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万見
- PDB-7axx: Structure of WDR5:CS-VIP8 crystal after illumination at 405 nm an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7axx
タイトルStructure of WDR5:CS-VIP8 crystal after illumination at 405 nm and room temperature
要素
  • (ALQ)(4FO)R(ABA)(DPN)(EDN)(S7Z)
  • WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSFERASE / WDR5 / cyclic strained visible-light photoswitches / MLL1 complex disruption / inhibition of hematopoiesis
機能・相同性
機能・相同性情報


MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / regulation of tubulin deacetylation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of gluconeogenesis / methylated histone binding / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / skeletal system development / gluconeogenesis / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Neddylation / HATs acetylate histones / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Werel, L. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Bistable Photoswitch Allows in Vivo Control of Hematopoiesis.
著者: Albert, L. / Nagpal, J. / Steinchen, W. / Zhang, L. / Werel, L. / Djokovic, N. / Ruzic, D. / Hoffarth, M. / Xu, J. / Kaspareit, J. / Abendroth, F. / Royant, A. / Bange, G. / Nikolic, K. / ...著者: Albert, L. / Nagpal, J. / Steinchen, W. / Zhang, L. / Werel, L. / Djokovic, N. / Ruzic, D. / Hoffarth, M. / Xu, J. / Kaspareit, J. / Abendroth, F. / Royant, A. / Bange, G. / Nikolic, K. / Ryu, S. / Dou, Y. / Essen, L.O. / Vazquez, O.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02023年7月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 3.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 4.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5
B: (ALQ)(4FO)R(ABA)(DPN)(EDN)(S7Z)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5792
ポリマ－37,5792
非ポリマー00
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.030, 46.900, 126.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 36635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: WDR5, component of MLL1 methyltransferase complex, chromatin regulator
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: タンパク質・ペプチド (ALQ)(4FO)R(ABA)(DPN)(EDN)(S7Z)


分子量: 943.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: cyclic peptide, cyclic strained visible-light photoswitch, WDR5-binder, disrupts MLL1 complex via MLL1-WDR5 inhibition
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.82 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% (w/v) PEG20000, 20% (v/v) PEG550 MME, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→44.01 Å / Num. obs: 25827 / % possible obs: 96.07 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 21.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.08507 / Rpim(I) all: 0.03712 / Rrim(I) all: 0.09312 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 1.79→1.859 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.6186 / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / Num. unique obs: 6956 / CC1/2: 0.615 / Rpim(I) all: 0.4115 / Rrim(I) all: 0.7499 / % possible all: 66.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IAM

6iam


解像度: 1.79→44.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.703 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21361 1279 5 %RANDOM
Rwork0.16581 ---
obs0.16817 24059 96.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.346 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.56 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2417 0 38 176 2631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.8833426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0682.9265444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.555314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.1792592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.58215433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.354154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6721.3991262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6721.3991262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6042.0881570
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6032.0881571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9951.5711272
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0111.581249
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1012.2921824
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.6316.8712820
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.58916.682745
LS精密化 シェル解像度: 1.795→1.841 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 73 -
Rwork0.268 1038 -
obs--57.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71220.02810.27891.95480.18431.78060.01290.02150.0735-0.0523-0.0536-0.1236-0.06210.1420.04060.0044-0.00410.00270.1360.01470.020315.0590.741-19.937
22.9553-0.55870.35672.29670.09392.95640.0547-0.0928-0.2143-0.0546-0.01340.11210.2909-0.1166-0.04130.0715-0.0172-0.02490.07670.00760.02676.917-16.746-19.368
31.84390.7037-0.52942.0342-0.2782.0748-0.0111-0.04670.00530.07820.03030.09580.0545-0.1094-0.01920.01230.01180.00890.1408-0.00750.02270.96-1.191-7.496
48.979-6.11353.08725.5457-4.04754.8705-0.12130.67080.21580.0402-0.04530.2151-0.0972-0.32820.16660.351-0.0393-0.03790.41260.08060.4533-0.4461.323-26.295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2A149 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3A229 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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