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- PDB-7bb3: Structure of S. pombe YG-box oligomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bb3
タイトルStructure of S. pombe YG-box oligomer
要素Survival motor neuron-like protein 1,Survival motor neuron-like protein 1
キーワードSPLICING / UsnRNP / Biogenesis / SMN / Oligomerization
機能・相同性SMN complex subunit Smn1 / : / SMN complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / spliceosomal snRNP assembly / RNA binding / nucleus / SMN complex subunit smn1
機能・相同性情報
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.158 Å
データ登録者Veepaschit, J. / Grimm, C. / Fischer, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Fi573/7-2, 8-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Identification and structural analysis of the Schizosaccharomyces pombe SMN complex.
著者: Veepaschit, J. / Viswanathan, A. / Bordonne, R. / Grimm, C. / Fischer, U.
履歴
登録2020年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Survival motor neuron-like protein 1,Survival motor neuron-like protein 1
B: Survival motor neuron-like protein 1,Survival motor neuron-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7976
ポリマ－16,3242
非ポリマー4734
水543
1
A: Survival motor neuron-like protein 1,Survival motor neuron-like protein 1
B: Survival motor neuron-like protein 1,Survival motor neuron-like protein 1
ヘテロ分子

A: Survival motor neuron-like protein 1,Survival motor neuron-like protein 1
B: Survival motor neuron-like protein 1,Survival motor neuron-like protein 1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Mutating the serine and the alanine residues within the serine-motif (KxxxSWxxAxxxT) results in perfect YG-box-dimeric-units in solution (SAXS data), showing that the serine-motif is ...根拠: SAXS, Mutating the serine and the alanine residues within the serine-motif (KxxxSWxxAxxxT) results in perfect YG-box-dimeric-units in solution (SAXS data), showing that the serine-motif is exclusively involved in multimerization of dimers and is located in an interface distinct from the YG-motif.
  • 33.6 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,59312
ポリマ－32,6484
非ポリマー9458
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_455x-1/2,-y+1/2,-z1
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area9580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.190, 83.710, 160.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Survival motor neuron-like protein 1,Survival motor neuron-like protein 1


分子量: 8162.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: smn1, yab8, SPAC2G11.08c / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09808
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 65 % 2-methylpentanediol, 80 mM KCl, 40 mM HEPES / PH範囲: 6.8-7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976251 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月25日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976251 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.158→40.493 Å / Num. obs: 10282 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 46.47 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1046 / Rpim(I) all: 0.04472 / Rrim(I) all: 0.1142 / Net I/σ(I): 10.85
反射 シェル解像度: 2.158→2.235 Å / Rmerge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 1010 / CC1/2: 0.708 / CC star: 0.911 / Rpim(I) all: 0.3344 / Rrim(I) all: 0.8907 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.1_3469精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RG5

4rg5


解像度: 2.158→40.493 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 37.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2919 531 5.17 %
Rwork0.2567 9732 -
obs0.2586 10263 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 178.82 Å2 / Biso min: 33.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.158→40.493 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数892 0 88 3 983
Biso mean--81.08 54.93 -
残基数----108
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1582-2.37530.35071230.3412375100
2.3753-2.7190.3011400.2877240799
2.719-3.42530.33831210.27222432100
3.4253-40.4930.27021470.2336251899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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