PDB-7b5v: The carbohydrate binding module family 48 (CBM48) and carboxy-ter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b5v

タイトル

The carbohydrate binding module family 48 (CBM48) and carboxy-terminal carbohydrate esterase family 1 (CE1) domains of the multidomain esterase DmCE1B from Dysgonomonas mossii

要素

Carbohydrate Esterase family 1 protein with an N-terminal carbohydrate binding module family 48

キーワード

HYDROLASE / carbohydrate esterase / CE1 / CBM48 / carbohydrate binding module / CBM / CE / PUL / lignin / xylan / ferulate / ferouyl esterase

機能・相同性

: / Esterase-like / Putative esterase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Immunoglobulin E-set / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Esterase

機能・相同性情報

生物種

Dysgonomonas mossii DSM 22836 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Mazurkewich, S. / Kmezik, C. / Branden, G. / Larsbrink, J.

資金援助

スウェーデン, 3件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: A polysaccharide utilization locus from the gut bacterium Dysgonomonas mossii encodes functionally distinct carbohydrate esterases.
著者: Kmezik, C. / Mazurkewich, S. / Meents, T. / McKee, L.S. / Idstrom, A. / Armeni, M. / Savolainen, O. / Branden, G. / Larsbrink, J.

履歴

登録	2020年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年7月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b5v.cif.gz	176.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b5v.ent.gz	135 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b5v_validation.pdf.gz	458.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b5v_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	7b5v_validation.xml.gz	35.2 KB	表示
CIF形式データ	7b5v_validation.cif.gz	50.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/7b5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/7b5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b6bC 6ne9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b6b-d 4b3f-d 2vt4-1 3ml0-d 1njx-d 3n6w-1 1jxe-d 2hhw-2 4b3g-1 1w99-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carbohydrate Esterase family 1 protein with an N-terminal carbohydrate binding module family 48

B: Carbohydrate Esterase family 1 protein with an N-terminal carbohydrate binding module family 48

ヘテロ分子

86.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.962, 80.966, 107.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.666, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-809- HOH

#1: タンパク質	Carbohydrate Esterase family 1 protein with an N-terminal carbohydrate binding module family 48 分子量: 43360.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dysgonomonas mossii DSM 22836 (バクテリア) 遺伝子: HMPREF9456_02279 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F8X1N1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: JCSG - B9 - 0.1 M Citrate pH 5, 20% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.697→42.08 Å / Num. obs: 94462 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 28.15 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 9.34
反射シェル	解像度: 1.697→1.757 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 9133 / CC_1/2: 0.588 / CC star: 0.861 / % possible all: 96.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Auto-Rickshaw		位相決定
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NE9

6ne9

解像度: 1.7→42.08 Å / SU ML: 0.2239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2683
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2113	7079	7.5 %
R_work	0.1684	87312	-
obs	0.1716	94391	99.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5531	0	12	648	6191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0073	5777
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8745	7827
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0612	814
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	1030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.0401	2118

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.4179	203	0.4008	2528	X-RAY DIFFRACTION	87.36
1.72-1.74	0.3703	239	0.3259	2944	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.74-1.76	0.2982	232	0.3128	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.76-1.78	0.3335	237	0.2938	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.8	0.2998	236	0.2819	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.83	0.2953	238	0.2609	2930	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.83-1.85	0.267	234	0.2481	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.85-1.88	0.2656	238	0.2374	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.88-1.91	0.2943	232	0.2338	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2867	239	0.2405	2959	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.94-1.97	0.2458	234	0.2156	2874	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.97-2.01	0.2298	237	0.1968	2918	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.01-2.05	0.2322	237	0.1845	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.05-2.09	0.2101	235	0.1784	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.14	0.2327	237	0.1787	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.14-2.19	0.2209	238	0.1747	2918	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.19-2.24	0.2228	237	0.1793	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.3	0.2094	233	0.1805	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.37	0.2304	242	0.1758	2973	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.37-2.45	0.2155	236	0.179	2918	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.45-2.53	0.2104	236	0.1839	2901	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.53-2.63	0.2195	240	0.1893	2956	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.63-2.75	0.22	236	0.1847	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.75-2.9	0.2336	235	0.1833	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.08	0.2208	238	0.181	2922	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.08-3.32	0.202	238	0.1678	2938	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.32-3.65	0.2112	241	0.151	2968	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.65-4.18	0.1416	236	0.1286	2918	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.18-5.27	0.1611	241	0.1048	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
5.27-42.08	0.204	244	0.1367	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.48

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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