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万見
- PDB-7bbb: Solution structure of C-terminal RecA and RRM domains of the DEAD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bbb
タイトルSolution structure of C-terminal RecA and RRM domains of the DEAD box helicase DbpA
要素ATP-dependent RNA helicase DbpA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / DEAD box helicase / ribosome biogenesis / RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA/RNA helicase activity / 3'-5' RNA helicase activity / ADP binding / ribosomal large subunit assembly / RNA helicase activity / rRNA binding / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent RNA helicase DbpA / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain ...ATP-dependent RNA helicase DbpA / DEAD box helicase DbpA/CsdA, RNA-binding domain / DbpA RNA binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DbpA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Wurm, J.P. / Sprangers, R.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)616052 ドイツ
German Research Foundation (DFG)WU 988/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the activation of the DEAD-box RNA helicase DbpA by the nascent ribosome.
著者: Wurm, J.P. / Glowacz, K.A. / Sprangers, R.
履歴
登録2020年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DbpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0141
ポリマ－27,0141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13770 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DbpA


分子量: 27014.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Two nonnative glycine residues were introduced at the N-terminus during the cloning procedure
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: dbpA, b1343, JW1337 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P21693, RNA helicase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
114isotropic13D HNH NOESY
125isotropic13D HN(CA)CB
135isotropic13D HNCO
145isotropic13D HN(COCA)CB
155isotropic13D HNCA
1115isotropic13D HN(CA)CO
1105isotropic13D H(CCO)NH
195isotropic13D H(CCO)NH
182isotropic13D CCH NOESY
174isotropic13D HCH NOESY
164isotropic13D CNH NOESY
1122isotropic13D HCH NOESY
1131isotropic13D HNH NOESY
1143isotropic12D 1H-13C HSQC
1154isotropic13D CCH NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.8 mM U-2H;U-15N;NA-Y;methyl13C1H-ILMVAT DbpA residues 209-457, 20 mM Arginine/Glutamate, 20 mM HEPES, 250 mM NaCl, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2OILMVATY_H2O95% H2O/5% D2O
solution20.8 mM U-2H;U-15N;NA-Y;methyl13C1H-ILMVAT DbpA residues 209-457, 20 mM Arginine/Glutamate, 20 mM HEPES, 250 mM NaCl, 1 mM DTT, 100% D2OILMVATY_D2O100% D2O
solution30.74 mM [U-10% 13C] DbpA residues 209-457, 20 mM Arginine/Glutamate, 20 mM HEPES, 250 mM NaCl, 1 mM DTT, 100% D2O13C_10%100% D2O
solution40.8 mM U-2H;U-15N;methyl13C1H-ILMVA DbpA residues 209-457, 20 mM Arginine/Glutamate, 20 mM HEPES, 250 mM NaCl, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2OILMVA_H2O95% H2O/5% D2O
solution50.74 mM U-13C; U-15N; U-2H;U-13C/U-2H/methyl-1H ILV DbpA residues 209-457, 20 mM Arginine/Glutamate, 20 mM HEPES, 250 mM NaCl, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O2H13C15N_H2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMDbpA residues 209-457U-2H;U-15N;NA-Y;methyl13C1H-ILMVAT1
20 mMArginine/Glutamatenatural abundance1
20 mMHEPESnatural abundance1
250 mMNaClnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.8 mMDbpA residues 209-457U-2H;U-15N;NA-Y;methyl13C1H-ILMVAT2
20 mMArginine/Glutamatenatural abundance2
20 mMHEPESnatural abundance2
250 mMNaClnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.74 mMDbpA residues 209-457[U-10% 13C]3
20 mMArginine/Glutamatenatural abundance3
20 mMHEPESnatural abundance3
250 mMNaClnatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
0.8 mMDbpA residues 209-457U-2H;U-15N;methyl13C1H-ILMVA4
20 mMArginine/Glutamatenatural abundance4
20 mMHEPESnatural abundance4
250 mMNaClnatural abundance4
1 mMDTTnatural abundance4
0.74 mMDbpA residues 209-457U-13C; U-15N; U-2H;U-13C/U-2H/methyl-1H ILV5
20 mMArginine/Glutamatenatural abundance5
20 mMHEPESnatural abundance5
250 mMNaClnatural abundance5
1 mMDTTnatural abundance5
試料状態イオン強度: 290 mM / Label: condition_1 / pH: 7.3 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.5Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKY1.414W. Leepeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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