PDB-7awv: Azoreductase (AzoRo) from Rhodococcus opacus 1CP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7awv

タイトル

Azoreductase (AzoRo) from Rhodococcus opacus 1CP

要素

FMN-dependent NADH-azoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / azoreductase / Actinobacterium / dye degradation / NADH-quinone oxido-reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / FMN-dependent NADH-azoreductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus opacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bento, I. / Ngo, A. / Qi, J. / Juric, C. / Tischler, D.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2022
タイトル: Identification of molecular basis that underlie enzymatic specificity of AzoRo from Rhodococcus opacus 1CP: A potential NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Ngo, A.C.R. / Qi, J. / Juric, C. / Bento, I. / Tischler, D.

履歴

登録	2020年11月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7awv.cif.gz	305.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7awv.ent.gz	244.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7awv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7awv_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7awv_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7awv_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	7awv_validation.cif.gz	25.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3bbe-d 6qu0-d 6jxn-2 5d6n-d 6jxs-2 2z9d-d 4i11-d 3p0r-1 4m4s-d 3w7a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FMN-dependent NADH-azoreductase

B: FMN-dependent NADH-azoreductase

ヘテロ分子

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.652, 140.652, 40.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 206 / Label seq-ID: 3 - 206

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	FMN-dependent NADH-azoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase / azoreductase-monomer 分子量: 22853.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 遺伝子: azoR, R1CP_39980 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1B1KJ01, FMN-dependent NADH-azoreductase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 16-20% of isopropanol, 12-16% PEG4000 and 0.1M of sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→70.43 Å / Num. obs: 23710 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.87 Å² / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.133 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 1.654 / Num. unique obs: 2347 / CC_1/2: 0.53 / CC star: 0.832 / R_pim(I) all: 0.795 / R_rim(I) all: 1.84 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 2.2→70.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 21.691 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2611	1221	5.15 %
R_work	0.2161	22488	-
all	0.218	-	-
obs	-	23709	99.903 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.118 Å²	-0.059 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.118 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.382 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→70.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3119	0	90	118	3327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.017	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.731	1.648	4534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.335	1.564	7168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.58	5	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.203	19.933	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.853	15	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.087	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	695
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	627
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.154	0.2	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.149	0.2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.16	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.47	2.74	1663
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.468	2.74	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.309	4.104	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.31	4.105	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.746	2.936	1644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.746	2.937	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.772	4.324	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.772	4.325	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.53	52.553	14048
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.516	52.428	13988
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.141	0.05	6024

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14097	0.05007
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.14097	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.357	99	0.346	1656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.257-2.319	0.404	85	0.309	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.386	0.353	73	0.303	1617	X-RAY DIFFRACTION	99.8818
2.386-2.46	0.368	78	0.284	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.54	0.354	84	0.292	1488	X-RAY DIFFRACTION	99.9364
2.54-2.629	0.306	76	0.272	1401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.729	0.3	86	0.251	1377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-2.84	0.303	69	0.244	1330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.966	0.301	72	0.225	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.966-3.111	0.28	72	0.217	1233	X-RAY DIFFRACTION	99.9234
3.111-3.279	0.275	75	0.239	1137	X-RAY DIFFRACTION	99.9176
3.279-3.478	0.251	37	0.226	1127	X-RAY DIFFRACTION	100
3.478-3.718	0.262	49	0.214	1037	X-RAY DIFFRACTION	99.8162
3.718-4.015	0.206	52	0.179	973	X-RAY DIFFRACTION	100
4.015-4.398	0.247	46	0.155	896	X-RAY DIFFRACTION	99.7881
4.398-4.916	0.157	53	0.154	788	X-RAY DIFFRACTION	99.7627
4.916-5.675	0.259	45	0.19	727	X-RAY DIFFRACTION	99.8706
5.675-6.947	0.284	23	0.196	625	X-RAY DIFFRACTION	99.8459
6.947-9.808	0.184	38	0.168	475	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3352	0.0434	0.3662	1.5899	-0.7048	1.9399	-0.0027	-0.0245	0.5866	0.0467	-0.0067	0.128	-0.015	0.0029	0.0094	0.0048	0.0112	-0.0038	0.0393	-0.0138	0.3403	-39.3422	-43.7445	-0.2622
2	2.1464	0.1617	0.7252	1.5937	0.4181	1.7315	-0.1962	0.4862	1.1267	-0.0061	0.0023	-0.2455	-0.1657	0.2577	0.194	0.0335	-0.0382	-0.0625	0.1688	0.251	0.9094	-23.2136	-28.9696	-8.8528

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 210
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	302
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	303
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	304
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	305
7	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	306
8	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	3 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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