PDB-7b4p: A Bacteroidetes bacterium CuZn-superoxide dismutase with CuZn met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b4p

タイトル

A Bacteroidetes bacterium CuZn-superoxide dismutase with CuZn metalation

要素

Superoxide dismutase [Cu-Zn]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Superoxide dismutase / copper / zinc / bacterial

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroidetes bacterium GWA2_30_7 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Wright, G.S.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Mol.Biol.Evol. / 年: 2021
タイトル: Bacterial Evolutionary Precursors of Eukaryotic Copper-Zinc Superoxide Dismutases.
著者: Wright, G.S.A.

履歴

登録	2020年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年9月22日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / database_2 / pdbx_database_proc Item: _atom_site.calc_flag / _atom_site.pdbx_tls_group_id ..._atom_site.calc_flag / _atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b4p.cif.gz	412.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b4p.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b4p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b4oSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7b4p-2 5ax9-2 2pt1-d 6e0o-1 1uu3-d 1fgi-1 1yom-2 3zxz-d 4mcv-1 6bwk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (9)

登録構造単位

AAA: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

BBB: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

CCC: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

DDD: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

65.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

BBB: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

DDD: Superoxide dismutase [Cu-Zn]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.790, 109.593, 122.598
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ILE	ILE	AAA	A	5 - 151	5 - 151
2	2	1	ILE	ILE	BBB	B	5 - 151	5 - 151
3	3	2	GLY	GLY	AAA	A	5 - 152	5 - 152
4	4	2	GLY	GLY	CCC	C	5 - 152	5 - 152
5	5	3	GLY	GLY	AAA	A	5 - 152	5 - 152
6	6	3	GLY	GLY	DDD	D	5 - 152	5 - 152
7	7	4	ILE	ILE	BBB	B	5 - 151	5 - 151
8	8	4	ILE	ILE	CCC	C	5 - 151	5 - 151
9	9	5	ILE	ILE	BBB	B	5 - 151	5 - 151
10	10	5	ILE	ILE	DDD	D	5 - 151	5 - 151
11	11	6	LYS	LYS	CCC	C	5 - 153	5 - 153
12	12	6	LYS	LYS	DDD	D	5 - 153	5 - 153

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Superoxide dismutase [Cu-Zn] 分子量: 16240.186 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroidetes bacterium GWA2_30_7 (バクテリア) 遺伝子: A2046_17220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1F3DVA5, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: .12 M alcohol mix containing 1,6-hexanediol, 1-butanol 1,2-propanediol, 2-propanol, 4-butanediol, 1,3-propanediol; 0.1 M buffer mix containing sodium 4-(2-hydroxyethyl)-1- ...詳細: .12 M alcohol mix containing 1,6-hexanediol, 1-butanol 1,2-propanediol, 2-propanol, 4-butanediol, 1,3-propanediol; 0.1 M buffer mix containing sodium 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, 3-(N-morpholino)propane sulfonic acid pH 7.5; 37.5 % precipitant mix containing 2-Methyl-2,4-pentanediol, polyethylene glycol 1000, polyethylene glycol 3350

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: .12 M alcohol mix containing 1,6-hexanediol, 1-butanol 1,2-propanediol, 2-propanol, 4-butanediol, 1,3-propanediol; 0.1 M buffer mix containing sodium 4-(2-hydroxyethyl)-1- ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→81.71 Å / Num. obs: 16195 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 2.7→2.83 Å / Num. unique obs: 2093 / CC_1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7B4O

7b4o

解像度: 2.7→81.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 43.227 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.412 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2783	803	4.973 %
R_work	0.2396	15343	-
all	0.242	-	-
obs	-	16146	99.963 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.467 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.931 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.595 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.526 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→81.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4427	0	8	21	4456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.213	1.635	6080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.067	1.594	9659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.934	5	593
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.359	24.537	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.751	15	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	6.934	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.031	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.154	0.2	803
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.151	0.2	3863
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.133	0.2	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.064	0.2	2024
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.088	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.038	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.184	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.45	5.841	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.45	5.84	2383
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.81	8.76	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.81	8.76	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.299	5.874	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.299	5.874	2127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.56	8.796	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.56	8.796	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.668	68.424	4531
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.667	68.428	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.062	0.05	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.045	0.05	4476
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.062	0.05	4448
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.061	0.05	4408
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.064	0.05	4419
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.064	0.05	4457

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06225	0.05011
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06225	0.05011
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04528	0.05011
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04528	0.05011
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06216	0.05011
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06216	0.05011
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06095	0.05011
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06095	0.05011
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06368	0.05011
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06368	0.05011
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06448	0.05011
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06448	0.05011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.77	0.439	62	0.425	1108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.846	0.521	58	0.406	1066	X-RAY DIFFRACTION	99.9111
2.846-2.928	0.349	57	0.356	1064	X-RAY DIFFRACTION	99.9109
2.928-3.019	0.382	53	0.333	1026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.019-3.117	0.392	60	0.296	965	X-RAY DIFFRACTION	100
3.117-3.227	0.236	43	0.27	1014	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.349	0.262	48	0.27	901	X-RAY DIFFRACTION	99.8947
3.349-3.485	0.277	44	0.263	923	X-RAY DIFFRACTION	100
3.485-3.64	0.284	54	0.246	837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.64-3.818	0.297	43	0.244	840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.818-4.024	0.195	34	0.225	778	X-RAY DIFFRACTION	99.877
4.024-4.268	0.231	39	0.205	761	X-RAY DIFFRACTION	100
4.268-4.562	0.212	33	0.199	713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.562-4.927	0.194	33	0.182	669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.927-5.396	0.298	34	0.185	616	X-RAY DIFFRACTION	100
5.396-6.032	0.246	38	0.193	562	X-RAY DIFFRACTION	100
6.032-6.962	0.222	25	0.212	504	X-RAY DIFFRACTION	100
6.962-8.52	0.548	18	0.244	434	X-RAY DIFFRACTION	100
8.52-12.02	0.234	16	0.246	346	X-RAY DIFFRACTION	99.7245
12.02-81.7	0.302	11	0.247	216	X-RAY DIFFRACTION	99.5614

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3248	-1.3005	0.1198	6.7897	1.3522	2.8711	-0.0742	-0.715	-0.515	0.6722	0.187	0.14	0.3942	-0.3053	-0.1128	0.2909	-0.0033	-0.0296	0.2902	0.0205	0.1066	18.101	-35.733	15.71
2	3.3144	-0.4616	0.6806	6.3609	-0.5792	3.3496	-0.1756	-0.6297	0.8686	0.5825	0.1422	0.006	-0.8179	-0.1162	0.0334	0.3966	0.024	-0.0369	0.28	-0.2638	0.3072	15.149	-10.232	15.627
3	4.7103	1.9546	0.2232	5.9182	-1.0925	3.8999	-0.2132	0.9527	-0.5932	-0.7527	0.302	-0.2319	0.3761	0.3977	-0.0888	0.2945	-0.0216	-0.0022	0.2748	-0.0916	0.0997	32.464	-35.288	45.445
4	3.9756	0.2935	1.1343	5.8956	0.9061	5.1548	-0.494	0.8118	0.9705	-0.882	0.3649	0.1716	-1.2	0.4041	0.1291	0.5896	-0.2013	-0.1546	0.2559	0.2721	0.3218	35.439	-9.775	45.949

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	5 - 153
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	5 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	CCC	5 - 153
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	DDD	5 - 153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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