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万見
- PDB-7b9p: Structure of Ribonucleotide reductase from Rhodobacter sphaeroides -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b9p
タイトルStructure of Ribonucleotide reductase from Rhodobacter sphaeroides
要素Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide Reductase / Thiyl Radical Enzyme / Allosteric Effector
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / cobalt ion binding / DNA biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase class II vitamin B12-dependent, N-terminal domain / Class II vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase / YebC-like / Ribonucleotide reductase, adenosylcobalamin-dependent / : / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Ribonucleotide reductase, barrel domain
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.646 Å
データ登録者Wilk, P. / Feiler, C. / Loderer, C. / Kabinger, F.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: HUG Domain Is Responsible for Active Dimer Stabilization in an NrdJd Ribonucleotide Reductase.
著者: Fietze, T. / Wilk, P. / Kabinger, F. / Anoosheh, S. / Hofer, A. / Lundin, D. / Feiler, C.G. / Weiss, M.S. / Loderer, C.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,0383
ポリマ－100,5221
非ポリマー5152
水2,468137
1
A: Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase
ヘテロ分子

A: Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,0766
ポリマ－201,0452
非ポリマー1,0314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_667-y+1,-x+1,-z+13/61
Buried area8250 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area68090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.748, 140.748, 364.277
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase


分子量: 100522.297 Da / 分子数: 1 / 変異: V926Stop / 由来タイプ: 組換発現
詳細: From the full length protein with 1218 aa, the C-terminal CRD domain was deleted by insertion of a stop codon at postion 926.
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158) (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: nrd, RSP_2495 / プラスミド: pET28b(+) / 詳細 (発現宿主): N-Terminal His-Tag fusion / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q3J3H6, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Precipitant: 30% PEG 1500, 20% Glycerol Protein solution: 45 mg/mL Protein + 100 uM dATP Hanging drop experiment: 1.0 uL Protein solution + 1.0 uL Precipitant over 500 uL precipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.646→47.86 Å / Num. obs: 62949 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 19.29 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 7.684 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique obs: 6078 / CC1/2: 0.148 / Rpim(I) all: 1.756 / Rrim(I) all: 7.886 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ensemble

解像度: 2.646→47.86 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2718 2098 3.34 %
Rwork0.2298 60787 -
obs0.2312 62885 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 230 Å2 / Biso mean: 114.4113 Å2 / Biso min: 58.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.646→47.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6888 0 31 137 7056
Biso mean--111.12 101.59 -
残基数----899
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6462-2.70780.46721330.4381385796
2.7078-2.77550.40391370.43963100
2.7755-2.85050.38891360.37713980100
2.8505-2.93440.34361390.33214017100
2.9344-3.02910.36261370.30863976100
3.0291-3.13730.37561390.30114008100
3.1373-3.26290.35651380.28584013100
3.2629-3.41140.28711380.26584007100
3.4114-3.59120.31771400.23964044100
3.5912-3.81610.25791390.20794036100
3.8161-4.11060.24321410.19534062100
4.1106-4.52390.24431410.17514090100
4.5239-5.17790.21311420.19214115100
5.1779-6.5210.2661440.23594187100
6.521-47.860.26091540.2264432100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0195-0.05260.4240.1117-0.32450.64710.17930.2617-0.062-0.08350.23170.54040.1716-0.68580.0010.7747-0.0813-0.06241.19640.15211.084914.344152.4251363.3871
22.0792-0.7725-0.01470.7704-0.33321.20750.12220.5056-0.0097-0.0579-0.2805-0.2530.09020.5344-0.01070.70990.14890.10391.14440.04050.771250.883154.2611366.9506
31.20160.0025-0.13711.7810.67792.00330.0104-0.0398-0.1375-0.33910.008-0.0899-0.2663-0.40160.00030.60930.1250.0170.88040.13620.707820.531263.7635394.3827
42.0852-0.63860.45910.94920.22290.46130.12440.6415-0.4332-0.3530.00080.04740.57130.26450.00020.89160.0648-0.00370.9894-0.13450.862632.376841.8165362.2143
52.7120.71330.82881.9197-0.70641.0281-0.3012-0.12460.48040.81960.1799-0.5633-0.41520.58580.29290.8957-0.2981-0.11911.46870.21621.00728.042285.6743348.1618
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 814 through 920 )A814 - 920
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 2 through 244 )A2 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 245 through 446 )A245 - 446
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 447 through 747 )A447 - 747
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 748 through 813 )A748 - 813

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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