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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ba2 | ||||||
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タイトル | D319A mutant of the PilB minor pilin from Streptococcus sanguinis | ||||||
![]() | Type IV pilus biogenesis protein PilB | ||||||
![]() | CELL ADHESION / type IV pili / pilin / von Willebrand factor A-like domain / MIDAS | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pelicic, V. / Sheppard, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: PilB from Streptococcus sanguinis is a bimodular type IV pilin with a direct role in adhesion. 著者: Raynaud, C. / Sheppard, D. / Berry, J.L. / Gurung, I. / Pelicic, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 136.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47410.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: pilB, SSV_2238 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-tris (pH 6.5), 3 M NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→75.63 Å / Num. obs: 25101 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 1251 / Rpim(I) all: 0.667 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7B7P 解像度: 3→61.31 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 101.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→61.31 Å
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拘束条件 |
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