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- PDB-7b5j: Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b5j
タイトルAnti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2
要素Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RNA-binding / DNA-binding / Anti-CRISPR / Regulator / RNA BINDING PROTEIN / Anti-CRISPR associated (Aca) protein
機能・相同性Protein of unknown function DUF1870 / Domain of unknown function (DUF1870) / YdiL domain superfamily / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / metal ion binding / DUF1870 family protein
機能・相同性情報
生物種Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Usher, B. / Birkholz, N. / Fineran, P.C. / Blower, T.R.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the anti-CRISPR repressor Aca2.
著者: Usher, B. / Birkholz, N. / Beck, I.N. / Fagerlund, R.D. / Jackson, S.A. / Fineran, P.C. / Blower, T.R.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22021年8月25日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2
B: Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5123
ポリマ－26,4202
非ポリマー921
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.791, 67.103, 42.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.331, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Anti-CRISPR associated (Aca) protein, Aca2


分子量: 13209.853 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium phage ZF40 (ファージ)
遺伝子: ZF40_0030, aca2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H9C180
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 % / 解説: Needle
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M MES, 30% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→38.19 Å / Num. obs: 47804 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 14.16 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1588 / Rpim(I) all: 0.04446 / Rrim(I) all: 0.165 / Net I/σ(I): 10.28
反射 シェル解像度: 1.34→1.388 Å / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 1.688 / Mean I/σ(I) obs: 1.18 / Num. unique obs: 4740 / CC1/2: 0.663 / CC star: 0.893 / Rpim(I) all: 0.475 / Rrim(I) all: 1.755 / % possible all: 99.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
xia2データ削減
Arcimboldo位相決定
BUCCANEERモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX1.18.2-3874精密化
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.34→38.19 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1761 2340 4.9 %
Rwork0.1476 45460 -
obs0.149 47804 99.98 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→38.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1854 0 6 265 2125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07022557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4552712
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.34-1.370.25011170.21322710X-RAY DIFFRACTION99.72
1.37-1.40.24471440.2072616X-RAY DIFFRACTION100
1.4-1.430.22661480.19412652X-RAY DIFFRACTION100
1.43-1.470.23671370.18572665X-RAY DIFFRACTION99.96
1.47-1.50.23961230.17242674X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.550.22551250.16442661X-RAY DIFFRACTION100
1.55-1.60.23381400.16452685X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.660.17891570.1592652X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.720.20551340.14622662X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.80.20461550.13942658X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.90.1821440.13652679X-RAY DIFFRACTION100
1.9-2.010.1731310.13252680X-RAY DIFFRACTION100
2.01-2.170.15521430.12342659X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.390.13021290.12162691X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.730.17421500.13372679X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.440.15311170.14272707X-RAY DIFFRACTION100
3.44-38.190.16841460.16042730X-RAY DIFFRACTION99.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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