PDB-7axw: Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrysta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7axw

タイトル

Crystal structure of the cAMP-dependent protein kinase A cocrystallized with 1-aminoisoquinoline and PKI (5-24)

要素

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

キーワード

TRANSFERASE / phosphotransferase / signalling pathways / glycogen metabolism / serine/threonine kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus ...negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / ciliary base / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / intracellular potassium ion homeostasis / mesoderm formation / plasma membrane raft / axoneme / regulation of proteasomal protein catabolic process / sperm flagellum / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / acrosomal vesicle / positive regulation of phagocytosis / protein export from nucleus / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / neuromuscular junction / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Oebbeke, M. / Wienen-Schmidt, B. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Fragment based drug design - Small chemical changes of fragments effecting big changes in binding
著者: Oebbeke, M. / Wienen-Schmidt, B. / Gerber, H.-D. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2020年11月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7axw.cif.gz	272.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7axw.ent.gz	183 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7axw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7axw_validation.pdf.gz	737.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7axw_full_validation.pdf.gz	738.2 KB	表示
XML形式データ	7axw_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	7axw_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/7axw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6f14C 6y05C 6y0bC 6y2oC 6y2uC 6y89C 6yotC 6youC 7axtC 7axvC 1q8wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ok3-d 5m71-d 5otg-d 6y2o-d 7n6z-d 6yot-d 6emb-d 5m6v-d 6i2h-d 5m75-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha

ヘテロ分子

43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.113, 107.584, 58.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41113.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha / PKI-alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / muscle/brain isoform 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P63248
#3: 化合物	ChemComp-1SQ / ISOQUINOLIN-1-AMINE / 1-AMINO-ISOQUINOLINE / 1-アミノイソキノリン分子量: 144.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 30mM MBT, 1mM DTT, 0.1mM EDTA, 75mM LiCl, 0.3mM Mega8, 0.07mM PKI, 10mM of 1-aminoisoquinoline (solved in DMSO, 100mM) and 20% (v/v) MeOH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→45.48 Å / Num. obs: 48217 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.09 Å² / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 1.69→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 6544 / R_sym value: 0.448 / % possible all: 78.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot		モデル構築
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1Q8W

1q8w

解像度: 1.69→45.48 Å / SU ML: 0.1771 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.1649
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2193	2411	5 %
R_work	0.1812	45798	-
obs	0.1832	48209	92.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→45.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2877	0	11	295	3183

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0092	3030
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9814	4123
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0538	447
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068	540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.9651	1079

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.72	0.2562	109	0.2375	2073	X-RAY DIFFRACTION	71.87
1.72-1.76	0.2886	124	0.2227	2355	X-RAY DIFFRACTION	81.76
1.76-1.8	0.2531	127	0.2167	2412	X-RAY DIFFRACTION	84.75
1.8-1.85	0.2642	128	0.2102	2438	X-RAY DIFFRACTION	85.25
1.85-1.9	0.2558	129	0.2109	2447	X-RAY DIFFRACTION	85.3
1.9-1.95	0.2623	134	0.206	2552	X-RAY DIFFRACTION	88.09
1.95-2.02	0.223	134	0.1902	2547	X-RAY DIFFRACTION	89.07
2.02-2.09	0.199	142	0.1966	2698	X-RAY DIFFRACTION	93.39
2.09-2.17	0.2603	148	0.1937	2806	X-RAY DIFFRACTION	97.69
2.17-2.27	0.233	151	0.1894	2877	X-RAY DIFFRACTION	99.31
2.27-2.39	0.2232	152	0.187	2889	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.39-2.54	0.22	152	0.1818	2890	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.54-2.74	0.2139	153	0.1896	2895	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.74-3.01	0.2325	154	0.1856	2935	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.01-3.45	0.2407	155	0.1777	2932	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.45-4.34	0.1794	155	0.1473	2962	X-RAY DIFFRACTION	99.43
4.35-45.48	0.1959	164	0.1721	3090	X-RAY DIFFRACTION	99.27

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.12504466531	1.1081888424	-2.03258234988	4.28499563372	-3.03777572426	6.53429901312	-0.176729666795	-0.0132396644029	-0.164176819801	-0.169518151252	-0.0585919358847	-0.29464567071	0.542353241992	0.236012294627	0.274214629282	0.16549507438	0.0328588272278	0.0252155244044	0.231686080437	-0.0282510742415	0.140915952129	-8.91872374432	1.24679726452	-9.30992351263
2	6.4193128614	-1.13832693071	0.0432087660196	3.1956953271	-1.86642437806	1.81714360509	0.176452855697	0.226061620166	0.274394850274	-0.0862998062832	-0.117278682353	0.235242231913	-0.144458614927	0.0895240252031	-0.119652574457	0.257756395703	0.0204879180585	0.0242767603097	0.320199474763	-0.0288120955654	0.166371725292	-24.0631176453	29.7348943176	-25.8573746505
3	4.70797737462	1.29131890955	2.57493453155	4.12691420752	-0.0940611239194	2.64697388861	-0.132178116788	-0.244541211706	0.636921401419	0.0915399857869	-0.192199808555	0.0338732353973	-0.386348285203	-0.0899675619726	0.290865032067	0.234261917994	-0.0271078928661	0.023194429536	0.225345256939	0.00832239508485	0.190184195565	-13.4600660789	31.4886703146	-17.0010799801
4	1.16624899671	0.161566195346	0.0100054281151	0.824194195763	-0.117131100238	1.06022511097	-0.0368502974988	0.125026549642	0.0260793994473	-0.0724606219016	-0.00510733020734	0.018633986774	-0.0821919631626	-0.101822100568	0.0250087084639	0.129385125164	0.00850005017308	-0.0141791742529	0.121560759216	-0.00621645977044	0.110024278408	-22.350814036	18.9042744398	-10.6161391017
5	6.8645350939	4.7769884151	5.608544862	4.4347874368	4.04071751987	5.75115459517	0.00652503389871	0.144162290424	0.0620646120963	-0.112378691813	-0.00266738563313	-0.256931531241	-0.139475642763	0.231949757587	0.0534988388562	0.164820008486	-0.0279957040129	0.00709019807298	0.134858457719	0.00486771508678	0.207472215594	-9.65806886584	23.3943821273	-5.70123383516
6	3.33590888318	0.885516095962	0.0330435220987	2.24197884057	0.145997191582	1.51355575098	-0.0211160881001	-0.334987014977	0.250169555589	0.0907428078527	0.00848433300338	-0.0861840092403	-0.162609320109	0.0661657740718	-0.00648068241935	0.106571661055	0.00263253257032	-0.0170051392173	0.121656936073	-0.0128621505575	0.108729337007	-17.5665816353	23.0902584613	7.06393919515
7	3.31060188368	-0.229012552263	-1.07536439462	2.99238407747	0.600499630464	2.58715460815	-0.0199606588856	-0.213827606076	-0.0126778393809	0.18191657708	0.0979379865932	-0.229443218194	0.0686192366343	0.175420998845	-0.0771730425858	0.141544315977	0.020169462195	-0.0267065395005	0.138026280449	0.0336803862814	0.122801162163	-17.4225365631	9.15797810637	8.66874864937
8	6.49740456109	1.65381635055	-0.26492762231	0.716611651802	0.201276791691	8.62624501625	0.0238709793733	0.2025314755	0.207908612139	-0.236808139962	-0.010226088901	0.0244469936891	0.440757270176	-0.141702500394	-0.0386498925534	0.1325906105	-0.05684114777	-0.0131382083276	0.096555648149	-0.0378911203171	0.157336322882	-26.0414624246	4.30631739435	-9.79747383532
9	7.07158066344	2.31370404176	-0.753497586176	2.3088222556	-1.99439989417	2.56249510224	-0.0326280071664	0.140899773477	0.827247329301	0.0538781100698	-0.00350631259629	0.320735908503	-0.534368855252	-0.0482276198794	0.0225987018797	0.342986782629	0.0355345083787	-0.00949672818993	0.234511678623	-0.0532415547333	0.248078420857	-22.1722220405	34.7662049227	-20.6711968971
10	4.59599257424	5.695020811	-1.82968896773	9.30102899835	1.02122464268	5.59822652896	-0.107793332542	-0.432104247835	0.140791982887	0.302945587513	-0.0835473129273	0.275271031177	0.0199894347709	-0.164633231605	0.257405063317	0.195818288927	0.0644372718271	0.00895495634573	0.229353720338	0.0161637335221	0.14908973837	-34.0842286469	26.1732872303	12.0857939297
11	6.25888885282	-3.12269137815	-3.47354165861	5.4230836113	0.929233991731	2.15149599868	-0.161274007544	-0.206431502956	0.520104764415	0.0206422174502	0.0083627877684	-0.139519275536	-0.346550475951	0.0678148684118	0.15679892371	0.162017108821	0.0311936971268	-0.039600509904	0.189962250577	0.00762695555699	0.185030750395	-25.3011846522	31.2055027028	2.07446495511

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 179 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 180 through 198 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 199 through 252 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 253 through 297 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 298 through 316 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 317 through 350 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 5 through 12 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 13 through 22 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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