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万見
- PDB-7b2l: Structure of the endocytic adaptor complex AENTH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b2l
タイトルStructure of the endocytic adaptor complex AENTH
要素
  • ANTH domain of Sla2
  • ENTH domain of epsin Ent1
キーワードCELL ADHESION / Membrane protein / clathrin-mediated endocytosis / adapter protein / Sla2 / Epsin-1 / ENTH / ANTH
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / actin cortical patch / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity ...Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch assembly / clathrin vesicle coat / clathrin light chain binding / incipient cellular bud site / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cellular bud tip / actin cortical patch / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / clathrin-coated vesicle / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / clathrin binding / cortical actin cytoskeleton / actin filament organization / ubiquitin binding / phospholipid binding / endocytosis / actin filament binding / early endosome / endosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain ...Sla2 family / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / ENTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / ENTH domain / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / ENTH/VHS / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIO / Protein SLA2 / Epsin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Klebl, D.P. / Lizarrondo, J. / Sobott, F. / Garcia-Alai, M. / Muench, S.P.
資金援助 ドイツ, 英国, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SK 305/1-1 ドイツ
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structure of the endocytic adaptor complex reveals the basis for efficient membrane anchoring during clathrin-mediated endocytosis.
著者: Javier Lizarrondo / David P Klebl / Stephan Niebling / Marc Abella / Martin A Schroer / Haydyn D T Mertens / Katharina Veith / Roland Thuenauer / Dmitri I Svergun / Michal Skruzny / Frank ...著者: Javier Lizarrondo / David P Klebl / Stephan Niebling / Marc Abella / Martin A Schroer / Haydyn D T Mertens / Katharina Veith / Roland Thuenauer / Dmitri I Svergun / Michal Skruzny / Frank Sobott / Stephen P Muench / Maria M Garcia-Alai /
要旨: During clathrin-mediated endocytosis, a complex and dynamic network of protein-membrane interactions cooperate to achieve membrane invagination. Throughout this process in yeast, endocytic coat ...During clathrin-mediated endocytosis, a complex and dynamic network of protein-membrane interactions cooperate to achieve membrane invagination. Throughout this process in yeast, endocytic coat adaptors, Sla2 and Ent1, must remain attached to the plasma membrane to transmit force from the actin cytoskeleton required for successful membrane invagination. Here, we present a cryo-EM structure of a 16-mer complex of the ANTH and ENTH membrane-binding domains from Sla2 and Ent1 bound to PIP that constitutes the anchor to the plasma membrane. Detailed in vitro and in vivo mutagenesis of the complex interfaces delineate the key interactions for complex formation and deficient cell growth phenotypes demonstrate its biological relevance. A hetero-tetrameric unit binds PIP molecules at the ANTH-ENTH interfaces and can form larger assemblies to contribute to membrane remodeling. Finally, a time-resolved small-angle X-ray scattering study of the interaction of these adaptor domains in vitro suggests that ANTH and ENTH domains have evolved to achieve a fast subsecond timescale assembly in the presence of PIP and do not require further proteins to form a stable complex. Together, these findings provide a molecular understanding of an essential piece in the molecular puzzle of clathrin-coated endocytic sites.
履歴
登録2020年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11987
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENTH domain of epsin Ent1
B: ANTH domain of Sla2
C: ENTH domain of epsin Ent1
D: ANTH domain of Sla2
F: ENTH domain of epsin Ent1
G: ANTH domain of Sla2
H: ENTH domain of epsin Ent1
I: ANTH domain of Sla2
K: ENTH domain of epsin Ent1
L: ANTH domain of Sla2
M: ENTH domain of epsin Ent1
N: ANTH domain of Sla2
P: ENTH domain of epsin Ent1
Q: ANTH domain of Sla2
R: ENTH domain of epsin Ent1
S: ANTH domain of Sla2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)432,03136
ポリマ－417,10016
非ポリマー14,93120
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
ENTH domain of epsin Ent1


分子量: 18880.510 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENTH domain of epsin Ent1
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: ENT1, YDL161W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12518
#2: タンパク質
ANTH domain of Sla2 / ANTH domain of Sla2


分子量: 33257.004 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ANTH domain of Sla2
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SLA2, END4, MOP2, UFG1, YNL243W, N1102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P33338
#3: 化合物
ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 16 mer of 8 Sla2 ANTH and 8 Epsin-1 ENTH domains in complex with PIP2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 20 mM Tris, 250 mM NaCl and 1 mM DTT
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 278 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 75.2 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9ISOLDEモデル精密化
10PHENIXモデル精密化
11RELION初期オイラー角割当
12cryoSPARC最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 195536
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79414 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15OO7

5oo7

15OO71PDBexperimental model
25ONF

5onf

15ONF2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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