ソフトウェア 名称 バージョン 分類 Aimless0.7.4データスケーリング REFMAC5.8.0258精密化 PDB_EXTRACT3.25 データ抽出 Aimlessデータ削減 SHELXCD位相決定
精密化 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度 : 1.1→39.65 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.971 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.963 / SU B : 1.669 / SU ML : 0.033 / SU R Cruickshank DPI : 0.0364 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.036 / ESU R Free : 0.038 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2118 2893 5.1 % RANDOM Rwork 0.181 - - - obs 0.1826 53567 99.98 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.7 Å / 減衰半径 : 0.7 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 54.07 Å2 / Biso mean : 13.836 Å2 / Biso min : 7.07 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.98 Å2 0 Å2 -0 Å2 2- - -0.16 Å2 -0 Å2 3- - - -0.83 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.1→39.65 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1138 0 0 185 1323 Biso mean - - - 23.56 - 残基数 - - - - 154
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.014 0.013 1159 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 1261 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.705 1.655 1521 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg11.142 1.596 2919 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg2.709 5 139 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg37.472 29.194 31 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg13.299 15 255 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.07 0.2 183 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.02 1127 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.002 0.02 157 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr8.087 3 2420
Refine LS restraints NCS Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Weight position : 0.05
大きな表を表示 (5 x 20) 大きな表を隠す Ens-ID Dom-ID Auth asym-ID 数 Rms dev position (Å)1 1 A834 0.09 1 2 B834 0.09 2 1 A812 0.11 2 2 C812 0.11 3 1 A824 0.09 3 2 D824 0.09 4 1 A829 0.1 4 2 E829 0.1 5 1 B818 0.1 5 2 C818 0.1 6 1 B812 0.1 6 2 D812 0.1 7 1 B822 0.09 7 2 E822 0.09 8 1 C814 0.1 8 2 D814 0.1 9 1 C802 0.12 9 2 E802 0.12 10 1 D813 0.12 10 2 E813 0.12
LS精密化 シェル 解像度 : 1.1→1.129 Å / Rfactor Rfree error : 0 / 反射数 %反射 Rfree 217 - Rwork 3921 - obs - 99.98 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 5) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 10.8905 0.6153 1.1995 1.0289 -0.1087 1.0133 0.046 -0.1261 -0.1986 0.0272 -0.0033 -0.0062 0.0725 -0.0037 -0.0427 0.0072 0 -0.0007 0.0022 -0.0003 0.0135 35.4085 3.8134 44.7341 2 14.9751 -1.7251 -3.2415 0.9215 0.5616 1.4669 0.1758 0.4199 0.2323 -0.172 -0.098 0.0721 -0.1126 -0.1319 -0.0778 0.0356 0.0166 -0.015 0.0168 -0.0002 0.029 33.6527 14.8645 35.3957 3 7.2968 2.1011 -0.7525 1.701 -0.5406 0.9681 0.0738 -0.1161 0.1947 0.0256 -0.0255 0.0613 -0.0847 -0.0259 -0.0483 0.0085 0.0036 0.0006 0.0072 -0.0126 0.0376 33.3263 18.2135 44.0038 4 9.5626 1.4937 0.5086 1.5634 -0.0967 1.5698 0.0987 -0.3536 0.1683 0.1138 -0.0918 0.0113 -0.017 0.0111 -0.0069 0.0093 -0.0037 -0.001 0.0231 -0.0115 0.0074 34.6821 11.4675 49.72 5 14.9085 -1.1171 1.2493 0.7301 -0.2214 0.8037 0.0518 0.3211 -0.2553 -0.1136 -0.0828 0.0249 0.1148 0.0158 0.031 0.0317 0.0052 0.0014 0.0203 0.0018 0.0213 34.959 6.0788 36.098
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 31 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B0 - 31 3 X-RAY DIFFRACTION 3 C1 - 30 4 X-RAY DIFFRACTION 4 D1 - 30 5 X-RAY DIFFRACTION 5 E1 - 31