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- PDB-7b25: DtxR-like iron-dependent regulator IdeR (Q43A variant) complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7b25
タイトルDtxR-like iron-dependent regulator IdeR (Q43A variant) complexed with cobalt and its consensus DNA-binding sequence
要素
  • (consensus DNA-binding sequence) x 2
  • DtxR family iron (Metal) dependent repressor
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION REGULATION / REPRESSOR (リプレッサー) / REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATOR / METAL SENSOR / IDER / IRON-DEPENDENT REGULATOR / DTXR / HELIX-TURN-HELIX (ヘリックスターンヘリックス) / METAL ION (金属) / METAL-BINDING PROTEIN / DNA BINDING (デオキシリボ核酸) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily ...FeoA domain / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Transcriptional repressor, C-terminal / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DtxR family iron (Metal) dependent repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Maurer, D. / Marcos-Torres, F.J. / Griese, J.J.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council2016-03770 スウェーデン
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: The bacterial iron sensor IdeR recognizes its DNA targets by indirect readout.
著者: Marcos-Torres, F.J. / Maurer, D. / Juniar, L. / Griese, J.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The bacterial iron sensor IdeR recognizes its DNA targets by indirect readout
著者: Marcos-Torres, F.J. / Maurer, D. / Griese, J.J.
履歴
登録2020年11月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年3月31日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / ndb_struct_na_base_pair ...atom_site / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / struct_conf / struct_conn / struct_sheet_range
Item: _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening ..._ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Polymer geometry
詳細: The model was further rebuilt and refined to improve its geometry, in particular the Rama Z-score. This model has a higher percentage of Ramachandran favored residues and favored rotamers ...詳細: The model was further rebuilt and refined to improve its geometry, in particular the Rama Z-score. This model has a higher percentage of Ramachandran favored residues and favored rotamers than the previous model, no Ramachandran or rotamer outliers, and a better Rama Z-score.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02021年7月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _cell.Z_PDB / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_src_syn.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 3.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 3.22021年10月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 3.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DtxR family iron (Metal) dependent repressor
B: DtxR family iron (Metal) dependent repressor
C: DtxR family iron (Metal) dependent repressor
D: DtxR family iron (Metal) dependent repressor
E: consensus DNA-binding sequence
F: consensus DNA-binding sequence
aa: DtxR family iron (Metal) dependent repressor
dd: DtxR family iron (Metal) dependent repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,82316
ポリマ－171,3518
非ポリマー4718
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16200 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area45360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.656, 110.856, 86.752
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
DtxR family iron (Metal) dependent repressor


分子量: 25587.316 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: There is a domain swap with symmetry mates. The C-terminal domains associated with chains A and D originate from chains D and A of a symmetry mate, respectively, and have therefore been named ...詳細: There is a domain swap with symmetry mates. The C-terminal domains associated with chains A and D originate from chains D and A of a symmetry mate, respectively, and have therefore been named chains dd and aa. The swap is only possible for chains A and D, but not for chains B and C, due to crystal packing interactions.
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (strain ATCC 11635 / DSM 40517 / JCM 4748 / NBRC 13426 / NCIMB 8594 / NRRL 2338) (バクテリア)
株: ATCC 11635 / DSM 40517 / JCM 4748 / NBRC 13426 / NCIMB 8594 / NRRL 2338
遺伝子: A8924_2181 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A9J1W2
#2: DNA鎖 consensus DNA-binding sequence


分子量: 8893.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polydeoxyribonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: A0A2A9J1W2*PLUS
#3: DNA鎖 consensus DNA-binding sequence


分子量: 8933.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polydeoxyribonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O / 参照: UniProt: A0A2A9J1W2*PLUS
構成要素の詳細There is a domain swap with symmetry mates. The C-terminal domains associated with chains A and D ...There is a domain swap with symmetry mates. The C-terminal domains associated with chains A and D originate from chains D and A of a symmetry mate, respectively, and have therefore been named chains dd and aa. The swap is only possible for chains A and D, but not for chains B and C, due to crystal packing interactions.
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 29%(w/v) PEG 3350, 0.28 M ammonium sulfate, 0.1 M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→93.16 Å / Num. obs: 36928 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.34→2.63 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.218 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1847 / CC1/2: 0.599 / Rpim(I) all: 0.511 / Rrim(I) all: 1.323 / % possible all: 61.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7B1V

7b1v


解像度: 2.34→93.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.888 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 11.716 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.576 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2831 1869 5.1 %RANDOM
Rwork0.2673 ---
obs0.268 35059 53.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 175.74 Å2 / Biso mean: 62.742 Å2 / Biso min: 21.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0.27 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→93.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7016 1189 8 43 8256
Biso mean--46.78 39.17 -
残基数----970
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0138436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1461.56211675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1131.70517790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1635904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.96520.761394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.649151286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4531580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021776
LS精密化 シェル解像度: 2.341→2.402 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.277 60 -
obs--1.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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