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- PDB-7b36: MST4 in complex with compound G-5555 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b36
タイトルMST4 in complex with compound G-5555
要素Serine/threonine-protein kinase 26
キーワードTRANSFERASE / kinase inhibitors / Structure-based drug design / SIK2 inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


microvillus assembly / vesicle membrane / Golgi-associated vesicle / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cell periphery / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation ...microvillus assembly / vesicle membrane / Golgi-associated vesicle / Apoptotic cleavage of cellular proteins / cellular response to starvation / negative regulation of cell migration / cell periphery / cellular response to oxidative stress / regulation of apoptotic process / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
MST4, kinase domain / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain superfamily / : / Programmed cell death protein 10, dimerisation domain / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-59T / Serine/threonine-protein kinase 26
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.10681078505 Å
データ登録者Tesch, R. / Rak, M. / Joerger, A.C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)397659447 ドイツ
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of Selective Salt-Inducible Kinase Inhibitors.
著者: Tesch, R. / Rak, M. / Raab, M. / Berger, L.M. / Kronenberger, T. / Joerger, A.C. / Berger, B.T. / Abdi, I. / Hanke, T. / Poso, A. / Strebhardt, K. / Sanhaji, M. / Knapp, S.
履歴
登録2020年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 26
C: Serine/threonine-protein kinase 26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9298
ポリマ－67,7222
非ポリマー1,2086
水1,49583
1
A: Serine/threonine-protein kinase 26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5135
ポリマ－33,8611
非ポリマー6534
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Serine/threonine-protein kinase 26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4163
ポリマ－33,8611
非ポリマー5552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.749, 53.186, 93.518
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.355, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase 26 / MST3 and SOK1-related kinase / Mammalian STE20-like protein kinase 4 / STE20-like kinase MST4 / ...MST3 and SOK1-related kinase / Mammalian STE20-like protein kinase 4 / STE20-like kinase MST4 / Serine/threonine-protein kinase MASK


分子量: 33860.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK26, MASK, MST4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9P289, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-59T / 8-[(trans-5-amino-1,3-dioxan-2-yl)methyl]-6-[2-chloro-4-(6-methylpyridin-2-yl)phenyl]-2-(methylamino)pyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one / G-5555


分子量: 492.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C25H25ClN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: solution: protein 12 mg/ml in buffer 25mM HEPES pH 7.5, 200 mM NaCl, 0.5mM TCEP, 5% glycerol reservoir: 28% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.48 Å / Num. obs: 35855 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 37.7410049082 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.11→2.17 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2756 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.348 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZHP

3zhp


解像度: 2.10681078505→46.4716734331 Å / SU ML: 0.307824106377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33493055704 / 位相誤差: 32.92135848
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244487399643 1710 4.78294920564 %
Rwork0.200976456902 34042 -
obs0.203059982941 35752 98.387363091 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.0893235375 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.10681078505→46.4716734331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4157 0 83 83 4323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007603059336184329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8516978573255852
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0506070646084646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591640489072799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.44896397272626
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.16880.4045811905751370.3189519979042683X-RAY DIFFRACTION94.0940940941
2.1688-2.23880.3314518346641460.2566027232132824X-RAY DIFFRACTION98.703888335
2.2388-2.31880.3136677913381560.2401701496962805X-RAY DIFFRACTION98.7
2.3188-2.41170.3115964119741390.2403050245032840X-RAY DIFFRACTION99.0688393748
2.4117-2.52140.3021372716611470.2346387520562839X-RAY DIFFRACTION98.8741721854
2.5214-2.65430.2885161148891580.223110745462841X-RAY DIFFRACTION99.5683930943
2.6543-2.82060.3221973528671420.2238949695242834X-RAY DIFFRACTION99.1008991009
2.8206-3.03840.3156120745561260.2320198605312803X-RAY DIFFRACTION96.7305151915
3.0384-3.3440.2558431524471270.2302859205622894X-RAY DIFFRACTION99.375
3.344-3.82770.2436385496971240.1919473435632885X-RAY DIFFRACTION99.3069306931
3.8277-4.82170.1905505195851550.1593389351262876X-RAY DIFFRACTION99.2144026187
4.8217-46.470.1863062629891530.1720393632152918X-RAY DIFFRACTION97.9585326954
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.70659189894-1.330335844630.9306720848345.81715300623-0.11844998735.17668814245-0.354745879405-0.07469114844740.207867997593-0.395255915650.3899456858050.2387665553550.124403048413-0.543527526129-0.007461978715050.343209378045-0.1351242709330.02426617338650.5159380678010.006886664824020.2981972581836.049743825332.8125285935362.9750985574
21.34604448959-0.120570681286-0.4522781874691.22820314111-1.546042775043.32132658997-0.2546807962150.0865975550432-0.085998789403-0.806431443730.2054094032220.1926453422140.751540150784-0.6794144677630.04771469154250.476662957547-0.130190764632-0.02681429443570.417965517655-0.06139014274770.37311437342512.34431104765.3775823105647.3610598012
30.9866758869510.116823689434-1.298487272625.12547823234-2.955648631253.479035513120.01589819845530.436036057415-0.177844499894-0.549461189839-0.01882989363830.9562654626720.344318226998-1.42053234165-0.0670680212140.4596688682590.00330500960813-0.1397183494490.826222517116-0.09733534050560.5467166060264.435564625414.925939630836.3287298503
42.30419854957-0.07399083038060.7497068900622.83753098736-1.12474035524.94588141951-0.0846063030936-0.002531473763910.0646519232667-0.364545963865-0.00550055827848-0.107681217539-0.0445615761646-0.4340917024050.105641350570.349096535199-0.00582692418120.02524771958650.320313935483-0.02664794057120.31011704419319.970050846817.365496607737.6783626666
56.876168282831.32900478635-0.8433571976924.71344806860.9198638397443.52689061172-0.2138400611220.163156607787-0.05889191453580.1389934185180.2012790913550.415759357101-0.308730929392-0.794263144503-0.01404850875290.3510236421740.1572353631050.05427418637880.6575089190950.05686152977780.3494907398479.830272043616.83568451938-15.9277519341
61.132219186320.009201854414680.2248268589162.13182520373-1.595221867313.69126769878-0.1340111237620.03232082475690.1679447187550.7585144398910.1743247500680.126165297146-0.898904335297-0.685019822088-0.0193329924960.5196258174150.1477742136440.05017810528080.373177373058-0.03019044651880.35801927026217.78128215354.82069083551-0.568655491495
70.07033654882310.167597599635-0.1516230980452.77785923091-3.06839521893.39829558812-0.0385699342261-0.1867805207450.1154586620310.3848944987680.1556067419080.758013078285-0.398475698117-0.697987764382-0.03244961856110.5217676471050.0984460128360.1046147019840.662003303637-0.048747070040.4545722856539.36863774568-5.36895439479.78278052744
81.83283934271-0.187236234435-1.199212922512.82216400772-1.442582759524.71030668011-0.176083797105-0.0209513361308-0.04668937558130.426102254372-0.0496183373552-0.0337227404767-0.136456284083-0.2846222247320.2142798747350.384346129398-0.0107350352864-0.005497466191250.237712060441-0.04506567549050.33322711882324.9070891792-7.314349805028.77684996383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 60 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 160 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 197 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 198 through 300 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 17 through 63 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 64 through 160 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 161 through 197 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 198 through 299 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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