PDB-7b6b: The carbohydrate binding module family 48 (CBM48) and carboxy-ter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b6b

タイトル

The carbohydrate binding module family 48 (CBM48) and carboxy-terminal carbohydrate esterase family 1 (CE1) domains of the multidomain esterase DmCE1B from Dysgonomonas mossii in complex with methyl ferulate

要素

Carbohydrate Esterase family 1 protein with an N-terminal carbohydrate binding module family 48

キーワード

HYDROLASE / carbohydrate esterase / CE1 / CBM48 / carbohydrate binding module / CBM / CE / PUL / lignin / xylan / ferulate / ferouyl esterase

機能・相同性

: / Esterase-like / Putative esterase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Immunoglobulin E-set / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like fold / Trans-methylferulate / Esterase

機能・相同性情報

生物種

Dysgonomonas mossii DSM 22836 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Mazurkewich, S. / Kmezik, C. / Branden, G. / Larsbrink, J.

資金援助

スウェーデン, 3件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A polysaccharide utilization locus from the gut bacterium Dysgonomonas mossii encodes functionally distinct carbohydrate esterases.
著者: Kmezik, C. / Mazurkewich, S. / Meents, T. / McKee, L.S. / Idstrom, A. / Armeni, M. / Savolainen, O. / Branden, G. / Larsbrink, J.

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b6b.cif.gz	174.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b6b.ent.gz	132.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b6b_validation.pdf.gz	912.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b6b_full_validation.pdf.gz	915.4 KB	表示
XML形式データ	7b6b_validation.xml.gz	33.2 KB	表示
CIF形式データ	7b6b_validation.cif.gz	51.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/7b6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b5vSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b5v-d 2x42-d 6wpc-1 2x41-d 4ary-1 4ary-2 6wpc-2 2h6h-d 6wpc-3 2x40-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carbohydrate Esterase family 1 protein with an N-terminal carbohydrate binding module family 48

B: Carbohydrate Esterase family 1 protein with an N-terminal carbohydrate binding module family 48

ヘテロ分子

87.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.258, 50.511, 90.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.137, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Carbohydrate Esterase family 1 protein with an N-terminal carbohydrate binding module family 48 分子量: 43360.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dysgonomonas mossii DSM 22836 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF9456_02279 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F8X1N1
#2: 化合物	ChemComp-SZQ / Trans-methylferulate / methyl (~{E})-3-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-enoate / フェルラ酸メチル分子量: 208.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 723 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.03 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 8, 25% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.408→43.9 Å / Num. obs: 123374 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 16.15 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 16.49
反射シェル	解像度: 1.408→1.459 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique obs: 10521 / CC_1/2: 0.823 / CC star: 0.95 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7B5V

7b5v

解像度: 1.41→43.9 Å / SU ML: 0.1251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.9857
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1789	9253	7.5 %
R_work	0.1607	114115	-
obs	0.1621	123368	98.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→43.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5490	0	43	723	6256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0086	5882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0261	7987
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0902	828
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0066	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.5253	2157

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.42	0.2611	247	0.2374	3046	X-RAY DIFFRACTION	80.36
1.42-1.44	0.2672	267	0.2357	3292	X-RAY DIFFRACTION	84.8
1.44-1.46	0.234	275	0.2214	3393	X-RAY DIFFRACTION	88.3
1.46-1.48	0.2429	295	0.2106	3634	X-RAY DIFFRACTION	93.93
1.48-1.5	0.234	311	0.2102	3833	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.5-1.52	0.2454	310	0.1941	3830	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.52-1.54	0.2232	317	0.1865	3919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.56	0.2041	312	0.1781	3835	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.56-1.59	0.1862	311	0.1795	3834	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.59-1.61	0.2054	312	0.1746	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.2084	312	0.1709	3852	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.64-1.67	0.2079	313	0.1669	3860	X-RAY DIFFRACTION	100
1.67-1.7	0.1788	313	0.1627	3853	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.74	0.1812	314	0.1636	3876	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.74-1.77	0.1916	310	0.1669	3819	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.77-1.82	0.194	315	0.1673	3886	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.82-1.86	0.1901	314	0.1699	3865	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.86-1.91	0.2093	312	0.1727	3856	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.91-1.97	0.1887	313	0.1636	3849	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.97-2.03	0.1848	315	0.1633	3901	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.03-2.1	0.1759	315	0.161	3879	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.1-2.19	0.1839	312	0.1618	3853	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.19-2.29	0.1868	316	0.1641	3897	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.29-2.41	0.1834	313	0.168	3857	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.41-2.56	0.1852	315	0.1729	3885	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.56-2.76	0.1731	314	0.166	3880	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.76-3.03	0.18	316	0.1623	3891	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.03-3.47	0.162	318	0.1494	3917	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.47-4.37	0.1392	318	0.1284	3924	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.37-43.9	0.1609	328	0.1462	4042	X-RAY DIFFRACTION	99.75

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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