PDB-7av9: Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homolog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7av9

タイトル

Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in space group C2

要素

PH-interacting protein

キーワード

PROTEIN BINDING / PHIP / PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN INTERACTING PROTEIN / bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of cell morphogenesis / positive regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / RHOBTB2 GTPase cycle / cytoskeleton organization / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of protein phosphorylation / lysine-acetylated histone binding / insulin receptor binding / insulin receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the second bromodomain of Pleckstrin homology domain interacting protein (PHIP) in space group C2
著者: Krojer, T. / Talon, R. / Fairhead, M. / Szykowska, A. / Burgess-Brown, N.A. / Brennan, P.E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F.

履歴

登録	2020年11月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7av9.cif.gz	73.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7av9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7av9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7av9_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7av9_full_validation.pdf.gz	437.5 KB	表示
XML形式データ	7av9_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	7av9_validation.cif.gz	13.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/7av9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mb3S 7av8 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5pbk-d 5dyx-d 5pcs-d 5pf3-d 5mgg-d 5l98-d 6fgt-d 5e9y-d 5pbo-d 5pg6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.5281/zenodo.4085784 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: PH-interacting protein

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.490, 27.020, 55.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.500, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1735- HOH
2	1	AAA-1790- HOH

#1: タンパク質	PH-interacting protein / PHIP / DDB1- and CUL4-associated factor 14 / IRS-1 PH domain-binding protein / WD repeat-containing protein 11 分子量: 15156.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHIP, DCAF14, WDR11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WWQ0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.43 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG8000, 0.04M potassium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→14.51 Å / Num. obs: 34009 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.23→1.25 Å / Num. unique obs: 1388 / CC_1/2: 0.987

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3MB3

3mb3

解像度: 1.23→14.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 1.29 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.146	1635	4.808 %
R_work	0.1179	32374	-
all	0.119	-	-
obs	-	34009	96.531 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.779 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.293 Å²	0 Å²	-0.597 Å²
2-	-	2.821 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.158 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→14.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1025	0	20	201	1246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1036
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.885	1.658	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.72	1.578	2405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.506	5	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.364	21.429	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.717	15	199
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.94	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	966
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.204	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.895	1.199	535
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.623	1.194	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2	1.802	681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.055	1.807	682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.817	1.556	593
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.815	1.557	594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.369	2.214	845
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.367	2.215	846
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.078	16.52	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.54	15.494	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.503	3	2164

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.23-1.262	0.187	112	0.14	2023	X-RAY DIFFRACTION	83.529
1.262-1.297	0.162	115	0.119	2212	X-RAY DIFFRACTION	91.5781
1.297-1.334	0.15	77	0.116	2211	X-RAY DIFFRACTION	94.0789
1.334-1.375	0.124	124	0.102	2155	X-RAY DIFFRACTION	96.3229
1.375-1.42	0.133	115	0.096	2156	X-RAY DIFFRACTION	97.6354
1.42-1.47	0.152	110	0.101	2103	X-RAY DIFFRACTION	98.8388
1.47-1.525	0.133	103	0.092	2028	X-RAY DIFFRACTION	99.0702
1.525-1.588	0.122	82	0.086	1998	X-RAY DIFFRACTION	99.142
1.588-1.658	0.127	111	0.087	1836	X-RAY DIFFRACTION	99.2355
1.658-1.739	0.113	92	0.085	1809	X-RAY DIFFRACTION	99.0104
1.739-1.833	0.151	93	0.102	1712	X-RAY DIFFRACTION	99.6137
1.833-1.944	0.133	85	0.105	1651	X-RAY DIFFRACTION	99.2567
1.944-2.078	0.134	83	0.106	1512	X-RAY DIFFRACTION	98.7616
2.078-2.244	0.121	64	0.095	1444	X-RAY DIFFRACTION	99.2105
2.244-2.458	0.115	68	0.106	1300	X-RAY DIFFRACTION	98.987
2.458-2.748	0.132	58	0.124	1188	X-RAY DIFFRACTION	98.1102
2.748-3.171	0.155	48	0.133	1065	X-RAY DIFFRACTION	99.0214
3.171-3.881	0.172	45	0.141	909	X-RAY DIFFRACTION	98.0473
3.881-5.475	0.16	30	0.151	695	X-RAY DIFFRACTION	96.5379
5.475-14.51	0.299	20	0.23	367	X-RAY DIFFRACTION	87.1622

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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