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- PDB-7b26: CirpA1 in complex with pseudo-monomeric Properdin lacking TSR2-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b26
タイトルCirpA1 in complex with pseudo-monomeric Properdin lacking TSR2-3
要素
  • (Properdin) x 2
  • CirpA1
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / Inhibitor / Complement / Tick / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response ...cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / specific granule lumen / tertiary granule lumen / defense response to bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Thrombospondin type 1 repeat / CFP-like, C-terminal thrombospondin type 1 domain / : / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Properdin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rhipicephalus pulchellus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lea, S.M. / Johnson, S. / Braunger, K.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust100298 英国
Wellcome Trust209194 英国
Wellcome Trust219477 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)S021264 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 554-2019 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure and function of a family of tick-derived complement inhibitors targeting properdin.
著者: Braunger, K. / Ahn, J. / Jore, M.M. / Johnson, S. / Tang, T.T.L. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R. / Lea, S.M.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年7月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_asym.entity_id
改定 2.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Properdin
A: Properdin
C: CirpA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,34913
ポリマ－62,4023
非ポリマー1,94810
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area27070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.310, 54.512, 70.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Properdin / Complement factor P


分子量: 27484.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP, PFC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27918
#2: タンパク質 Properdin / Complement factor P / FP head fragment (TB-TSR1)


分子量: 14485.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP, PFC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27918
#3: タンパク質 CirpA1


分子量: 20431.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus pulchellus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3LFucpa1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1221m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.15 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 18 % w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91589 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91589 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.842→83.155 Å / Num. obs: 7444 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 63.54 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2.842→3.277 Å / Rmerge(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 372 / CC1/2: 0.599

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.18rc4_3812精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CirpA1, 6S08

6s08


解像度: 3.4→24.71 Å / SU ML: 0.3361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 26.4346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 336 4.93 %
Rwork0.2292 6486 -
obs0.2315 6822 73.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→24.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3560 0 120 0 3680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00443780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87445134
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0503559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2031491
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-4.280.32341050.26672221X-RAY DIFFRACTION51.06
4.28-24.710.25922310.21584265X-RAY DIFFRACTION94.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99185967388-0.0581389616219-0.2648294009421.950944958610.529108692552.99192877967-0.1456707300540.4527007807910.430069612270.05715494845030.06162380661860.256678946197-0.490062461978-0.3185818718630.02408233378180.511420597155-0.1038901654810.004695543238310.2845008023720.06034596725520.8192394284162.963037693674.7694503398545.1591134186
21.337771977180.0872119634892-1.241463754060.9023222740480.3372475939691.242519256220.239054747680.9023472438460.431727104014-0.498383567489-0.2110880851150.811079930240.1540446620030.449904647259-0.04881536214430.6208979180070.538660901569-0.02336592303291.178007413340.5451403812610.80804578085340.7880749242-0.41976971843512.641883076
31.552098658121.31832121734-0.2858295937091.800155524211.631822814896.601511367160.008992207765430.04656709587160.352803976029-0.2502116410320.2532768088670.0631981972722-1.033028298020.757835983249-0.278047407760.5205171811470.2190345423960.05348996264730.815806371862-0.06449703483340.60763235956560.72534669783.2163401166425.159359858
47.59556085997-7.156206091122.570127410872.0230370355-2.109776623474.87312460990.6645704003210.01267402891740.8788459749990.1490322826950.0320081071113-0.39344819094-0.613329319061-0.262188011722-0.4738884408860.5985127004250.001642870248860.2977172331970.6954445371120.2117183777950.63737128359959.2587712062-0.95118883914114.8753852386
53.19717504402-0.764400204941-1.322581998131.62328851274-0.402123136663.324982870220.4416774191520.0493983771307-0.01601266605910.516894729034-0.460176930501-0.5930098899490.08890601255020.483435368046-0.05689303038520.7576372671370.140077927965-0.08147770540221.10336851614-0.2945407228830.33464381540762.9513856767-0.71743821753239.7610113023
69.506143564594.52418438579-2.929984878223.82867920364-0.1939385575597.279494224090.204583374781-0.4993956289570.0325163571437-0.555690329842-0.485136294977-0.456713309888-1.181756129410.04230120668160.327687463030.634901935957-0.03454788831590.05555539890520.270684541801-0.1346844404971.0054583701322.79722483514.9134797083645.1858271203
70.00498915811833-0.005789717230490.004924006418520.1896626336240.1229007949170.0877877750346-0.128818682919-0.1976967467620.0139774338446-0.05352428331010.01911780184490.0739246815240.121772178669-0.2130360810280.107219245229-0.277513690424-0.9647286917310.373643146822-0.501397131827-0.3438482284591.26891154414.04109236950.53213363497447.5288024134
82.960901969480.5223782001233.790814359432.418997783241.9307908818.15420817227-0.0823442106733-0.373530098069-0.7601552741940.04488860515470.122861120518-0.5171559225920.35367046820.0311025437597-0.1079711136720.301388452955-0.002988183701580.005562129898440.2825753678920.01851572793570.78184913708520.0515481531-1.6463494745844.1337180377
98.005313929172.34626977912-3.7254438118.6336357828-5.136831065964.46525610516-0.8055531166270.3816779174280.280602489589-0.9842776656730.153325442615-0.172800721905-0.4043630875420.1592622777630.5487014271630.5431739385610.126438260640.03799369327670.8169425394480.1360397863990.36053549730927.4193003695-0.083734071216438.4420754698
100.665589936254-0.637806852385-1.203812762760.913325161423-0.261159376389.69633121519-0.8104963230180.475681093616-0.3094098258190.3477953843730.7720510327410.195649650124-0.8800037723540.959602385810.008833966113940.4286932447940.09691818425550.0142729994670.791540495133-0.09633942311350.52796349254543.38309093047.6463628067542.9865388661
119.45048305551-4.565687401732.546002492777.854485437021.406945339118.750468453610.859580285586-2.148020288022.134526061140.5779091710420.899882729844-1.0917042793-1.956528177972.38031473833-1.544097772141.003255603040.0875112407089-0.04328636464491.76765099336-0.7483238940991.122871390259.554738614913.343364471354.0428029078
122.114107764083.45292835312.55098659493.01497127154-0.04286338115534.39014742583-0.1443729010411.19503516102-0.514733638979-0.1110449118670.58441129256-0.126601701518-0.03053719895060.783949579383-0.4023635539690.4375201067510.1049199915980.09183006546960.554698592857-0.09245207438350.49410960133640.7336204079-0.47179794860342.1086618065
130.005261446290410.07271880306750.06502284038970.9195875535870.8401283231250.758544044144-0.2776365466520.05983573153210.407113569270.1691472574940.0579554056655-0.511973603707-0.02999923300870.2720700610110.1868561907760.6577135226390.335635096199-0.2916609284412.686301635030.178631220212.4984132382361.670389696318.134512533650.2932677855
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'B' and (resid 260 through 317 )BA260 - 3171 - 48
22chain 'B' and (resid 318 through 372 )BA318 - 37249 - 103
33chain 'B' and (resid 373 through 428 )BA373 - 428104 - 156
44chain 'B' and (resid 429 through 438 )BA429 - 438157 - 166
55chain 'B' and (resid 439 through 464 )BA439 - 464167 - 192
66chain 'A' and (resid 28 through 44 )AK28 - 441 - 17
77chain 'A' and (resid 45 through 52 )AK45 - 5218 - 25
88chain 'A' and (resid 53 through 71 )AK53 - 7126 - 44
99chain 'A' and (resid 72 through 79 )AK72 - 7945 - 52
1010chain 'A' and (resid 80 through 89 )AK80 - 8953 - 62
1111chain 'A' and (resid 90 through 95 )AK90 - 9563 - 68
1212chain 'A' and (resid 96 through 127 )AK96 - 12769 - 100
1313chain 'A' and (resid 128 through 133 )AK128 - 133101 - 106
1414chain 'C' and (resid 48 through 66 )CC48 - 661 - 19
1515chain 'C' and (resid 67 through 75 )CC67 - 7520 - 28
1616chain 'C' and (resid 76 through 97 )CC76 - 9729 - 50
1717chain 'C' and (resid 98 through 119 )CC98 - 11951 - 72
1818chain 'C' and (resid 120 through 143 )CC120 - 14373 - 96
1919chain 'C' and (resid 144 through 165 )CC144 - 16597 - 118
2020chain 'C' and (resid 166 through 176 )CC166 - 176119 - 129
2121chain 'C' and (resid 177 through 190 )CC177 - 190130 - 143
2222chain 'C' and (resid 191 through 203 )CC191 - 203144 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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