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万見
- PDB-7b9k: Cryo-EM structure of the dihydrolipoyl transacetylase cubic core ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b9k
タイトルCryo-EM structure of the dihydrolipoyl transacetylase cubic core of the E. coli pyruvate dehydrogenase complex including lipoyl domains
要素Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complexジヒドロリポイルリシン残基アセチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Multienzyme complexes / oxoacid dehydrogenase complexes / lipoic acid (Α-リポ酸) / dihydrolipoyllysine
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate catabolic process / ジヒドロリポイルリシン残基アセチルトランスフェラーゼ / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / ピルビン酸デヒドロゲナーゼ複合体 / lipoic acid binding / pyruvate metabolic process / acetyltransferase activity / glycolytic process / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dihydrolipoamide acetyltransferase pyruvate dehydrogenase complex / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme ...Dihydrolipoamide acetyltransferase pyruvate dehydrogenase complex / Peripheral subunit-binding domain / e3 binding domain / Peripheral subunit-binding (PSBD) domain profile. / E3-binding domain superfamily / 2-oxo acid dehydrogenase, lipoyl-binding site / 2-oxo acid dehydrogenases acyltransferase component lipoyl binding site. / 2-oxoacid dehydrogenase acyltransferase, catalytic domain / 2-oxoacid dehydrogenases acyltransferase (catalytic domain) / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Skerlova, J. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, European Union, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2018-03406 スウェーデン
European Regional Development Fund"IOCB Mobility" CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_027/0008477European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the native pyruvate dehydrogenase complex reveals the mechanism of substrate insertion.
著者: Jana Škerlová / Jens Berndtsson / Hendrik Nolte / Martin Ott / Pål Stenmark /
要旨: The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) links glycolysis to the citric acid cycle by converting pyruvate into acetyl-coenzyme A. PDHc encompasses three enzymatically active subunits, namely ...The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) links glycolysis to the citric acid cycle by converting pyruvate into acetyl-coenzyme A. PDHc encompasses three enzymatically active subunits, namely pyruvate dehydrogenase, dihydrolipoyl transacetylase, and dihydrolipoyl dehydrogenase. Dihydrolipoyl transacetylase is a multidomain protein comprising a varying number of lipoyl domains, a peripheral subunit-binding domain, and a catalytic domain. It forms the structural core of the complex, provides binding sites for the other enzymes, and shuffles reaction intermediates between the active sites through covalently bound lipoyl domains. The molecular mechanism by which this shuttling occurs has remained elusive. Here, we report a cryo-EM reconstruction of the native E. coli dihydrolipoyl transacetylase core in a resting state. This structure provides molecular details of the assembly of the core and reveals how the lipoyl domains interact with the core at the active site.
履歴
登録2020年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code

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ムービー
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  • マップデータ: EMDB-12104
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
B: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
C: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
D: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
E: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
F: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
G: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
H: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
I: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
J: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
K: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
L: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
M: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
N: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
O: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
P: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
Q: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
R: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
S: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
T: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
U: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
V: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
W: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex
X: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,592,71724
ポリマ－1,592,71724
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / ジヒドロリポイルリシン残基アセチルトランスフェラーゼ / Dihydrolipoamide acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex / E2


分子量: 66363.203 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lysine 248 covalently modified by dihydrolipoate / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
参照: UniProt: P06959, ジヒドロリポイルリシン残基アセチルトランスフェラーゼ
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: dihydrolipoyl transacetylase cubic core of the pyruvate dehydrogenase complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
緩衝液
IDSpecimen-IDpH
117.5
227.5
337.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepes1
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
320 mMHepes2
4150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム2
520 mMHepes3
6150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム3
試料
ID濃度 (mg/ml)Experiment-ID包埋シャドウイング染色凍結
10.61NONONOYES
21.41NONONOYES
30.71NONONOYES
試料支持
IDSpecimen-IDグリッドの材料グリッドのサイズ (divisions/in.)グリッドのタイプ詳細
11COPPER300Quantifoil R2/2
22COPPER300Quantifoil R1.2/1.3
33COPPER300Quantifoil R2/2grid coated with a 0.2 mg/ml suspension of graphene oxide after glow discharge
急速凍結

凍結前の試料温度: 277 K / 凍結剤: ETHANE / Entry-ID: 7B9K / 湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

IDSpecimen-ID詳細
113 microliters of sample, blot force 0, 15 second wait time, 3 second blot time
223 microliters of sample, blot force 0, 15 second wait time, 3 second blot time
332.5 microliters of sample, blot force 0, 15 second wait time, 3 second blot time

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
EM imaging

加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モデル: FEI TITAN KRIOS / モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm

IDSpecimen-ID
11
22
33
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)検出モードフィルム・検出器のモデル撮影したグリッド数実像数
1130COUNTINGGATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)13708
2228.11COUNTINGGATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)13558
3328.11COUNTINGGATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)112867

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC2.15粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC2.15CTF補正
7PHENIX1.16モデルフィッティングdock_in_map
9cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
10cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
11cryoSPARC2.15分類
12cryoSPARC2.15３次元再構成
13PHENIX1.16モデル精密化
14REFMAC5.8.0232モデル精密化from CCP-EM 1.4.1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 799790 / 詳細: automated template picking in CryoSPARC
対称性点対称性: O (正8面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29434 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
14N72

4n72

1
21QJO

1qjo

1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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