PDB-7asc: TGFBIp mutant A546T

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7asc

タイトル

TGFBIp mutant A546T

要素

Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3

キーワード

PROTEIN FIBRIL / granular corneal dystrophy / lattice corneal dystrophy / protein aggregation / extracellular matrix protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / collagen binding / extracellular matrix organization / cell adhesion molecule binding / visual perception / trans-Golgi network ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.8 Å

データ登録者

Andersen, G.R. / Nielsen, N.S. / Gadeberg, T.A.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mutation-induced dimerization of transforming growth factor-beta-induced protein may drive protein aggregation in granular corneal dystrophy.
著者: Nielsen, N.S. / Gadeberg, T.A.F. / Poulsen, E.T. / Harwood, S.L. / Weberskov, C.E. / Pedersen, J.S. / Andersen, G.R. / Enghild, J.J.

履歴

登録	2020年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7asc.cif.gz	563.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7asc.ent.gz	398.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7asc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7asc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7asc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7as7C 7asgC 5nv6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nv6-2 7as7-d 7asg-d 5yjg-d 5yjh-d 1l9h-3 1hzx-3 4ezv-2 3sua-2 3sua-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3

B: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3

130 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3

登録者が定義した集合体
65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.760, 206.760, 127.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 46 - 633 / Label seq-ID: 2 - 589

Dom-ID	Component-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	chain 'A'	A	A
2	2	chain 'B'	B	B

#1: タンパク質	Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 / Beta ig-h3 / Kerato-epithelin / RGD-containing collagen-associated protein / RGD-CAP 分子量: 65123.363 Da / 分子数: 2 / 変異: A546T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBI, BIGH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15582
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 / Beta ig-h3 / Kerato-epithelin / RGD-containing collagen-associated protein / RGD-CAP

分子量: 65123.363 Da / 分子数: 2 / 変異: A546T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBI, BIGH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15582

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.49 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 25 mM BIS-TRIS propane pH 9.0, 5% v/v PEG-mme 550, 1% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.8→80.31 Å / Num. obs: 14000 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / B_iso Wilson estimate: 279.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.1385 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 4.8→4.973 Å / R_merge(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1376 / CC_1/2: 0.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5nv6

5nv6

解像度: 4.8→80.31 Å / SU ML: 0.8391 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.0194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	1400	10.01 %
R_work	0.25	12585	-
obs	0.251	13985	99.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 332.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 4.8→80.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9022	0	0	0	9022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	9168
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4116	12448
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0761	1488
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	1604
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0619	5610

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
4.8-4.97	0.3715	138	0.3676	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-5.17	0.3839	136	0.3614	1229	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.17-5.41	0.3664	138	0.3602	1242	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.41-5.69	0.3542	136	0.3516	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
5.69-6.05	0.361	139	0.3331	1242	X-RAY DIFFRACTION	100
6.05-6.51	0.3388	139	0.3489	1252	X-RAY DIFFRACTION	99.93
6.51-7.17	0.3095	140	0.3325	1259	X-RAY DIFFRACTION	100
7.17-8.21	0.2798	140	0.2755	1262	X-RAY DIFFRACTION	99.72
8.21-10.34	0.2656	143	0.2234	1284	X-RAY DIFFRACTION	99.93
10.34-80.31	0.1863	151	0.1827	1348	X-RAY DIFFRACTION	98.17

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4583618822	1.62454059747	0.892748541963	3.124380789	1.96283673608	8.25440661917	-1.54363003737	1.00827612486	1.092923687	1.77368583116	-0.774061638617	1.32853062366	1.72219817533	0.303834104977	1.31606124241	3.40070692865	0.174371086181	0.0366222786845	3.29957493038	0.849646248505	2.96529761936	196.000546703	70.3738431154	16.0287731601
2	9.69446427422	0.944227697237	4.81390122277	11.4814384649	4.16373792442	11.4383420196	0.357134831943	-1.73058686402	0.761740852588	-0.178723012963	1.09935865865	-0.0986633876792	-0.199419757705	-0.961436810472	-1.55549536154	3.33931977213	0.31177901882	0.33989114788	2.81791382256	0.243630422456	3.18184871418	205.845642698	64.9315714505	36.0715747308
3	12.4676560148	-5.24933776157	-0.127757328101	9.43405037482	2.48919796234	5.37051616593	-0.926677399295	-0.1567405423	0.0232477425343	0.204231045925	0.053451081199	0.109681350163	0.0849369100764	0.629406457643	0.719973284065	3.28924585577	0.147554796373	0.182861503108	2.97387041257	0.227667613472	3.07106841479	227.14363764	52.1471355834	18.7604667917
4	5.17885493952	4.24543919899	-2.34268317526	-2.67759493878	-1.65603785546	7.81459788554	-0.024051907511	0.207540452189	-0.199656467022	-0.307111328912	0.16412578415	-0.367536087599	-0.809557980447	1.78140125956	-0.248932294365	3.80305988985	0.374869883255	0.264927262798	2.92372489521	0.1373080776	3.4566813212	240.42505991	50.6723069151	-10.2524629834
5	1.65919287586	0.919843725175	4.02841584206	0.0617867407325	3.0606153627	8.29098780043	-0.92089661567	1.91165159425	0.0555311316484	-1.73455177455	0.803941199937	-1.52280719226	-0.874819978338	-0.0629540760003	-0.0875057760974	4.97254160475	0.179473996484	0.62949892863	4.79377954522	0.128751075627	3.77305960495	244.012902443	64.6970186857	-38.0066514599
6	3.62838941452	-5.1870689496	0.80084824929	3.90715269842	0.633217645525	3.62823387644	-0.464023661115	-0.639842290982	-1.80018589281	0.546545055567	-0.799345301619	0.54248022546	2.32731868182	1.87118206126	1.30754348184	3.87348129783	0.0285226901209	0.0115724579854	3.40611820125	0.640237218613	3.54225732405	227.218511932	88.4481546012	-10.9052619713
7	9.71413457804	-3.65142307248	2.07559621979	12.0480851188	2.82712950675	10.3125467595	-0.491671731847	-0.292186734929	0.581941687808	-0.622287811548	-0.20658312669	-0.407565043292	1.32822050596	0.433444850094	0.648908597514	3.26989479046	0.0819505022988	0.317459131818	3.07493574887	0.064830399535	3.45671489074	247.324071057	82.5475034602	-1.1287709393
8	7.15653494613	1.77591715246	-0.99289347632	9.01632506655	3.96053713183	10.3253866869	0.460833246025	0.313954381551	-0.0442170861022	-1.36854987215	0.602135343335	-0.399217609183	0.407975379913	-0.60825398285	-1.07753371581	2.86466574318	0.276760716975	0.156118707733	2.9001706508	-0.0771102296763	3.23895750835	234.34886738	92.1579924939	24.5304378704
9	8.76417333129	0.191059377554	-2.59615051104	-0.137727501179	-2.03587826003	6.13622185504	-0.735053086761	-1.30412965029	0.0439484816408	-0.129792904596	0.660787361377	0.287654613984	-0.389816990177	0.338592004878	0.0725497985082	3.07060226886	0.191430713055	0.294494174368	3.09149472706	-0.0760470690083	3.21919799415	207.582612138	98.6138508121	40.8232427251
10	1.26100340295	4.438990912	-1.98721386424	-0.606232332713	1.76966340789	5.91635179314	1.01011992018	-0.134643286313	1.28588037363	1.22430205807	-1.54315252145	3.76997628063	1.61490815592	-1.7623783405	0.83024460999	3.99788360335	0.553399144541	0.534460800725	3.71198769267	0.0178262269574	4.24754539917	176.761330215	93.6746551303	43.4573523051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 45:101
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid 102:239
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resid 240:367
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resid 368:500
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resid 501:633
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 45:101
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 102:239
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 240:367
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 368:500
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 501:633

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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