PDB-7b6t: Sheep Polyomavirus VP1 in complex with 10 mM globo-N-tetraose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b6t

タイトル

Sheep Polyomavirus VP1 in complex with 10 mM globo-N-tetraose

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / polyomavirus / capsid protein / VP1 / glycan complex

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sheep polyomavirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.701 Å

データ登録者

Rustmeier, N.H. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: A novel and highly specific Forssman antigen-binding protein from sheep polyomavirus
著者: Rustmeier, N.H. / Silva, L.M. / Di Maio, A. / Mueller, J.C. / Herrmann, A. / Feizi, T. / Liu, Y. / Stehle, T.

履歴

登録	2020年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月5日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.2	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b6t.cif.gz	603.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b6t.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b6sC 7b6uC 7b6vC 6y61S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

312 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
157 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
156 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.274, 130.274, 222.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

-
タンパク質 , 1種, 10分子 AAABBBCCCDDDEEEFFFGGGHHHIIIJJJ

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 30577.434 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sheep polyomavirus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3ZCF3

-
糖 , 2種, 7分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 545.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然

記述子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb1-3DGalpa1-4DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb1-3DGalpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 7種, 3254分子

#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: KSCN, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00004 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.7916
pseudo-merohedral	2	2	K, H, -L	2	0.2084

反射

解像度: 1.7→48.91 Å / Num. obs: 462792 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.78 % / B_iso Wilson estimate: 27.9 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 13.51

反射シェル

解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 74733 / CC_1/2: 0.485 / R_rim(I) all: 1.085

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Y61

6y61

解像度: 1.701→48.908 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.014 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1651	4550	1 %
R_work	0.1433	458240	-
all	0.144	-	-
obs	-	458240	99.951 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.032 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.032 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.701→48.908 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20328	0	411	3203	23942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	21230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	18986
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.673	28831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.543	1.582	44068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.446	5	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.195	22.333	1046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.507	15	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.061	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	23718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.015	0.02	4527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	3707
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	18346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	10139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	9230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	2300
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.072	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.275	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.272	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.727	2.204	10568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.727	2.204	10567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.493	3.297	13176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.493	3.297	13177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.087	2.391	10662
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.086	2.391	10663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.983	3.511	15653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.983	3.512	15654
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.153	27.531	23849
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.854	26.578	23009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.701-1.745	0.263	335	0.226	33647	X-RAY DIFFRACTION	99.4149
1.745-1.793	0.25	362	0.202	33030	X-RAY DIFFRACTION	99.994
1.793-1.845	0.23	295	0.188	32110	X-RAY DIFFRACTION	100
1.845-1.902	0.214	297	0.171	31240	X-RAY DIFFRACTION	100
1.902-1.964	0.184	306	0.168	30219	X-RAY DIFFRACTION	99.9967
1.964-2.033	0.172	274	0.157	29324	X-RAY DIFFRACTION	100
2.033-2.109	0.17	295	0.146	28189	X-RAY DIFFRACTION	99.9965
2.109-2.195	0.162	260	0.143	27154	X-RAY DIFFRACTION	99.9964
2.195-2.293	0.171	253	0.141	26095	X-RAY DIFFRACTION	100
2.293-2.404	0.156	246	0.134	24875	X-RAY DIFFRACTION	99.996
2.404-2.534	0.17	247	0.134	23678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.534-2.687	0.143	213	0.137	22413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.872	0.164	215	0.132	21053	X-RAY DIFFRACTION	100
2.872-3.101	0.153	198	0.134	19617	X-RAY DIFFRACTION	99.9849
3.101-3.396	0.159	183	0.142	17965	X-RAY DIFFRACTION	99.9835
3.396-3.795	0.155	161	0.138	16351	X-RAY DIFFRACTION	99.9879
3.795-4.377	0.127	148	0.113	14374	X-RAY DIFFRACTION	100
4.377-5.35	0.121	118	0.113	12211	X-RAY DIFFRACTION	100
5.35-7.522	0.165	96	0.153	9417	X-RAY DIFFRACTION	100
7.522-48.908	0.224	48	0.175	5278	X-RAY DIFFRACTION	99.7565

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関連情報:EMDBヘッダ

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