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- PDB-7b4q: Structure of a cold active HSL family esterase reveals mechanisms... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b4q
タイトルStructure of a cold active HSL family esterase reveals mechanisms of low temperature adaptation and substrate specificity
要素Lipase
キーワードHYDROLASE / Bacillus cohnii / esterase / low temperature adapted / regio-selective esterase / Hormone-sensitive family / lipase
機能・相同性: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lipase
機能・相同性情報
生物種Bacillus cohnii NBRC 15565 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Jones, D.D. / Noby, N. / Auhim, H.
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2021
タイトル: Structure and in silico simulations of a cold-active esterase reveals its prime cold-adaptation mechanism.
著者: Noby, N. / Auhim, H.S. / Winter, S. / Worthy, H.L. / Embaby, A.M. / Saeed, H. / Hussein, A. / Pudney, C.R. / Rizkallah, P.J. / Wells, S.A. / Jones, D.D.
履歴
登録2020年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase
B: Lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5359
ポリマ－71,0652
非ポリマー4717
水10,521584
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3630 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area25540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.883, 109.883, 126.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-740-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 314 / Label seq-ID: 1 - 314

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lipase


分子量: 35532.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cohnii NBRC 15565 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K9UV39, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 5種, 591分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2M lithium chloride, 0.1M sodium acetate, 20% (w/v) PEG 6000, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97629 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→83.04 Å / Num. obs: 100631 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 13.8 / Num. measured all: 1459945 / Scaling rejects: 1385
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.61-1.6513.72.2610034173390.6720.6342.3491100
7.2-83.0413.40.0381752213090.9990.0110.0440.399.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LZK

1lzk


解像度: 1.61→83.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1903 / WRfactor Rwork: 0.162 / FOM work R set: 0.8489 / SU B: 3.541 / SU ML: 0.059 / SU R Cruickshank DPI: 0.0758 / SU Rfree: 0.0766 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1932 5029 5 %RANDOM
Rwork0.1671 ---
obs0.1683 95500 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.78 Å2 / Biso mean: 30.793 Å2 / Biso min: 12.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→83.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4886 0 30 584 5500
Biso mean--44.5 40.14 -
残基数----628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0135145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.6487015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5131.5811123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6115652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45822.836275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.115824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3981533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025939
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021123
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 10174 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.651 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 395 -
Rwork0.288 6897 -
all-7292 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77270.0618-1.10111.34210.00521.9147-0.0879-0.0132-0.0927-0.00790.00890.13250.11040.00660.0790.01080.00730.00720.01210.00560.020213.635833.389542.9796
21.76670.1263-0.48891.53550.05412.2449-0.0562-0.0262-0.1774-0.06960.001-0.21520.20140.31720.05520.02760.0440.02710.08590.03380.065744.289931.843223.7337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 314
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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