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- PDB-7bau: A de novo pentameric coiled-coil assembly: CC-Type2-(TgIaId)4-W19... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bau
タイトルA de novo pentameric coiled-coil assembly: CC-Type2-(TgIaId)4-W19BrPhe.
要素CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / alpha / helical / barrel (樽) / pentamer
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Martin, F.J.O. / Dawson, W.M. / Shelley, K. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号
European Research Council (ERC)340764 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB R00661X 1 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / : 2021
タイトル: Coiled coils 9-to-5: rational de novo design of alpha-helical barrels with tunable oligomeric states.
著者: Dawson, W.M. / Martin, F.J.O. / Rhys, G.G. / Shelley, K.L. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2020年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / struct
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.pdbx_center_of_mass_x / _struct.pdbx_center_of_mass_y / _struct.pdbx_center_of_mass_z
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
B: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
C: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
D: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
E: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
F: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
G: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
H: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
I: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
J: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,94810
ポリマ-33,94810
非ポリマー00
3,315184
1
A: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
B: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
C: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
D: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
E: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9745
ポリマ-16,9745
非ポリマー00
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
2
F: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
G: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
H: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
I: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.
J: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9745
ポリマ-16,9745
非ポリマー00
905
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area9050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.597, 53.446, 56.156
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26G
17A
27H
18A
28I
19A
29J
110B
210C
111B
211D
112B
212E
113B
213F
114B
214G
115B
215H
116B
216I
117B
217J
118C
218D
119C
219E
120C
220F
121C
221G
122C
222H
123C
223I
124C
224J
125D
225E
126D
226F
127D
227G
128D
228H
129D
229I
130D
230J
131E
231F
132E
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240H
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143H
243I
144H
244J
145I
245J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUILEILEAA2 - 283 - 29
21GLUGLUILEILEBB2 - 283 - 29
12GLUGLUILEILEAA2 - 283 - 29
22GLUGLUILEILECC2 - 283 - 29
13GLYGLYILEILEAA1 - 282 - 29
23GLYGLYILEILEDD1 - 282 - 29
14GLYGLYILEILEAA1 - 282 - 29
24GLYGLYILEILEEE1 - 282 - 29
15GLUGLUILEILEAA2 - 283 - 29
25GLUGLUILEILEFF2 - 283 - 29
16GLYGLYILEILEAA1 - 282 - 29
26GLYGLYILEILEGG1 - 282 - 29
17GLYGLYILEILEAA1 - 282 - 29
27GLYGLYILEILEHH1 - 282 - 29
18GLYGLYILEILEAA1 - 282 - 29
28GLYGLYILEILEII1 - 282 - 29
19GLYGLYILEILEAA1 - 282 - 29
29GLYGLYILEILEJJ1 - 282 - 29
110GLUGLUGLYGLYBB2 - 303 - 31
210GLUGLUGLYGLYCC2 - 303 - 31
111GLUGLULYSLYSBB2 - 293 - 30
211GLUGLULYSLYSDD2 - 293 - 30
112GLUGLULYSLYSBB2 - 293 - 30
212GLUGLULYSLYSEE2 - 293 - 30
113GLUGLUGLYGLYBB2 - 303 - 31
213GLUGLUGLYGLYFF2 - 303 - 31
114GLUGLULYSLYSBB2 - 293 - 30
214GLUGLULYSLYSGG2 - 293 - 30
115GLUGLULYSLYSBB2 - 293 - 30
215GLUGLULYSLYSHH2 - 293 - 30
116GLUGLULYSLYSBB2 - 293 - 30
216GLUGLULYSLYSII2 - 293 - 30
117GLUGLULYSLYSBB2 - 293 - 30
217GLUGLULYSLYSJJ2 - 293 - 30
118GLUGLULYSLYSCC2 - 293 - 30
218GLUGLULYSLYSDD2 - 293 - 30
119GLUGLULYSLYSCC2 - 293 - 30
219GLUGLULYSLYSEE2 - 293 - 30
120GLUGLUGLYGLYCC2 - 303 - 31
220GLUGLUGLYGLYFF2 - 303 - 31
121GLUGLULYSLYSCC2 - 293 - 30
221GLUGLULYSLYSGG2 - 293 - 30
122GLUGLULYSLYSCC2 - 293 - 30
222GLUGLULYSLYSHH2 - 293 - 30
123GLUGLULYSLYSCC2 - 293 - 30
223GLUGLULYSLYSII2 - 293 - 30
124GLUGLULYSLYSCC2 - 293 - 30
224GLUGLULYSLYSJJ2 - 293 - 30
125GLYGLYGLYGLYDD1 - 302 - 31
225GLYGLYGLYGLYEE1 - 302 - 31
126GLUGLULYSLYSDD2 - 293 - 30
226GLUGLULYSLYSFF2 - 293 - 30
127GLYGLYGLYGLYDD1 - 302 - 31
227GLYGLYGLYGLYGG1 - 302 - 31
128GLYGLYGLYGLYDD1 - 302 - 31
228GLYGLYGLYGLYHH1 - 302 - 31
129GLYGLYGLYGLYDD1 - 302 - 31
229GLYGLYGLYGLYII1 - 302 - 31
130GLYGLYGLYGLYDD1 - 302 - 31
230GLYGLYGLYGLYJJ1 - 302 - 31
131GLUGLULYSLYSEE2 - 293 - 30
231GLUGLULYSLYSFF2 - 293 - 30
132GLYGLYGLYGLYEE1 - 302 - 31
232GLYGLYGLYGLYGG1 - 302 - 31
133GLYGLYGLYGLYEE1 - 302 - 31
233GLYGLYGLYGLYHH1 - 302 - 31
134GLYGLYGLYGLYEE1 - 302 - 31
234GLYGLYGLYGLYII1 - 302 - 31
135GLYGLYGLYGLYEE1 - 302 - 31
235GLYGLYGLYGLYJJ1 - 302 - 31
136GLUGLULYSLYSFF2 - 293 - 30
236GLUGLULYSLYSGG2 - 293 - 30
137GLUGLULYSLYSFF2 - 293 - 30
237GLUGLULYSLYSHH2 - 293 - 30
138GLUGLULYSLYSFF2 - 293 - 30
238GLUGLULYSLYSII2 - 293 - 30
139GLUGLULYSLYSFF2 - 293 - 30
239GLUGLULYSLYSJJ2 - 293 - 30
140GLYGLYGLYGLYGG1 - 302 - 31
240GLYGLYGLYGLYHH1 - 302 - 31
141GLYGLYGLYGLYGG1 - 302 - 31
241GLYGLYGLYGLYII1 - 302 - 31
142GLYGLYGLYGLYGG1 - 302 - 31
242GLYGLYGLYGLYJJ1 - 302 - 31
143GLYGLYGLYGLYHH1 - 302 - 31
243GLYGLYGLYGLYII1 - 302 - 31
144GLYGLYGLYGLYHH1 - 302 - 31
244GLYGLYGLYGLYJJ1 - 302 - 31
145GLYGLYGLYGLYII1 - 302 - 31
245GLYGLYGLYGLYJJ1 - 302 - 31

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.


分子量: 3394.835 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 650 mM peptide, 1.0 M Ammonium formate 50 mM Sodium HEPES
Temp details: 20 degC incubator

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→40.63 Å / Num. obs: 42429 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
7.79-40.610.10.0773010.9980.0250.081
1.42-1.4510.53.39621710.4961.0833.56896.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PND
解像度: 1.42→40.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.512 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0894 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 2341 5.2 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.179 42429 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.72 Å2 / Biso mean: 18.766 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å2-0 Å20.33 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.42→40.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2271 0 0 184 2455
Biso mean---28.78 -
残基数----305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132277
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0182465
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5551.6592983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg11.2781.5975700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4475267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5428.36161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89915491
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02310
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.17134742
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev position (Å)
11A7710.11
12B7710.11
21A7430.16
22C7430.16
31A7590.15
32D7590.15
41A7950.1
42E7950.1
51A7400.16
52F7400.16
61A7950.11
62G7950.11
71A8040.07
72H8040.07
81A7590.14
82I7590.14
91A7950.09
92J7950.09
101B7760.16
102C7760.16
111B7670.17
112D7670.17
121B7890.14
122E7890.14
131B7770.16
132F7770.16
141B8310.08
142G8310.08
151B8000.12
152H8000.12
161B7670.17
162I7670.17
171B7920.13
172J7920.13
181C8130.1
182D8130.1
191C7710.18
192E7710.18
201C8330.07
202F8330.07
211C7630.17
212G7630.17
221C7640.16
222H7640.16
231C7980.12
232I7980.12
241C7680.17
242J7680.17
251D8040.16
252E8040.16
261D8150.07
262F8150.07
271D7950.17
272G7950.17
281D7870.17
282H7870.17
291D8520.07
292I8520.07
301D7980.16
302J7980.16
311E7720.17
312F7720.17
321E8260.14
322G8260.14
331E8290.12
332H8290.12
341E8050.16
342I8050.16
351E8740.06
352J8740.06
361F7780.16
362G7780.16
371F7770.17
372H7770.17
381F8120.11
382I8120.11
391F7810.18
392J7810.18
401G8290.12
402H8290.12
411G7940.17
412I7940.17
421G8270.14
422J8270.14
431H7880.16
432I7880.16
441H8260.12
442J8260.12
451I8000.16
452J8000.16
LS精密化 シェル解像度: 1.422→1.459 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 191 -
Rwork0.275 3070 -
all-3261 -
obs--96.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.0762-3.21193.05171.3532-0.79921.22630.01760.0946-0.1106-0.10590.01440.09350.0932-0.1206-0.0320.0269-0.0138-0.01780.0459-0.01640.041540.4887-6.517619.4591
213.5515-3.108-0.54692.75550.15852.05050.03010.15780.0903-0.06880.0026-0.0850.02130.1142-0.03260.0030.00240.00040.0141-0.00520.005639.66572.529516.8276
314.7451-0.0832-3.57250.51670.09881.61610.04290.17430.19050.01350.0038-0.0361-0.13090.0207-0.04670.0233-0.0059-0.0060.0131-0.0050.014239.80027.193524.6159
414.03232.48592.79641.1490.33021.2950.0398-0.3871-0.17920.0701-0.0414-0.06610.1128-0.01210.00160.02620.01350.00150.020.00130.035440.1443-7.312928.0819
515.44834.4021-1.80841.4906-0.46650.77620.0381-0.0895-0.05520.10720.0010.01110.0094-0.0364-0.03910.03970.01130.00950.00850.00740.019940.29481.570131.702
614.60190.32583.51920.7880.11621.54370.02940.227-0.2564-0.00520.02120.0430.1355-0.0123-0.05050.0252-0.01010.00240.0142-0.00110.009720.9954-5.0763-3.5039
714.3586-3.44370.56072.6782-0.09962.00440.00730.1676-0.1846-0.07320.01920.121-0.025-0.1353-0.02650.0040.0018-0.00130.01960.00530.00820.6372-0.2971-11.3119
815.005-2.9533-3.25691.18120.68911.25110.01840.21640.1777-0.09730.004-0.0942-0.07970.0796-0.02240.0281-0.01480.00950.04830.01390.046620.11858.7987-8.8353
914.53372.4151-3.04591.0458-0.3321.44560.035-0.29490.13760.0396-0.03790.0469-0.10920.00150.00290.01850.0085-0.0060.01230.00080.038121.20029.5124-0.307
1015.18934.28691.5711.46980.64290.8514-0.0151-0.00190.07470.09190.0409-0.0132-0.00190.0601-0.02580.04590.0111-0.0130.0088-0.00310.016920.78390.55033.4419
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 31
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 31
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 31
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8H0 - 30
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 31
10X-RAY DIFFRACTION10J0 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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