PDB-7awk: Crystal structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7awk

タイトル

Crystal structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955)

要素

Probable endoribonuclease HigB1

キーワード

TOXIN / Mycobacterium tuberculosis / Toxin-Antitoxin-Chaperone / RNase

機能・相同性

Toxin HigB-like / Phage derived protein Gp49-like (DUF891) / detoxification / negative regulation of growth / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to hypoxia / Probable endoribonuclease HigB1

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Bigot, D.J. / Guillet, V. / Mourey, L.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Substrate recognition and cryo-EM structure of the ribosome-bound TAC toxin of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Moise Mansour / Emmanuel Giudice / Xibing Xu / Hatice Akarsu / Patricia Bordes / Valérie Guillet / Donna-Joe Bigot / Nawel Slama / Gaetano D'urso / Sophie Chat / Peter Redder / Laurent ...
要旨: Toxins of toxin-antitoxin systems use diverse mechanisms to control bacterial growth. Here, we focus on the deleterious toxin of the atypical tripartite toxin-antitoxin-chaperone (TAC) system of ...

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年5月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7awk.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7awk.ent.gz	42.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7awk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7awk_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7awk_full_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示
XML形式データ	7awk_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	7awk_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/7awk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	12261C 7nbuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ee8-1 3b0i-d 4ru2-7 4gk1-7 1lmq-d 1c3k-d 3rvc-d 4z3m-d 4ru2-5 6nu0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable endoribonuclease HigB1

14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.975, 82.054, 38.047
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Probable endoribonuclease HigB1 / Toxin HigB1 (Rv1955) 分子量: 14920.277 Da / 分子数: 1 / 変異: K95A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: higB1, higB, Rv1955 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P9WJA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Probable endoribonuclease HigB1 / Toxin HigB1 (Rv1955)

分子量: 14920.277 Da / 分子数: 1 / 変異: K95A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: higB1, higB, Rv1955 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WJA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Na acetate pH 4.6, 30 % (w/v) PEG 4K, 0.2 M ammonium acetate PH範囲: 4.6-6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 11202 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 9.22
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 739 / CC_1/2: 0.602 / R_rim(I) all: 1.32 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Model

解像度: 1.91→41.027 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 8.611 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.167 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2734	560	5.004 %
R_work	0.2124	10632	-
all	0.215	-	-
obs	-	11192	99.299 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.644 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.147 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.967 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→41.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	973	0	0	65	1038

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	955
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.833	1.65	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.37	1.582	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.301	5	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.047	20.169	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.3	15	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.386	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	247
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	866
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.025	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.231	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.224	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.418	2.815	484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.42	2.808	483
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.643	4.2	605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.643	4.208	606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.479	3.074	529
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.454	3.059	526
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.855	4.503	769
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.841	4.497	768
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.408	32.432	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.322	32.113	1132

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.955	0.379	39	0.31	737	X-RAY DIFFRACTION	98.2278
1.955-2.009	0.266	41	0.287	784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.009-2.067	0.299	37	0.247	706	X-RAY DIFFRACTION	99.5979
2.067-2.13	0.269	38	0.224	715	X-RAY DIFFRACTION	99.7351
2.13-2.2	0.27	36	0.22	695	X-RAY DIFFRACTION	99.8634
2.2-2.277	0.224	35	0.204	666	X-RAY DIFFRACTION	99.4326
2.277-2.363	0.323	34	0.196	638	X-RAY DIFFRACTION	99.5556
2.363-2.459	0.282	33	0.204	634	X-RAY DIFFRACTION	99.701
2.459-2.568	0.248	32	0.207	604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.568-2.693	0.296	30	0.209	566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.693-2.838	0.242	29	0.252	558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.838-3.009	0.274	28	0.225	530	X-RAY DIFFRACTION	100
3.009-3.215	0.341	26	0.238	491	X-RAY DIFFRACTION	98.8528
3.215-3.471	0.239	23	0.247	435	X-RAY DIFFRACTION	92.9006
3.471-3.8	0.277	23	0.229	428	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.244	0.197	20	0.186	391	X-RAY DIFFRACTION	100
4.244-4.891	0.242	19	0.159	352	X-RAY DIFFRACTION	99.7312
4.891-5.97	0.314	16	0.186	301	X-RAY DIFFRACTION	99.6855
5.97-8.354	0.308	12	0.206	247	X-RAY DIFFRACTION	99.6154
8.354-41.027	0.362	9	0.184	153	X-RAY DIFFRACTION	97.006

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -9.308 Å / Origin y: 11.812 Å / Origin z: -10.992 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.009 Å²	-0.0083 Å²	-0.0084 Å²	-	0.0323 Å²	0.0008 Å²	-	-	0.1544 Å²
L	3.134 °²	0.8681 °²	-1.4168 °²	-	1.3023 °²	-0.7937 °²	-	-	2.1232 °²
S	0.0591 Å °	-0.0566 Å °	-0.2374 Å °	0.048 Å °	-0.1965 Å °	-0.0549 Å °	0.055 Å °	0.0674 Å °	0.1373 Å °

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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