361-3.63	0.23	79	0.201	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.4448
3.63-3.976	0.185	72	0.182	1572	X-RAY DIFFRACTION	99.0361
3.976-4.444	0.195	77	0.168	1389	X-RAY DIFFRACTION	98.0602
4.444-5.128	0.182	61	0.155	1243	X-RAY DIFFRACTION	97.4589
5.128-6.273	0.244	64	0.187	1074	X-RAY DIFFRACTION	99.4755
6.273-8.842	0.192	41	0.176	833	X-RAY DIFFRACTION	98.2022
8.842-55.39	0.226	21	0.184	489	X-RAY DIFFRACTION	99.2218

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関連情報:EMDBヘッダ

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