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- PDB-7b74: Chimeric Streptavidin With A Dimerization Domain For Artificial T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b74
タイトルChimeric Streptavidin With A Dimerization Domain For Artificial Transfer Hydrogenation
要素Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Artificial tranfer hydrogenation biotin-binding protein artificial metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / : / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin ...Superoxide dismutase, copper/zinc, binding site / Copper/Zinc superoxide dismutase signature 2. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Copper/zinc superoxide dismutase (SODC) / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / : / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4IR / Superoxide dismutase [Cu-Zn] / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
Mycobacterium bovis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Igareta, N.V. / Ward, T.R.
引用ジャーナル: Faraday Disc.Chem.Soc / 年: 2023
タイトル: Spiers Memorial Lecture: Shielding the active site: a streptavidin superoxide-dismutase chimera as a host protein for asymmetric transfer hydrogenation.
著者: Igareta, N.V. / Tachibana, R. / Spiess, D.C. / Peterson, R.L. / Ward, T.R.
履歴
登録2020年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin
BBB: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin
CCC: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin
DDD: Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6778
ポリマ－80,4474
非ポリマー3,2304
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9460 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area19300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.285, 57.307, 88.035
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.616, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Streptavidin,Superoxide dismutase [Cu-Zn],Streptavidin


分子量: 20111.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア), (組換発現) Mycobacterium bovis (strain ATCC BAA-935 / AF2122/97) (結核菌)
株: ATCC BAA-935 / AF2122/97 / 遺伝子: sodC, BQ2027_MB0440 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P22629, UniProt: P0A609, superoxide dismutase
#2: 化合物
ChemComp-4IR / {N-(4-{[2-(amino-kappaN)ethyl]sulfamoyl-kappaN}phenyl)-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide}(chloro)[(1,2,3,4,5-eta)-1,2,3,4,5-pentamethylcyclopentadienyl]iridium(III) / N-(4-{[(2-AMINOETHYL)AMINO]SULFONYL}PHENYL)-5-[(3AS,4S,6AR)-2-OXOHEXAHYDRO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-4-YL]PENTANAMIDE-(1,2,3,4,5,6-ETA)-PENTAMETHYLCYCLOHEXYL-CHLORO-IRIDIUM(III)


分子量: 807.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H45ClIrN5O4S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 %w/v PEG 3350 (Polymer) 0.2 M KF (Salt)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000029 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000029 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.98 Å / Num. obs: 48147 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Rpim(I) all: 0.1 / Rrim(I) all: 0.188 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
9.06-47.986.20.0424470.9980.0260.049
1.85-1.8971.2728970.5480.7821.494

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bc3

2bc3


解像度: 1.85→47.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.883 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 2503 5.2 %
Rwork0.191 45628 -
all0.192 --
obs-48131 98.661 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 24.766 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.426 Å20 Å20.423 Å2
2---1.657 Å20 Å2
3---2.975 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3657 0 160 177 3994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0133952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0183334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4551.7365529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4031.587617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9945484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.71322.601173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87215510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.811516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1920.23032
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21870
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21817
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1030.24
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1440.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1220.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2742.5071960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2732.5061959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.593.7312436
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5893.7332437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8912.751992
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8492.7471945
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4684.0253013
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.444.0112937
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.21928.9514468
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.21328.7794392
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.8980.281880.2933277X-RAY DIFFRACTION97.6331
1.898-1.950.3021790.2833266X-RAY DIFFRACTION97.925
1.95-2.0070.2861860.2573122X-RAY DIFFRACTION98.0729
2.007-2.0680.2611610.2523097X-RAY DIFFRACTION98.1621
2.068-2.1360.2511590.2332990X-RAY DIFFRACTION98.1608
2.136-2.2110.2111760.2112881X-RAY DIFFRACTION98.3591
2.211-2.2940.2481380.2032805X-RAY DIFFRACTION98.461
2.294-2.3880.2761440.2112711X-RAY DIFFRACTION98.6865
2.388-2.4940.2271420.1752578X-RAY DIFFRACTION98.8013
2.494-2.6160.2181300.1782499X-RAY DIFFRACTION98.9462
2.616-2.7570.2261360.1712335X-RAY DIFFRACTION99.0381
2.757-2.9240.2031380.1632230X-RAY DIFFRACTION99.0795
2.924-3.1260.1731180.1642107X-RAY DIFFRACTION99.1533
3.126-3.3760.205880.1672022X-RAY DIFFRACTION99.4814
3.376-3.6980.173760.1741818X-RAY DIFFRACTION99.3183
3.698-4.1330.2720.1641683X-RAY DIFFRACTION99.6027
4.133-4.7710.1691150.1491441X-RAY DIFFRACTION99.4885
4.771-5.8390.192730.1631237X-RAY DIFFRACTION99.6956
5.839-8.2390.22370.182989X-RAY DIFFRACTION99.8055

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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