PDB-7as7: Crystal structure of the GCD-associated TGFBIp mutant R124H

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7as7

タイトル

Crystal structure of the GCD-associated TGFBIp mutant R124H

要素

Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3

キーワード

PROTEIN FIBRIL / granular corneal dystrophy / lattice corneal dystrophy / protein aggregation / extracellular matrix protein

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell adhesion / extracellular matrix binding / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / chondrocyte differentiation / cell adhesion molecule binding / collagen binding / extracellular matrix organization / visual perception / extracellular matrix ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Andersen, G.R. / Gadeberg, T.A.F. / Nielsen, N.S. / Enghild, J.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Mutation-induced dimerization of transforming growth factor-beta-induced protein may drive protein aggregation in granular corneal dystrophy.
著者: Nielsen, N.S. / Gadeberg, T.A.F. / Poulsen, E.T. / Harwood, S.L. / Weberskov, C.E. / Pedersen, J.S. / Andersen, G.R. / Enghild, J.J.

履歴

登録	2020年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7as7.cif.gz	286.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7as7.ent.gz	195.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7as7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7as7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/7as7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ascC 7asgC 5nv6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7asg-d 7asc-1 5nv6-2 7asc-2 1hzx-3 5yjg-d 2xdn-d 2yq8-d 4ezv-2 6f1h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3

65.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.370, 93.870, 214.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Transforming growth factor-beta-induced protein ig-h3 / Beta ig-h3 / Kerato-epithelin / RGD-containing collagen-associated protein / RGD-CAP 分子量: 65084.316 Da / 分子数: 1 / 変異: R124H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBI, BIGH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15582
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M DL-Malic acid pH 7.0, 12% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→45.85 Å / Num. obs: 23038 / % possible obs: 99.77 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 66.86 Å² / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.206 / R_rim(I) all: 0.2223 / Net I/σ(I): 7.71
反射シェル	解像度: 2.65→2.745 Å / 冗長度: 7.1 % / Num. unique obs: 2262 / CC_1/2: 0.365 / CC star: 0.731 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5nv6

5nv6

解像度: 2.65→45.85 Å / SU ML: 0.5327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.0085

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2847	1998	8.68 %
R_work	0.2126	21010	-
obs	0.2188	23008	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 78.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4468	0	0	46	4514

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0134	4539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5502	6162
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0753	739
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0106	795
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.9889	2759

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.72	0.3986	136	0.3805	1438	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.72-2.79	0.4454	143	0.3437	1496	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.79-2.87	0.331	141	0.318	1476	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.87-2.96	0.3892	139	0.3152	1474	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.96-3.07	0.3887	142	0.3103	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.07-3.19	0.3696	143	0.2678	1491	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.19-3.34	0.3667	141	0.2769	1486	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.34-3.51	0.3803	142	0.2541	1496	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.51-3.73	0.3185	140	0.229	1489	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.73-4.02	0.2872	144	0.2066	1510	X-RAY DIFFRACTION	100
4.02-4.43	0.2187	144	0.1664	1510	X-RAY DIFFRACTION	99.82
4.43-5.07	0.2205	145	0.1578	1523	X-RAY DIFFRACTION	99.7
5.07-6.38	0.2893	144	0.1898	1522	X-RAY DIFFRACTION	99.94
6.38-45.85	0.2053	154	0.1636	1613	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.88009847164	0.722230824025	4.98906296837	0.493607892885	0.780147488399	5.11990944987	-0.285410460046	0.763559557016	1.29002822502	0.945066785546	-0.666018193372	-0.268709841715	-0.740795469056	0.389080582193	0.624975404716	1.57939950661	-0.205083260128	-0.560038844066	1.43008978711	0.30586526493	1.52485806941	8.17154851047	77.4633199062	31.8105905884
2	6.07118776806	-1.6693490793	0.214668034383	4.19287253649	0.463653468475	3.54522283096	0.0147776645354	0.285245131804	0.269652203705	0.0222718260912	-0.274305369419	-0.137654707058	0.0693209700707	0.0591099468466	0.238204210324	0.567404640822	-0.0619882576685	-0.0459171624219	0.697819079766	0.0807883059359	0.602399773455	4.52105165503	56.9964739933	21.3627026608
3	3.46045997634	-1.14567397416	4.6396611637	0.463481007626	-1.35320946629	7.93827456143	-0.185703423868	0.0506428095171	0.195179557909	0.0681155839111	0.0547743202726	-0.00788169496701	-0.162642132194	0.308669627814	0.140411078114	0.499732102518	-0.0303194887492	-0.00697349403501	0.584107436766	0.016321112242	0.577891860681	15.2154978389	52.0286092893	45.2945000072
4	0.169313701566	-0.323991475268	-0.644264529531	1.9917331755	2.23453083168	3.64915813203	-0.0472380691051	-0.150217949762	0.124336470811	0.0114120705312	0.296448453407	-0.231076924661	0.0825069343783	0.710231044321	-0.300995557407	0.575972782762	0.00580692730696	-0.0532598578103	1.04479265919	-0.0454132123966	0.695623183612	28.7739751	61.773055338	83.7247495418
5	1.8800637859	0.705083050312	1.47491130804	7.0589962929	6.1861645846	7.99742613119	-0.337157375903	-0.355876314341	0.142396885432	0.903651932883	0.136293743657	0.385196009268	0.584667338388	-0.0319673364942	0.323402068176	0.630194667309	0.0432826135446	0.0592139545047	0.980677399669	-0.0424036581166	0.675532706803	20.4088442561	79.6130147831	111.011603294
6	4.846888345	0.0914284448057	2.91339457817	2.46989414133	0.594385174797	7.09735926022	-0.0424275121954	0.345645006908	-0.110964897848	-0.244432420197	0.265268363841	0.559204603618	-0.293656513914	0.219949335822	-0.169454208589	0.600926935351	-0.0346081522783	0.032297319263	0.793428216926	-0.017970103343	0.664445949293	17.9359019122	78.4625341184	96.9016480084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 47 through 94 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 95 through 189 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 190 through 367 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 368 through 524 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 525 through 572 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 573 through 637 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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