PDB-7b4i: Thermostable omega transaminase PjTA-R6 variant W58G engineered f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7b4i

タイトル

Thermostable omega transaminase PjTA-R6 variant W58G engineered for asymmetric synthesis of enantiopure bulky amines

要素

Aspartate aminotransferase family protein

キーワード

TRANSFERASE / Aminotransferase / Transaminase / Amine synthesis / Enantioselective / Thermostable / Engineered

機能・相同性

機能・相同性情報

transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Capra, N. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.M.W.H. / Janssen, D.B.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Computational Redesign of an omega-Transaminase from Pseudomonas jessenii for Asymmetric Synthesis of Enantiopure Bulky Amines.
著者: Meng, Q. / Ramirez-Palacios, C. / Capra, N. / Hooghwinkel, M.E. / Thallmair, S. / Rozeboom, H.J. / Thunnissen, A.W.H. / Wijma, H.J. / Marrink, S.J. / Janssen, D.B.

履歴

登録	2020年12月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年9月22日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _atom_site.calc_flag / _citation.journal_volume ..._atom_site.calc_flag / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7b4i.cif.gz	351.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7b4i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7b4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7b4i_validation.pdf.gz	368.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7b4i_full_validation.pdf.gz	370.3 KB	表示
XML形式データ	7b4i_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	7b4i_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/7b4i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b4jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g1f-3 4a6t-2 5kqw-1 6s4g-2 4brh-d 4a72-2 4brd-d 4a6t-1 5kqt-1 2yku-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Aspartate aminotransferase family protein

BBB: Aspartate aminotransferase family protein

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.784, 97.784, 119.899
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	Aspartate aminotransferase family protein 分子量: 50628.684 Da / 分子数: 2 / 変異: W58G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: CMK94_18730, DIU04_17820 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D8IND4
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: Drops were prepared by mixing 1 ul of protein solution (~10 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 20 uM PLP buffer) with 1 ul of reservoir solution. Reservoir contained 0.7-1M succinic ...詳細: Drops were prepared by mixing 1 ul of protein solution (~10 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 20 uM PLP buffer) with 1 ul of reservoir solution. Reservoir contained 0.7-1M succinic acid pH 7.6. Crystals appeared after 48h.

結晶

マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.54 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: Drops were prepared by mixing 1 ul of protein solution (~10 mg/ml in 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 20 uM PLP buffer) with 1 ul of reservoir solution. Reservoir contained 0.7-1M succinic ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

DIAMOND

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→98 Å / Num. obs: 123358 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 17.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 5.5 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.31-98	0.026	123358	0.998	0.018	0.032
1.7-1.73	0.458	6058	0.863	0.325	0.563

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DIALS	1.14.13	data processing
Aimless	0.7.4	データスケーリング
Aimless	0.7.4	データ削減
Coot	0.9.2	モデル構築
REFMAC	5.8.0258	精密化
REFMAC	5.8.0258	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.7→98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.968 / SU B: 2.005 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.191	6175	5 %
R_work	0.173	117147	-
all	0.174	-	-
obs	-	123322	99.9 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.117 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.117 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.233 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6907	0	38	428	7373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	7149
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.628	9691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.386	1.564	15363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.73	5	909
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.051	22.563	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.521	15	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.711	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	905
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	6340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3231
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.151	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.931	3.083	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.925	3.082	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.607	4.619	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.608	4.619	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.791	3.431	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.79	3.43	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.262	5.023	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.262	5.023	5153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.315	37.442	8059
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.26	37.215	7976
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.066	0.05	14460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.273	471	0.258	8593	X-RAY DIFFRACTION	99.4
1.74-1.79	0.265	429	0.242	8435	X-RAY DIFFRACTION	99.8
1.79-1.84	0.256	464	0.239	8199	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.84-1.9	0.25	424	0.224	7881	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.901-1.963	0.227	424	0.212	7745	X-RAY DIFFRACTION	100
1.963-2.032	0.237	372	0.207	7495	X-RAY DIFFRACTION	99.9746
2.03-2.11	0.229	412	0.208	7137	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.11-2.19	0.226	339	0.201	6925	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.19-2.29	0.217	293	0.194	6719	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.29-2.4	0.22	296	0.186	6421	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.53	0.19	333	0.177	6065	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.69	0.205	329	0.182	5669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.87	0.211	264	0.185	5446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.1	0.206	265	0.19	5006	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.1-3.4	0.188	258	0.177	4575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.8	0.165	221	0.155	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.39	0.145	202	0.129	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.39-5.37	0.153	152	0.129	3137	X-RAY DIFFRACTION	99.88
5.37-7.59	0.153	143	0.151	2433	X-RAY DIFFRACTION	99.96
7.59-97.97	0.149	84	0.14	1352	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)