[日本語] English
万見
- PDB-7b2n: Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii chloroplastic Fruc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2n
タイトルCrystal structure of Chlamydomonas reinhardtii chloroplastic Fructose bisphosphate aldolase
要素Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Fructose bisphosphate aldolase / Chlamydomonas reinhardtii / glyceraldehyde-3-phosphate / dihydroxyacetone phosphate / fructose-1 / 6-bisphosphate / Calvin-benson cycle
機能・相同性Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / chloroplast / glycolytic process / Aldolase-type TIM barrel / Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
機能・相同性情報
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Le Moigne, T. / Lemaire, S.D. / Henri, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)JCJC CALVINTERACT ANR-19-CE11-0009 フランス
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of chloroplast fructose-1,6-bisphosphate aldolase from the green alga Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Le Moigne, T. / Sarti, E. / Nourisson, A. / Zaffagnini, M. / Carbone, A. / Lemaire, S.D. / Henri, J.
履歴
登録2020年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
B: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
C: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
D: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
E: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
F: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
G: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
H: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,36538
ポリマ－315,5448
非ポリマー2,82130
水17,817989
1
A: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
B: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
D: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
H: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,15219
ポリマ－157,7724
非ポリマー1,38015
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-233 kcal/mol
Surface area48210 Å2
手法PISA
2
C: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
E: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
F: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
G: Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,21319
ポリマ－157,7724
非ポリマー1,44115
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10280 Å2
ΔGint-252 kcal/mol
Surface area47990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.493, 251.068, 126.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase 1, chloroplastic


分子量: 39442.965 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: ALDCHL, CHLREDRAFT_24459 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42690, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 989 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 6% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.983995275547 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983995275547 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→46.67 Å / Num. obs: 138497 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 40.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 13.34
反射 シェル解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.495 / Num. unique obs: 13155 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PHYRE2 MODEL

解像度: 2.36→46.67 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1984 1.43 %
Rwork0.203 136436 -
obs0.203 138420 99.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.28 Å2 / Biso mean: 46.78 Å2 / Biso min: 15.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.36→46.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20266 0 146 989 21401
Biso mean--68.59 43.18 -
残基数----2649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.36-2.420.34961310.32449009914092
2.42-2.490.39081410.292798149955100
2.49-2.560.31951430.266297239866100
2.56-2.640.29371380.249597959933100
2.64-2.740.28221430.241998169959100
2.74-2.850.28641450.247497799924100
2.85-2.970.29491420.233597719913100
2.97-3.130.29671420.221797869928100
3.13-3.330.25671450.217698389983100
3.33-3.580.24291420.200197669908100
3.58-3.940.24521420.179398109952100
3.94-4.520.19791440.164298169960100
4.52-5.690.22091410.16498229963100
5.69-46.670.2051450.1751989110036100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る