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- PDB-7bb4: Crystal structure of perdeuterated PLL lectin in complex with L-fucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bb4
タイトルCrystal structure of perdeuterated PLL lectin in complex with L-fucose
要素PLL lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Complex / propeller
機能・相同性Protein of unknown function DUF346 / Repeat of unknown function (DUF346) / alpha-L-fucopyranose / beta-L-fucopyranose / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus laumondii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other private フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Visualization of hydrogen atoms in a perdeuterated lectin-fucose complex reveals key details of protein-carbohydrate interactions.
著者: Gajdos, L. / Blakeley, M.P. / Kumar, A. / Wimmerova, M. / Haertlein, M. / Forsyth, V.T. / Imberty, A. / Devos, J.M.
履歴
登録2020年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLL lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,92317
ポリマ－41,9451
非ポリマー1,97816
水10,683593
1
A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子

A: PLL lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,69268
ポリマ－167,7804
非ポリマー7,91264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area25800 Å2
ΔGint23 kcal/mol
Surface area44960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.839, 88.302, 158.331
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-641-

HOH

21A-920-

HOH

31A-1020-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PLL lectin


分子量: 41944.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus laumondii (バクテリア)
遺伝子: CKY10_20885 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A329WTS5
#2: 糖
ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Na/K tartrate dissolved in D2O, co-crystallized with 50 mM L-fucose dissolved in D2O

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→56 Å / Num. obs: 55209 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.36 / Num. unique obs: 2949 / CC1/2: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5c9o

5c9o


解像度: 1.7→45.82 Å / SU ML: 0.1811 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.6421
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1993 2785 5.05 %
Rwork0.1717 52329 -
obs0.1731 55114 97.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2750 0 131 593 3474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063118
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87924303
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0582499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.60342797
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.24141420.2082620X-RAY DIFFRACTION99.03
1.73-1.760.23821420.19632628X-RAY DIFFRACTION99.35
1.76-1.790.23171430.19372622X-RAY DIFFRACTION99.25
1.79-1.830.21351340.18882616X-RAY DIFFRACTION98.92
1.83-1.870.2671630.20772625X-RAY DIFFRACTION98.8
1.87-1.910.2751320.23552573X-RAY DIFFRACTION96.4
1.91-1.960.30891310.2952465X-RAY DIFFRACTION93.52
1.96-2.020.19661330.18542606X-RAY DIFFRACTION98.1
2.02-2.070.21611280.16792676X-RAY DIFFRACTION99.4
2.07-2.140.18431300.16782629X-RAY DIFFRACTION98.68
2.14-2.220.18951370.18692626X-RAY DIFFRACTION98.43
2.22-2.310.27841430.27682607X-RAY DIFFRACTION98.25
2.31-2.410.20731370.17742612X-RAY DIFFRACTION98.18
2.41-2.540.19691240.16642500X-RAY DIFFRACTION92.82
2.54-2.70.191400.16062679X-RAY DIFFRACTION99.3
2.7-2.910.19541510.15622650X-RAY DIFFRACTION98.94
2.91-3.20.15281580.13222636X-RAY DIFFRACTION98.87
3.2-3.660.18791100.13882565X-RAY DIFFRACTION93.17
3.66-4.610.15881440.12792696X-RAY DIFFRACTION98.24
4.61-45.820.16831630.15362698X-RAY DIFFRACTION94.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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