[日本語] English
万見
- PDB-7avp: Crystal structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MAR) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7avp
タイトルCrystal structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MAR) in the O state
要素Bacteriorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / retinal / rhodopsin / bacteriorhodopsin / proton pump / ion transport / xanthorhodopsin
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / EICOSANE / RETINAL / Bacteriorhodopsin
機能・相同性情報
生物種Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Gushchin, I. / Polovinkin, V. / Kovalev, K. / Shevchenko, V. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0026 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Proteorhodopsin insights into the molecular mechanism of vectorial proton transport.
著者: Bukhdruker, S. / Gushchin, I. / Shevchenko, V. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Tsybrov, F. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Mikhaylov, A. / Bukhalovich, S. / Bratanov, D. / Ryzhykau, Y. / ...著者: Bukhdruker, S. / Gushchin, I. / Shevchenko, V. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Tsybrov, F. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Mikhaylov, A. / Bukhalovich, S. / Bratanov, D. / Ryzhykau, Y. / Kuklina, D. / Caramello, N. / Rokitskaya, T. / Antonenko, Y. / Rulev, M. / Stoev, C. / Zabelskii, D. / Round, E. / Rogachev, A. / Borshchevskiy, V. / Ghai, R. / Bourenkov, G. / Zeghouf, M. / Cherfils, J. / Engelhard, M. / Chizhov, I. / Rodriguez-Valera, F. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2020年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年10月2日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / atom_type / cell / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conn / symmetry
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _cell.volume / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _struct_conn.pdbx_dist_value / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02025年4月2日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_special_symmetry / struct / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct.title
改定 3.12025年4月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_keywords.text

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,64720
ポリマ－24,2771
非ポリマー5,37019
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint85 kcal/mol
Surface area10050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.633, 40.417, 60.428
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.370, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-522-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin


分子量: 24277.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S5DM51
#2: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H28O
由来: (組換発現) Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 10% PEG 6000 140 mM NaCl 0.1M NaAcetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.076→59.241 Å / Num. obs: 71975 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 10.28 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 13.74
反射 シェル解像度: 1.076→1.181 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 3599 / CC1/2: 0.7472 / Rpim(I) all: 0.364

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
STARANISOデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JSI

5jsi


解像度: 1.09→59.24 Å / SU ML: 0.0625 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.3501
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1526 3382 4.9 %RANDOM
Rwork0.1333 65654 --
obs0.1342 69036 69.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→59.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1697 0 179 200 2076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00781989
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98752651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0687280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2846793
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.09-1.110.323240.449447X-RAY DIFFRACTION1.25
1.11-1.120.3407120.4172144X-RAY DIFFRACTION3.78
1.12-1.140.3741210.3557347X-RAY DIFFRACTION9.08
1.14-1.160.3165340.2755711X-RAY DIFFRACTION17.87
1.16-1.180.1991470.2141109X-RAY DIFFRACTION27.97
1.18-1.20.1953670.19581323X-RAY DIFFRACTION33.91
1.2-1.220.181840.19271577X-RAY DIFFRACTION40.4
1.22-1.250.2039940.18951950X-RAY DIFFRACTION49.49
1.25-1.280.23271300.19752467X-RAY DIFFRACTION62.77
1.28-1.310.18271580.19282950X-RAY DIFFRACTION75.09
1.31-1.340.19162120.1743352X-RAY DIFFRACTION86.13
1.34-1.380.16551690.17373645X-RAY DIFFRACTION92.28
1.38-1.420.18381750.16383753X-RAY DIFFRACTION94.81
1.42-1.460.18121760.15483767X-RAY DIFFRACTION95.96
1.46-1.510.15771850.13813704X-RAY DIFFRACTION92.97
1.51-1.570.14361990.12693815X-RAY DIFFRACTION97.21
1.57-1.650.12741900.10953841X-RAY DIFFRACTION97.34
1.65-1.730.12362150.10423854X-RAY DIFFRACTION97.41
1.73-1.840.14021960.10693796X-RAY DIFFRACTION96.45
1.84-1.980.12182100.10733774X-RAY DIFFRACTION95.95
1.98-2.180.12481940.10383927X-RAY DIFFRACTION98.56
2.18-2.50.12782070.10333938X-RAY DIFFRACTION98.95
2.5-3.150.12971910.11543878X-RAY DIFFRACTION96.58
3.15-59.240.18522120.16023985X-RAY DIFFRACTION97.33

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る