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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7b26 | ||||||||||||||||||
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Title | CirpA1 in complex with pseudo-monomeric Properdin lacking TSR2-3 | ||||||||||||||||||
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![]() | IMMUNOSUPPRESSANT / Inhibitor / Complement / Tick / Complex | ||||||||||||||||||
Function / homology | ![]() cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / Regulation of Complement cascade / specific granule lumen ...cytoplasmic side of Golgi membrane / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / complement activation, alternative pathway / complement activation / Regulation of Complement cascade / specific granule lumen / positive regulation of immune response / tertiary granule lumen / defense response to bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular region Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Lea, S.M. / Johnson, S. / Braunger, K. | ||||||||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure and function of a family of tick-derived complement inhibitors targeting properdin. Authors: Braunger, K. / Ahn, J. / Jore, M.M. / Johnson, S. / Tang, T.T.L. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R. / Lea, S.M. | ||||||||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 243.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 161.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7b28C ![]() 7b29C ![]() 7b2aC ![]() 7b2dC ![]() 6s08S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 27484.514 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||
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#2: Protein | Mass: 14485.592 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() | ||
#3: Protein | Mass: 20431.527 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() | ||
#4: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
#5: Sugar | ChemComp-MAN / Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.15 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 18 % w/v PEG 5000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91589 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.842→83.155 Å / Num. obs: 7444 / % possible obs: 89.4 % / Redundancy: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 63.54 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 6.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.842→3.277 Å / Rmerge(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 372 / CC1/2: 0.599 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: CirpA1, 6S08 Resolution: 3.4→24.71 Å / SU ML: 0.3361 / Cross valid method: FREE R-VALUE / Phase error: 26.4346 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.12 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.4→24.71 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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