PDB-7atl: EstCE1, a hydrolase with promiscuous acyltransferase activity

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7atl

タイトル

EstCE1, a hydrolase with promiscuous acyltransferase activity

要素

Esterase

キーワード

HYDROLASE / esterase / acyltransferase / transacylase

機能・相同性

: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Esterase

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium pCosCE1 (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.478 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Lammers, M. / Berndt, L.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Discovery and Design of Family VIII Carboxylesterases as Highly Efficient Acyltransferases.
著者: Muller, H. / Godehard, S.P. / Palm, G.J. / Berndt, L. / Badenhorst, C.P.S. / Becker, A.K. / Lammers, M. / Bornscheuer, U.T.

履歴

登録	2020年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7atl.cif.gz	153.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7atl.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7atl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7atl_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7atl_full_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示
XML形式データ	7atl_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	7atl_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7atl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ci8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4rnx-1 4rnx-2 6tzi-4 6rht-d 5w12-4 5wae-3 6pwm-2 6tzj-2 4gxm-d 1nwt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: Esterase

ヘテロ分子

44 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.433, 99.433, 228.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-402- PG4
2	1	AAA-403- PG4
3	1	AAA-515- HOH
4	1	AAA-667- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Esterase 分子量: 43068.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured bacterium pCosCE1 (環境試料) 遺伝子: estCE / プラスミド: pET24c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1I192

-
非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 ul (17 mg/ml protein, 50 mM Na-phophate, pH 7.5) + 2 ul (10% PEG8000, 200 mM Mg(OAc)2), cryo buffer: 10% PEG8000, 12% PEG400, 200 mM Mg(OAc)2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日
放射	モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.478→50 Å / Num. obs: 44454 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 36 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_sym value: 0.406 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.478→2.63 Å / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 2.092 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 7167 / CC_1/2: 0.442 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	VERSION Mar 15, 2019	データ削減
XSCALE	VERSION Mar 15, 2019	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ci8

1ci8

解像度: 2.478→48.624 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	1209	4.974 %
R_work	0.2038	23097	-
all	0.204	-	-
obs	-	24306	98.978 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.464 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.145 Å²	0.073 Å²	0 Å²
2-	-	0.145 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.471 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.478→48.624 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2911	0	60	173	3144

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.035	0.017	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.643	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.329	1.578	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.149	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.977	21.887	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.784	15	467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.713	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	635
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	1433
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1285
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.203	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.455	3.303	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.455	3.302	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.849	4.948	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.849	4.948	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.208	3.691	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.207	3.694	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.033	5.366	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.032	5.37	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.611	38.614	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.662	38.617	3307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.478-2.542	0.34	86	0.3	1653	X-RAY DIFFRACTION	98.0271
2.542-2.612	0.31	91	0.29	1619	X-RAY DIFFRACTION	99.1879
2.612-2.688	0.36	83	0.35	1584	X-RAY DIFFRACTION	98.9905
2.688-2.77	0.37	77	0.29	1513	X-RAY DIFFRACTION	97.546
2.77-2.861	0.31	94	0.25	1468	X-RAY DIFFRACTION	98.4868
2.861-2.962	0.28	63	0.22	1459	X-RAY DIFFRACTION	99.3473
2.962-3.073	0.23	70	0.21	1410	X-RAY DIFFRACTION	99.5293
3.073-3.199	0.25	65	0.22	1368	X-RAY DIFFRACTION	99.307
3.199-3.341	0.22	65	0.22	1305	X-RAY DIFFRACTION	99.7089
3.341-3.504	0.27	71	0.22	1251	X-RAY DIFFRACTION	99.6232
3.504-3.694	0.24	70	0.21	1177	X-RAY DIFFRACTION	98.1117
3.694-3.918	0.2	56	0.19	1143	X-RAY DIFFRACTION	99.5847
3.918-4.188	0.2	46	0.16	1084	X-RAY DIFFRACTION	99.8233
4.188-4.523	0.17	56	0.13	1023	X-RAY DIFFRACTION	99.9074
4.523-4.955	0.19	54	0.12	923	X-RAY DIFFRACTION	99.8978
4.955-5.539	0.23	51	0.16	831	X-RAY DIFFRACTION	97.4586
5.539-6.396	0.2	26	0.16	771	X-RAY DIFFRACTION	99.8747
6.396-7.832	0.19	37	0.17	668	X-RAY DIFFRACTION	100
7.832-11.069	0.15	24	0.14	525	X-RAY DIFFRACTION	97.1681
11.069-48.6	0.2	24	0.25	322	X-RAY DIFFRACTION	98.2955

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関連情報:EMDBヘッダ

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