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万見
- PDB-7axu: Structure of WDR5:CS-VIP8 cocrystal after illumination in situ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7axu
タイトルStructure of WDR5:CS-VIP8 cocrystal after illumination in situ
要素WD repeat-containing protein 5
キーワードTRANSFERASE / WDR5 / cyclic strained visible-light photoswitches / MLL1 complex disruption / inhibition of hematopoiesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...Epigenetic regulation of gene expression by MLL3 and MLL4 complexes / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / MLL1/2 complex / ATAC complex / NSL complex / histone H3K4 methyltransferase activity / Cardiogenesis / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / regulation of cell division / regulation of embryonic development / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / : / positive regulation of gluconeogenesis / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / gluconeogenesis / skeletal system development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / mitotic spindle / HATs acetylate histones / Neddylation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / histone binding / regulation of cell cycle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Werel, L. / Essen, L.-O.
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2022
タイトル: Bistable Photoswitch Allows in Vivo Control of Hematopoiesis.
著者: Albert, L. / Nagpal, J. / Steinchen, W. / Zhang, L. / Werel, L. / Djokovic, N. / Ruzic, D. / Hoffarth, M. / Xu, J. / Kaspareit, J. / Abendroth, F. / Royant, A. / Bange, G. / Nikolic, K. / ...著者: Albert, L. / Nagpal, J. / Steinchen, W. / Zhang, L. / Werel, L. / Djokovic, N. / Ruzic, D. / Hoffarth, M. / Xu, J. / Kaspareit, J. / Abendroth, F. / Royant, A. / Bange, G. / Nikolic, K. / Ryu, S. / Dou, Y. / Essen, L.O. / Vazquez, O.
履歴
登録2020年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6351
ポリマ－36,6351
非ポリマー00
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.387, 47.172, 133.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 5 / BMP2-induced 3-kb gene protein


分子量: 36635.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: WDR5, cyclic strained visible-light photoswitches, MLL1 complex disruption, inhibition of hematopoiesis
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR5, BIG3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61964
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% (w/v) PEG20000, 20% (v/v) PEG550 MME, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M trisodium citrate, 0.02 M sodium potassium L-tartrate, 0.02 M sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→44.7 Å / Num. obs: 34930 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.02835 / Rpim(I) all: 0.02835 / Rrim(I) all: 0.04009 / Net I/σ(I): 15.39
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.1981 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 6864 / CC1/2: 0.922 / Rpim(I) all: 0.1981 / Rrim(I) all: 0.2802 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IAM

6iam


解像度: 1.68→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.81 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1933 1800 5.1 %RANDOM
Rwork0.15889 ---
obs0.16064 33154 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.33 Å2-0 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 0 0 392 2812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.8713415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1932.9335389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6435321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.65125.31994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67415436
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.255153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02488
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.991.4881272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.981.4861270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0282.2281594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0282.231595
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7171.7631240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7141.7631239
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.0252.5191820
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.27720.0382941
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.96818.8652803
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.723 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 149 -
Rwork0.421 2349 -
obs--98.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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