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- PDB-7auw: Inhibitory complex of human meprin beta with mouse fetuin-B. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7auw
タイトルInhibitory complex of human meprin beta with mouse fetuin-B.
要素
  • Fetuin-B
  • Meprin A subunit beta
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / protease inhibitor complex / zinc metallopeptidase / cystatin-type modules / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


meprin B / meprin A complex / metalloendopeptidase inhibitor activity / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / single fertilization / metalloendopeptidase activity / inflammatory response / proteolysis ...meprin B / meprin A complex / metalloendopeptidase inhibitor activity / binding of sperm to zona pellucida / negative regulation of endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / single fertilization / metalloendopeptidase activity / inflammatory response / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I25C, fetuin, conserved site / Fetuin-B-type cystatin domain / Fetuin family signature 1. / Fetuin family signature 2. / Fetuin-B-type cystatin domain profile. / Meprin alpha/beta subunit / Meprin peptidase domain / MATH domain / : / Astacin-like domain profile. ...Proteinase inhibitor I25C, fetuin, conserved site / Fetuin-B-type cystatin domain / Fetuin family signature 1. / Fetuin family signature 2. / Fetuin-B-type cystatin domain profile. / Meprin alpha/beta subunit / Meprin peptidase domain / MATH domain / : / Astacin-like domain profile. / Peptidase M12A / Astacin (Peptidase family M12A) / MAM domain signature. / Cystatin domain / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / Cystatin superfamily / TRAF-like / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Meprin A subunit beta / Fetuin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Eckhard, U. / Gomis-Ruth, F.X.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: The crystal structure of a 250-kDa heterotetrameric particle explains inhibition of sheddase meprin beta by endogenous fetuin-B.
著者: Eckhard, U. / Korschgen, H. / von Wiegen, N. / Stocker, W. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: The C-terminal region of human plasma fetuin-B is dispensable for the raised-elephant-trunk mechanism of inhibition of astacin metallopeptidases.
著者: Guevara, T. / Koerschgen, H. / Cuppari, A. / Schmitz, C. / Kuske, M. / Yiallouros, I. / Floehr, J. / Jahnen-Dechent, W. / Stoecker, W. / Gomis-Ruth, F.X.
#2: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structural basis for the sheddase function of human meprin beta metalloproteinase at the plasma membrane.
著者: Arolas, J.L. / Broder, C. / Jefferson, T. / Guevara, T. / Sterchi, E.E. / Bode, W. / Stoecker, W. / Becker-Pauly, C. / Gomis-Ruth, F.X.
履歴
登録2020年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meprin A subunit beta
B: Fetuin-B
C: Meprin A subunit beta
D: Fetuin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,92528
ポリマ－212,1184
非ポリマー16,80724
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Heterotrameric assembly of dimeric meprin beta (protease) complexed at both active sites with fetuin-B (inhibitor).
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30450 Å2
ΔGint181 kcal/mol
Surface area81730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.66, 88.24, 156.66
Angle α, β, γ (deg.)90, 113.82, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Meprin A subunit beta / Endopeptidase-2 / Meprin B / N-benzoyl-L-tyrosyl-P-amino-benzoic acid hydrolase subunit beta / PABA ...Endopeptidase-2 / Meprin B / N-benzoyl-L-tyrosyl-P-amino-benzoic acid hydrolase subunit beta / PABA peptide hydrolase / PPH beta


分子量: 62468.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEP1B / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q16820, meprin B
#2: タンパク質 Fetuin-B / Fetuin-like protein IRL685


分子量: 43590.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fetub / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9QXC1

-
糖 , 9種, 18分子

#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1203.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1040.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-2/a3-b1_a4-c1_a6-f1_c4-d1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2045.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,12,11/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-h1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_h3-i1_h6-k1_i2-j1_k2-l1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 513.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#14: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 180分子

#11: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#12: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#13: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3
詳細: 20.0% PEG smear medium, 0.1M ammonium sulfate, 0.05M magnesium sulfate heptahydrate, 0.1M bicine pH 9.3, 10% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→76.3 Å / Num. obs: 73323 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 76.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.97 Å / Num. measured obs: 509432 / Num. unique obs: 73323 / CC1/2: 0.573 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GWM

4gwm


解像度: 2.8→76.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.598 / 交差検証法: FREE R-VALUE / SU R Blow DPI: 0.559 / SU Rfree Blow DPI: 0.314 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.324
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2607 744 -RANDOM
Rwork0.2363 ---
obs0.2366 72579 93.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 122.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--41.9545 Å20 Å223.4749 Å2
2--24.1487 Å20 Å2
3---17.8058 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→76.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12628 0 1116 174 13918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00814157HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg119454HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6408SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2323HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14157HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2196SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance24HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10403SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.11
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.83 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3053 16 -
Rwork0.316 --
obs0.3159 1982 87.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.41010.79560.45954.6557-0.76753.83810.17960.11370.03480.11370.00980.48090.03480.4809-0.18940.46570.1152-0.1897-0.2692-0.1102-0.25327.2787-15.997313.548
26.6017-0.5568-1.08784.4419-0.08456.40890.00960.0172-0.5290.01720.0407-0.1101-0.529-0.1101-0.05030.7828-0.0271-0.3392-0.3810.011-0.24412.567818.948923.8415
33.3127-0.4232.15936.0663-0.3085.16670.0176-0.35470.003-0.35470.111-0.12860.003-0.1286-0.12870.4827-0.0161-0.2538-0.44330.0035-0.27913.9050.79863.1618
411.5722-1.6208-2.91152.387-0.93984.8045-0.1962-1.1170.9808-1.117-0.15820.8220.98080.8220.35440.8830.06740.40790.1615-0.36080.442749.7267-35.1935-12.2945
510.2488-12.88362.880907.03791.8094-0.6791-0.9236-0.1913-0.92360.21550.8686-0.19130.86860.46360.6934-0.1255-0.2609-0.4715-0.0739-0.1231.8708-25.84717.2297
67.4233-0.1023-2.78429.10411.20248.4375-0.4272-1.27550.491-1.27550.2404-0.60230.491-0.60230.18680.8719-0.2348-0.2775-0.0256-0.0852-0.211518.1307-28.5717-13.2106
78.329-0.4827-4.65743.43771.006-0.0994-0.15870.42020.45560.42020.03790.61690.45560.61690.12080.75910.19240.17560.1549-0.1160.5253.439-41.4837-7.8386
82.59950.88862.51480-0.37558.08540.5123-2.5231-1.1085-2.5231-0.18860.7523-1.10850.7523-0.3238-0.0921-0.2740.223-0.14920.0232-0.15840.057514.146142.413
97.1708-0.0706-0.52665.5133-0.9255.63340.10670.04320.4570.0432-0.0329-0.15310.457-0.1531-0.07380.72290.0328-0.3499-0.3863-0.0465-0.284422.4155-20.712546.3578
101.8809-0.20141.0396.675-0.86056.38870.07240.318-0.03460.3180.1149-0.0722-0.0346-0.0722-0.18740.61630.0426-0.178-0.4465-0.0159-0.329231.8796-2.559366.6824
114.5446-1.9699-5.3720-2.08631.65160.08630.2011-0.50.2011-0.33081.5687-0.51.56870.24450.8463-0.5244-0.07070.8726-0.15910.807574.008331.677742.5729
124.113.8534-4.99820.0001-5.02911.60670.349-0.38310.5659-0.38310.37030.83870.56590.8387-0.71930.6405-0.097-0.2226-0.4609-0.1015-0.282147.859324.002643.2616
1311.14820.9469-0.0857.10851.15427.0314-0.33370.2825-0.50730.28250.40061.063-0.50731.063-0.06690.72970.0288-0.28-0.002-0.1856-0.090653.712426.549266.9808
146.79271.6704-3.36142.74561.48190.54750.0209-0.3486-0.3671-0.34860.01070.3459-0.36710.3459-0.03170.851-0.35970.03430.69020.15320.389973.397940.72236.4708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|62 - A|256 A|702}A62 - 256
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|62 - A|256 A|702}A702
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|257 - A|427 A|701 }A257 - 427
4X-RAY DIFFRACTION2{ A|257 - A|427 A|701 }A701
5X-RAY DIFFRACTION3{ A|428 - A|593}A428 - 593
6X-RAY DIFFRACTION4{ B|30 - B|145}B30 - 145
7X-RAY DIFFRACTION5{ B|146 - B|160 }B146 - 160
8X-RAY DIFFRACTION6{ B|161 - B|267 }B161 - 267
9X-RAY DIFFRACTION7{ B|303 - B|383 }B303 - 383
10X-RAY DIFFRACTION8{ C|62 - C|256 C|702}C62 - 256
11X-RAY DIFFRACTION8{ C|62 - C|256 C|702}C702
12X-RAY DIFFRACTION9{ C|257 - C|427 C|701 }C257 - 427
13X-RAY DIFFRACTION9{ C|257 - C|427 C|701 }C701
14X-RAY DIFFRACTION10{ C|428 - C|593 }C428 - 593
15X-RAY DIFFRACTION11{ D|30 - D|145 }D30 - 145
16X-RAY DIFFRACTION12{ D|146 - D|160 }D146 - 160
17X-RAY DIFFRACTION13{ D|161 - D|267 }D161 - 267
18X-RAY DIFFRACTION14{ D|304 - D|379 }D304 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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