[日本語] English
万見
- PDB-7ax1: Crystal structure of the human CCR4-CAF1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ax1
タイトルCrystal structure of the human CCR4-CAF1 complex
要素
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 6
  • CCR4-NOT transcription complex subunit 7
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Deadenylation / mRNA decay / CCR4-NOT complex / EEP hydrolase / DEDDh hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / RNA exonuclease activity / CCR4-NOT complex / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / positive regulation of mRNA catabolic process ...regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / poly(A)-specific ribonuclease / poly(A)-specific ribonuclease activity / CCR4-NOT core complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / RNA exonuclease activity / CCR4-NOT complex / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / Deadenylation of mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / P-body assembly / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / intracellular membraneless organelle / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of viral genome replication / nuclear receptor coactivator activity / P-body / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / transcription corepressor activity / regulation of translation / 3'-5'-RNA exonuclease activity / defense response to virus / DNA-binding transcription factor binding / nuclear body / nuclear speck / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCR4-NOT transcription complex subunit 6 / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...CCR4-NOT transcription complex subunit 6 / CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8/Pop2 / Ribonuclease CAF1 / CAF1 family ribonuclease / : / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CCR4-NOT transcription complex subunit 7 / CCR4-NOT transcription complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chen, Y. / Khazina, E. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Crystal structure and functional properties of the human CCR4-CAF1 deadenylase complex.
著者: Chen, Y. / Khazina, E. / Izaurralde, E. / Weichenrieder, O.
履歴
登録2020年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT transcription complex subunit 6
B: CCR4-NOT transcription complex subunit 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4084
ポリマ－97,3602
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area37420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.850, 63.260, 113.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 6 / CCR4 carbon catabolite repression 4-like / Carbon catabolite repressor protein 4 homolog / ...CCR4 carbon catabolite repression 4-like / Carbon catabolite repressor protein 4 homolog / Cytoplasmic deadenylase


分子量: 64049.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FIRST SIX AMINO ACIDS GPHMLE REMAIN FROM THE PURIFICATION TAG.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT6, CCR4, CCR4a, KIAA1194 / プラスミド: pET-MCN / 詳細 (発現宿主): pnEA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q9ULM6, poly(A)-specific ribonuclease
#2: タンパク質 CCR4-NOT transcription complex subunit 7 / BTG1-binding factor 1 / CCR4-associated factor 1 / CAF-1 / Caf1a


分子量: 33310.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE FIRST SIX AMINO ACIDS GPHMLE REMAIN FROM THE PURIFICATION TAG.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNOT7, CAF1 / プラスミド: pET-MCN / 詳細 (発現宿主): pnYC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q9UIV1, poly(A)-specific ribonuclease
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES, 0.1M MgCl2, 8% PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→71.74 Å / Num. obs: 15515 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 150.53 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1174 / CC1/2: 0.29 / Rsym value: 1.505 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GMJ,4B8C,3NGN

4gmj

4b8c

3ngn


解像度: 3.3→71.724 Å / SU ML: 0.74 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.97 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2758 776 5 %
Rwork0.2481 14734 -
obs0.2497 15510 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 360.52 Å2 / Biso mean: 163.6747 Å2 / Biso min: 68.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→71.724 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6231 0 2 0 6233
Biso mean--139.54 --
残基数----771
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5028616
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037947
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2093829
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3001-3.50680.48851290.43552450100
3.5068-3.77760.37751280.33122429100
3.7776-4.15770.32131270.28532430100
4.1577-4.75920.25821300.22872437100
4.7592-5.99560.27641300.24782470100
5.9956-71.7240.24371320.2192251899

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る