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Yorodumi- PDB-7b9q: The SERp optimized structure of Ribonucleotide reductase from Rho... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b9q | ||||||
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Title | The SERp optimized structure of Ribonucleotide reductase from Rhodobacter sphaeroides | ||||||
Components | Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide Reductase / Thiyl Radical Enzyme / Allosteric Effector | ||||||
Function / homology | 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Rhodobacter sphaeroides (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.78 Å | ||||||
Authors | Loderer, C. / Feiler, C. / Wilk, P. / Kabinger, F. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2022 Title: HUG Domain Is Responsible for Active Dimer Stabilization in an NrdJd Ribonucleotide Reductase. Authors: Fietze, T. / Wilk, P. / Kabinger, F. / Anoosheh, S. / Hofer, A. / Lundin, D. / Feiler, C.G. / Weiss, M.S. / Loderer, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7b9q.cif.gz | 683.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7b9q.ent.gz | 565.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7b9q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/7b9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/7b9q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7b9pSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 100348.188 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V926Stop, E96A, E97A, E98A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: From the full length protein with 1218 aa, the C-terminal CRD domain was deleted by insertion of a stop codon at postion 926. In order to reduce the surface entropy, the three glutamic acids ...Details: From the full length protein with 1218 aa, the C-terminal CRD domain was deleted by insertion of a stop codon at postion 926. In order to reduce the surface entropy, the three glutamic acids on the positions 96, 97 and 98 were exchanged to alanine. Source: (gene. exp.) Rhodobacter sphaeroides (bacteria) / Gene: HGN32_08220 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: A0A6H2IRA4, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.16 Å3/Da / Density % sol: 61.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Precipitant: 40% MPD, 5% PEG 8000, 100 mM MES-Bufffer Protein sample: 25 mg/mL Enzyme + 100 uM dATP Ratio 1:1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.776→46.588 Å / Num. obs: 63329 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7.641 % / Biso Wilson estimate: 71.558 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rrim(I) all: 0.212 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 9.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7B9P Resolution: 2.78→46.588 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 29.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 229.08 Å2 / Biso mean: 94.5947 Å2 / Biso min: 26.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.78→46.588 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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