PDB-7b6s: Sheep Polyomavirus VP1 in complex with 10 mM Forssman antigen pentaose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b6s

タイトル

Sheep Polyomavirus VP1 in complex with 10 mM Forssman antigen pentaose

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / polyomavirus / capsid protein / VP1 / glycan complex

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sheep polyomavirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.923 Å

データ登録者

Rustmeier, N.H. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: A novel and highly specific Forssman antigen-binding protein from sheep polyomavirus
著者: Rustmeier, N.H. / Silva, L.M. / Di Maio, A. / Mueller, J.C. / Herrmann, A. / Feizi, T. / Liu, Y. / Stehle, T.

履歴

登録	2020年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b6s.cif.gz	589.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b6s.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b6s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b6s_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b6s_full_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示
XML形式データ	7b6s_validation.xml.gz	117.4 KB	表示
CIF形式データ	7b6s_validation.cif.gz	168.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b6tC 7b6uC 7b6vC 6y61S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

317 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Capsid protein VP1

BBB: Capsid protein VP1

CCC: Capsid protein VP1

DDD: Capsid protein VP1

EEE: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
158 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: Capsid protein VP1

GGG: Capsid protein VP1

HHH: Capsid protein VP1

III: Capsid protein VP1

JJJ: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.494, 130.494, 222.435
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

-
タンパク質 , 1種, 10分子 AAABBBCCCDDDEEEFFFGGGHHHIIIJJJ

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 30577.434 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sheep polyomavirus 1 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3ZCF3

-
糖 , 2種, 10分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGalpNAca1-3DGalpNAcb1-3DGalpa1-4DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,4,3/[a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1a_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3-4/a4-b1_b3-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGalpNAca1-3DGalpNAcb1-3DGalpa1-4DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2112h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O][a2112h-1a_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3-4-5/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(4+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][a-D-GalpNAc]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 2268分子

#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#8: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: KSCN, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1.0077 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0077 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.7842
pseudo-merohedral	2	2	K, H, -L	2	0.2158

反射

解像度: 1.85→42.72 Å / Num. obs: 361163 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.75 % / B_iso Wilson estimate: 32.4 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 14.42

反射シェル

解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 6.01 % / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 57845 / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 1.045 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6Y61

6y61

解像度: 1.923→42.714 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.02 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1757	3205	1 %
R_work	0.1493	317860	-
all	0.15	-	-
obs	-	317860	99.782 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.073 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.491 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-7.491 Å²	-0 Å²
3-	-	-	14.981 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.923→42.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20397	0	725	2235	23357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	21713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	19442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.643	1.691	29450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.582	1.603	45120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.724	5	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.19	22.224	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.475	15	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.32	15	129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	2935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	23952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	18520
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	10350
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	9424
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.075	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.015	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.272	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.301	2.883	10565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.3	2.882	10564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.078	4.305	13171
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.078	4.305	13172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.625	3.065	11148
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.625	3.065	11149
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.607	4.527	16269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.607	4.527	16270
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.116	34.076	23358
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.948	33.654	22891

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.923-1.973	0.255	179	0.223	22934	X-RAY DIFFRACTION	97.089
1.973-2.027	0.225	240	0.186	22884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.027-2.086	0.233	232	0.187	22278	X-RAY DIFFRACTION	99.9956
2.086-2.15	0.238	229	0.176	21673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.22	0.22	210	0.169	21006	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.298	0.202	217	0.164	20279	X-RAY DIFFRACTION	99.9951
2.298-2.384	0.187	209	0.144	19605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.384-2.482	0.185	195	0.152	18870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.482-2.591	0.196	172	0.153	18064	X-RAY DIFFRACTION	100
2.591-2.717	0.176	196	0.147	17316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.717-2.864	0.175	162	0.149	16422	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-3.037	0.156	156	0.145	15646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.037-3.245	0.172	148	0.146	14518	X-RAY DIFFRACTION	100
3.245-3.504	0.148	137	0.143	13640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.504-3.835	0.14	138	0.143	12585	X-RAY DIFFRACTION	99.9921
3.835-4.284	0.165	95	0.124	11311	X-RAY DIFFRACTION	99.9912
4.284-4.938	0.134	115	0.112	10021	X-RAY DIFFRACTION	100
4.938-6.028	0.152	84	0.14	8462	X-RAY DIFFRACTION	100
6.028-8.441	0.175	58	0.156	6586	X-RAY DIFFRACTION	100
8.441-42.714	0.231	33	0.167	3760	X-RAY DIFFRACTION	99.921

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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