PDB-5wbc: Designed Artificial Cupredoxins - WT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wbc

タイトル

Designed Artificial Cupredoxins - WT

要素

Streptavidin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / beta barrel / cupredoxin / copper complex / artificial metalloprotein / biotin binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Mann, S.I. / Heinisch, T. / Weitz, A.C. / Hendrich, M.R. / Ward, T.R. / Borovik, A.S.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2016
タイトル: Modular Artificial Cupredoxins.
著者: Mann, S.I. / Heinisch, T. / Weitz, A.C. / Hendrich, M.P. / Ward, T.R. / Borovik, A.S.

履歴

登録	2017年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2017年8月16日	ID: 5K49
改定 1.0	2017年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wbc.cif.gz	67.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wbc.ent.gz	48.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wbc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/5wbc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k67C 5k68C 5l3yC 2qcbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t2z-1 4bx7-1 7kbz-d 1lcz-1 3rdu-2 5vl8-1 6voz-1 4bx5-d 5l3y-1 6s50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

A: Streptavidin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.580, 57.580, 183.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-317- HOH

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16570.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-CU6 / [CuII(biot-et-dpea)]2+ 分子量: 592.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₆CuN₆O₄S
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化	温度: 274 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4, 2.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月2日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→54.94 Å / Num. obs: 16931 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.9 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / R_merge(I) obs: 0.108 / CC_1/2: 1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2QCB

2qcb

解像度: 1.72→54.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 3.999 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.075 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16788	834	4.9 %	RANDOM
R_work	0.13416	-	-	-
obs	0.13601	16072	99.51 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.139 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.72→54.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	924	0	48	58	1030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.029	0.02	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.584	2.045	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.139	3	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.223	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.16	23.659	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.37	15	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.812	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.153	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.126	1.786	496
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.002	1.775	495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.975	2.664	620
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.987	2.675	621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.701	2.254	506
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.702	2.263	507
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.163	3.213	751
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.824	16.072	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.805	16.075	1127
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.962	3	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	22.272	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.959	5	1868

LS精密化シェル

解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	55	-
R_work	0.229	1162	-
obs	-	-	98.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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