PDB-7bas: A de novo pentameric coiled-coil assembly: CC-Type2-(TgLaId)4-W19...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bas

タイトル

A de novo pentameric coiled-coil assembly: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.

要素

CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.

キーワード

DE NOVO PROTEIN (De novo) / alpha / helical /

barrel (樽) /

pentamer

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Martin, F.J.O. / Dawson, W.M. / Shelley, K. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 3件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	340764	英国
Engineering and Physical Sciences Research Council	EP/G036764	英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB R00661X 1	英国

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Coiled coils 9-to-5: rational de novo design of alpha-helical barrels with tunable oligomeric states.
著者: Dawson, W.M. / Martin, F.J.O. / Rhys, G.G. / Shelley, K.L. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2020年12月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月17日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.pdbx_center_of_mass_x / _struct.pdbx_center_of_mass_y / _struct.pdbx_center_of_mass_z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bas.cif.gz	74.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bas.ent.gz	60 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bas.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7bas ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/7bas	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a1tC 7batC 7bauC 7bavC 7bawC 7bimC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pn8-2 7bav-d 7bau-2 4pnd-d 4ihb-3 7bau-1 4pn8-1 4mz3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.

B: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.

C: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.

D: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.

E: CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe.

17 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.560, 54.647, 57.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Type2-(TgLaId)4-W19BrPhe. 分子量: 3394.835 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 0.6 mM peptide, 50 mM MES, 5 % w/v PEG 5000 MME, 6 % v/v 1-propanol. Temp details: 20 degC incubator

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

DIAMOND

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.1→57.69 Å / Num. obs: 53567 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19.6 % / CC_1/2: 0.553 / R_merge(I) obs: 0.669 / R_pim(I) all: 0.204 / R_rim(I) all: 0.707 / Net I/σ(I): 8.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all	R_merge(I) obs
1.29-1.31	14	1669	0.269	17.335	44.332	95.6
7.07-57.69	16.1	272	0.999	0.026	0.097	99.9	0.093

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Aimless		データ削減
SHELXCD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.1→39.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.669 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0364 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.038 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2118	2893	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.1826	53567	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.07 Å² / B_iso mean: 13.836 Å² / B_iso min: 7.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.98 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.1→39.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1138	0	0	185	1323
B_iso mean	-	-	-	23.56	-
残基数	-	-	-	-	154

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.705	1.655	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	11.142	1.596	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.709	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.472	29.194	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.299	15	255
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	157
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.087	3	2420

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.1→1.129 Å / R_factor R_free error: 0 /

	反射数	%反射
R_free	217	-
R_work	3921	-
obs	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.8905	0.6153	1.1995	1.0289	-0.1087	1.0133	0.046	-0.1261	-0.1986	0.0272	-0.0033	-0.0062	0.0725	-0.0037	-0.0427	0.0072	0	-0.0007	0.0022	-0.0003	0.0135	35.4085	3.8134	44.7341
2	14.9751	-1.7251	-3.2415	0.9215	0.5616	1.4669	0.1758	0.4199	0.2323	-0.172	-0.098	0.0721	-0.1126	-0.1319	-0.0778	0.0356	0.0166	-0.015	0.0168	-0.0002	0.029	33.6527	14.8645	35.3957
3	7.2968	2.1011	-0.7525	1.701	-0.5406	0.9681	0.0738	-0.1161	0.1947	0.0256	-0.0255	0.0613	-0.0847	-0.0259	-0.0483	0.0085	0.0036	0.0006	0.0072	-0.0126	0.0376	33.3263	18.2135	44.0038
4	9.5626	1.4937	0.5086	1.5634	-0.0967	1.5698	0.0987	-0.3536	0.1683	0.1138	-0.0918	0.0113	-0.017	0.0111	-0.0069	0.0093	-0.0037	-0.001	0.0231	-0.0115	0.0074	34.6821	11.4675	49.72
5	14.9085	-1.1171	1.2493	0.7301	-0.2214	0.8037	0.0518	0.3211	-0.2553	-0.1136	-0.0828	0.0249	0.1148	0.0158	0.031	0.0317	0.0052	0.0014	0.0203	0.0018	0.0213	34.959	6.0788	36.098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 30
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 31

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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