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万見
- PDB-7atg: Crystal structure of Z-DNA in complex with putrescinium and potas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7atg
タイトルCrystal structure of Z-DNA in complex with putrescinium and potassium cations at ultrahigh-resolution
要素DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Z-DNA / dual-conformation backbone / putrescinium cation / biogenic polyamines / potassium complex
機能・相同性4-azaniumylbutylazanium / : / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.6 Å
データ登録者Drozdzal, P. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science Centre2013/10/M/NZ1/00251 ポーランド
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of Z-DNA in complex with the polyamine putrescine and potassium cations at ultra-high resolution.
著者: Drozdzal, P. / Gilski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2020年10月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_contact_author ...citation / pdbx_contact_author / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7504
ポリマ－3,6202
非ポリマー1292
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area2530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)17.970, 31.020, 43.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 1810.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-58I / 4-azaniumylbutylazanium / Butane-1,4-diyldiammonium / Putrescinium / 1,4-ジアンモニオブタン


分子量: 90.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H14N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.6 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10%(v/v) (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 40 mM sodium cacodylate pH 6.0, 80 mM KCl, 12 mM NaCl, 14 mM putrescinium dichloride

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P13 (MX1)10.7293
シンクロトロンPETRA III, EMBL c/o DESY P13 (MX1)20.7293
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS3 S 6M1PIXEL2015年6月22日
DECTRIS PILATUS3 S 6M2PIXEL2015年6月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.72931
20.72931
反射解像度: 0.6→25.33 Å / Num. obs: 107989 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 5.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.024 / Rrim(I) all: 0.027 / Χ2: 1.143 / Net I/σ(I): 29.84
反射 シェル解像度: 0.6→0.61 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.88 / Num. unique obs: 1973 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.368 / % possible all: 22.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXL精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4hig

4hig


解像度: 0.6→25.33 Å / Num. parameters: 3962 / Num. restraintsaints: 4374 / 交差検証法: FREE R-VALUE
詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL-MATRIX LEAST-SQUARES ...詳細: THE REFINEMENT WAS CARRIED OUT AGAINST SEPARATE BIJVOET PAIRS. HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS. THE FINAL REFINEMENT WAS CALCULATED USING WEIGHTED FULL-MATRIX LEAST-SQUARES PROCEDURE. CONFORMATION-DEPENDENT GEOMETRICAL RESTRAINTS ON BOND LENGTHS AND BOND ANGLES FOR POLYNUCLEOTIDE CHAINS WERE GENERATED USING THE RESTRAINTLIB SERVER: http://achesym.ibch.poznan.pl/restraintlib/
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.095 1876 1.77 %RANDOM
Rwork0.0877 ---
obs0.0888 106103 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso max: 36.87 Å2 / Biso mean: 6.26 Å2 / Biso min: 2.73 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 141.29 / Occupancy sum non hydrogen: 333.73
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.6→25.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 240 7 159 406
Biso mean--4.95 12.2 -
残基数----12
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d1.56
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.061
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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