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万見
- PDB-7b51: Crystal structure of human CRM1 covalently modified by 2-mercapto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b51
タイトルCrystal structure of human CRM1 covalently modified by 2-mercaptoethanol at Cys528
要素
  • Exportin-1
  • GTP-binding nuclear protein Ran
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Exportin / Inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / regulation of centrosome duplication / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / regulation of protein export from nucleus ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / annulate lamellae / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / pre-miRNA export from nucleus / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / regulation of centrosome duplication / nuclear export signal receptor activity / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / regulation of protein export from nucleus / protein localization to nucleolus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nucleocytoplasmic transport / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / Maturation of hRSV A proteins / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / protein localization to nucleus / viral process / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ribosomal subunit export from nucleus / mRNA export from nucleus / nuclear pore / Cajal body / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / ribosomal small subunit export from nucleus / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / NPAS4 regulates expression of target genes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / centriole / mitotic spindle organization / protein export from nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / RHO GTPases Activate Formins / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Transcriptional regulation by small RNAs / Heme signaling / MAPK6/MAPK4 signaling / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / GDP binding / nuclear envelope / melanosome / positive regulation of protein binding / mitotic cell cycle / ribosome biogenesis / G protein activity / midbody / nuclear membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cadherin binding / protein heterodimerization activity / ribonucleoprotein complex / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / chromatin binding / nucleolus / GTP binding / chromatin / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 ...Exportin-1, repeat 3 / Chromosome region maintenance repeat / Exportin-1, repeat 2 / Chromosome region maintenance or exportin repeat / CRM1 / Exportin repeat 2 / CRM1 / Exportin repeat 3 / CRM1 C terminal / Exportin-1, C-terminal / CRM1 C terminal / Exportin-1/5 / Exportin-1/Importin-beta-like / Exportin 1-like protein / small GTPase Ran family profile. / Ran GTPase / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain / Importin-beta N-terminal domain profile. / Importin-beta, N-terminal domain / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Exportin-1 / GTP-binding nuclear protein Ran
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Shaikhqasem, A. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of human CRM1, covalently modified by 2-mercaptoethanol on Cys528, in complex with RanGTP.
著者: Shaikhqasem, A. / Schmitt, K. / Valerius, O. / Ficner, R.
履歴
登録2020年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GTP-binding nuclear protein Ran
A: Exportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,3745
ポリマ－142,7492
非ポリマー6263
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area50030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.111, 150.591, 231.969
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein


分子量: 20782.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826
#2: タンパク質 Exportin-1 / Exp1 / Chromosome region maintenance 1 protein homolog


分子量: 121966.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XPO1, CRM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14980

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非ポリマー , 4種, 139分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.02M sodium L-glutamate, 0.02M DL-alanine, 0.02M glycine, 0.02M DL-lysine HCl, 0.02 M DL-serine, 10%w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1M bicine /Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→126.31 Å / Num. obs: 65209 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.964 % / Biso Wilson estimate: 64.724 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.886 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 519292
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.58-2.745.3570.6481.95483021069490160.8170.71284.3
2.74-2.938.650.4314.258700210059100580.9580.459100
2.93-3.168.3760.2527.278771940494040.9830.269100
3.16-3.468.520.13912.9873973868386820.9940.148100
3.46-3.878.3620.08520.9865923788378840.9970.091100
3.87-4.478.4090.06129.9258345694069380.9980.065100
4.47-5.478.1940.05433.5148484591759170.9980.058100
5.47-7.738.2530.05233.4638295464046400.9980.055100
7.73-126.317.5640.0443.1320197267726700.9990.04399.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TVO

6tvo


解像度: 2.58→126.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 3237 5 %RANDOM
Rwork0.2142 ---
obs0.216 61972 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 210.77 Å2 / Biso mean: 62.109 Å2 / Biso min: 29.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å2-0 Å2
2--3.67 Å2-0 Å2
3----2.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→126.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9613 0 37 136 9786
Biso mean--50.23 59.87 -
残基数----1187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0129856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.6313354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85651184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02523.529510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.764151790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6661545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.21296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027372
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.583 149 -
Rwork0.544 3242 -
all-3391 -
obs--69.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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