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万見
- PDB-7ary: Twist-Tower_twist-corrected-variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ary
タイトルTwist-Tower_twist-corrected-variant
要素
  • (STAPLE STRAND) x 191
  • SCAFFOLD STRAND
キーワードDNA / DNA Origami
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Kube, M. / Kohler, F. / Feigl, E. / Nagel-Yuksel, B. / Willner, E.M. / Funke, J.J. / Gerling, T. / Stommer, P. / Honemann, M.N. / Martin, T.G. ...Kube, M. / Kohler, F. / Feigl, E. / Nagel-Yuksel, B. / Willner, E.M. / Funke, J.J. / Gerling, T. / Stommer, P. / Honemann, M.N. / Martin, T.G. / Scheres, S.H.W. / Dietz, H.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
European Research Council (ERC)European Union
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Revealing the structures of megadalton-scale DNA complexes with nucleotide resolution.
著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W ...著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W Scheres / Hendrik Dietz /
要旨: The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is ...The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is folded by many short DNA oligonucleotides, can be employed to make objects comprising hundreds of unique DNA strands and thousands of base pairs, thus in principle providing many degrees of freedom for modelling complex objects of defined 3D shapes and sizes. Here, we address the problem of accurate structural validation of DNA objects in solution with cryo-EM based methodologies. By taking into account structural fluctuations, we can determine structures with improved detail compared to previous work. To interpret the experimental cryo-EM maps, we present molecular-dynamics-based methods for building pseudo-atomic models in a semi-automated fashion. Among other features, our data allows discerning details such as helical grooves, single-strand versus double-strand crossovers, backbone phosphate positions, and single-strand breaks. Obtaining this higher level of detail is a step forward that now allows designers to inspect and refine their designs with base-pair level interventions.
履歴
登録2020年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11378
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: SCAFFOLD STRAND
AB: STAPLE STRAND
AC: STAPLE STRAND
AD: STAPLE STRAND
AE: STAPLE STRAND
AF: STAPLE STRAND
AG: STAPLE STRAND
AH: STAPLE STRAND
AI: STAPLE STRAND
AJ: STAPLE STRAND
AK: STAPLE STRAND
AL: STAPLE STRAND
AM: STAPLE STRAND
AN: STAPLE STRAND
AO: STAPLE STRAND
AP: STAPLE STRAND
AQ: STAPLE STRAND
AR: STAPLE STRAND
AS: STAPLE STRAND
AT: STAPLE STRAND
AU: STAPLE STRAND
AV: STAPLE STRAND
AW: STAPLE STRAND
AX: STAPLE STRAND
AY: STAPLE STRAND
AZ: STAPLE STRAND
Aa: STAPLE STRAND
Ab: STAPLE STRAND
Ac: STAPLE STRAND
Ad: STAPLE STRAND
Ae: STAPLE STRAND
Af: STAPLE STRAND
Ag: STAPLE STRAND
Ah: STAPLE STRAND
Ai: STAPLE STRAND
Aj: STAPLE STRAND
Ak: STAPLE STRAND
Al: STAPLE STRAND
Am: STAPLE STRAND
An: STAPLE STRAND
Ao: STAPLE STRAND
Ap: STAPLE STRAND
Aq: STAPLE STRAND
Ar: STAPLE STRAND
As: STAPLE STRAND
At: STAPLE STRAND
Au: STAPLE STRAND
Av: STAPLE STRAND
Aw: STAPLE STRAND
Ax: STAPLE STRAND
Ay: STAPLE STRAND
Az: STAPLE STRAND
A0: STAPLE STRAND
A1: STAPLE STRAND
A2: STAPLE STRAND
A3: STAPLE STRAND
A4: STAPLE STRAND
A5: STAPLE STRAND
A6: STAPLE STRAND
A7: STAPLE STRAND
A8: STAPLE STRAND
A9: STAPLE STRAND
BA: STAPLE STRAND
BB: STAPLE STRAND
BC: STAPLE STRAND
BD: STAPLE STRAND
BE: STAPLE STRAND
BF: STAPLE STRAND
BG: STAPLE STRAND
BH: STAPLE STRAND
BI: STAPLE STRAND
BJ: STAPLE STRAND
BK: STAPLE STRAND
BL: STAPLE STRAND
BM: STAPLE STRAND
BN: STAPLE STRAND
BO: STAPLE STRAND
BP: STAPLE STRAND
BQ: STAPLE STRAND
BR: STAPLE STRAND
BS: STAPLE STRAND
BT: STAPLE STRAND
BU: STAPLE STRAND
BV: STAPLE STRAND
BW: STAPLE STRAND
BX: STAPLE STRAND
BY: STAPLE STRAND
BZ: STAPLE STRAND
Ba: STAPLE STRAND
Bb: STAPLE STRAND
Bc: STAPLE STRAND
Bd: STAPLE STRAND
Be: STAPLE STRAND
Bf: STAPLE STRAND
Bg: STAPLE STRAND
Bh: STAPLE STRAND
Bi: STAPLE STRAND
Bj: STAPLE STRAND
Bk: STAPLE STRAND
Bl: STAPLE STRAND
Bm: STAPLE STRAND
Bn: STAPLE STRAND
Bo: STAPLE STRAND
Bp: STAPLE STRAND
Bq: STAPLE STRAND
Br: STAPLE STRAND
Bs: STAPLE STRAND
Bt: STAPLE STRAND
Bu: STAPLE STRAND
Bv: STAPLE STRAND
Bw: STAPLE STRAND
Bx: STAPLE STRAND
By: STAPLE STRAND
Bz: STAPLE STRAND
B0: STAPLE STRAND
B1: STAPLE STRAND
B2: STAPLE STRAND
B3: STAPLE STRAND
B4: STAPLE STRAND
B5: STAPLE STRAND
B6: STAPLE STRAND
B7: STAPLE STRAND
B8: STAPLE STRAND
B9: STAPLE STRAND
CA: STAPLE STRAND
CB: STAPLE STRAND
CC: STAPLE STRAND
CD: STAPLE STRAND
CE: STAPLE STRAND
CF: STAPLE STRAND
CG: STAPLE STRAND
CH: STAPLE STRAND
CI: STAPLE STRAND
CJ: STAPLE STRAND
CK: STAPLE STRAND
CL: STAPLE STRAND
CM: STAPLE STRAND
CN: STAPLE STRAND
CO: STAPLE STRAND
CP: STAPLE STRAND
CQ: STAPLE STRAND
CR: STAPLE STRAND
CS: STAPLE STRAND
CT: STAPLE STRAND
CU: STAPLE STRAND
CV: STAPLE STRAND
CW: STAPLE STRAND
CX: STAPLE STRAND
CY: STAPLE STRAND
CZ: STAPLE STRAND
Ca: STAPLE STRAND
Cb: STAPLE STRAND
Cc: STAPLE STRAND
Cd: STAPLE STRAND
Ce: STAPLE STRAND
Cf: STAPLE STRAND
Cg: STAPLE STRAND
Ch: STAPLE STRAND
Ci: STAPLE STRAND
Cj: STAPLE STRAND
Ck: STAPLE STRAND
Cl: STAPLE STRAND
Cm: STAPLE STRAND
Cn: STAPLE STRAND
Co: STAPLE STRAND
Cp: STAPLE STRAND
Cq: STAPLE STRAND
Cr: STAPLE STRAND
Cs: STAPLE STRAND
Ct: STAPLE STRAND
Cu: STAPLE STRAND
Cv: STAPLE STRAND
Cw: STAPLE STRAND
Cx: STAPLE STRAND
Cy: STAPLE STRAND
Cz: STAPLE STRAND
C0: STAPLE STRAND
C1: STAPLE STRAND
C2: STAPLE STRAND
C3: STAPLE STRAND
C4: STAPLE STRAND
C5: STAPLE STRAND
C6: STAPLE STRAND
C7: STAPLE STRAND
C8: STAPLE STRAND
C9: STAPLE STRAND
DA: STAPLE STRAND
DB: STAPLE STRAND
DC: STAPLE STRAND
DD: STAPLE STRAND
DE: STAPLE STRAND
DF: STAPLE STRAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,003,104192
ポリマ－5,003,104192
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
DNA鎖 , 192種, 192分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAXAYAZAaAbAcAd...

#1: DNA鎖 SCAFFOLD STRAND


分子量: 2488158.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14609.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16407.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14880.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14655.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17015.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14668.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#8: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9573.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#9: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 8606.558 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#10: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14727.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#11: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9898.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#12: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16055.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#13: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11573.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14244.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#15: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14228.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14805.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#17: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14677.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#18: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14196.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#19: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15248.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#20: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14434.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#21: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12372.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#22: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13858.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#23: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14787.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#24: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11468.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#25: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14538.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#26: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12250.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#27: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16349.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#28: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12021.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#29: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9423.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#30: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13921.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#31: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15948.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#32: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14109.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#33: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9283.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#34: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12051.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#35: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14812.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#36: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12324.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#37: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11671.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#38: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17119.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#39: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11654.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#40: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13751.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#41: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14176.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#42: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14698.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#43: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9945.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#44: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14875.593 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#45: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14878.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#46: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16631.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#47: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14074.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#48: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14815.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#49: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14577.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#50: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13792.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#51: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9660.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#52: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9224.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#53: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9749.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#54: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14808.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#55: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14151.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#56: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9255.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#57: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13771.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#58: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13895.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#59: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14930.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#60: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14728.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#61: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18242.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#62: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11705.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#63: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14746.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#64: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9572.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#65: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18436.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#66: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16358.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#67: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9761.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#68: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11705.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#69: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14472.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#70: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17520.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#71: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13815.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#72: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13942.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#73: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14782.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#74: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13834.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#75: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14886.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#76: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9295.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#77: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13780.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#78: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13839.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#79: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13967.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#80: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11620.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#81: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14658.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#82: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16090.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#83: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11840.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#84: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9758.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#85: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9412.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#86: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13757.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#87: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16033.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#88: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14385.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#89: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14306.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#90: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11873.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#91: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13904.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#92: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14808.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#93: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13683.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#94: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11690.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#95: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11783.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#96: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12245.937 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#97: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14997.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#98: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14888.665 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#99: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9313.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#100: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12452.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#101: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11633.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#102: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13229.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#103: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13794.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#104: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14634.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#105: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14847.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#106: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11722.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#107: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9192.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#108: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13860.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#109: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15141.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#110: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12269.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#111: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11322.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#112: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15989.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#113: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9385.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#114: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12339.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#115: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9229.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#116: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16067.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#117: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9239.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#118: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17218.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#119: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14861.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#120: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9529.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#121: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13986.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#122: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11455.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#123: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16086.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#124: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11602.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#125: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9716.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#126: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9881.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#127: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9378.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#128: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18116.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#129: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 15993.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#130: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12278.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#131: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9452.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#132: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16531.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#133: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9247.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#134: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14952.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#135: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17204.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#136: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9633.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#137: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9828.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#138: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12427.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#139: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9158.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#140: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16683.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#141: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14714.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#142: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13906.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#143: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14811.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#144: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11594.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#145: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9306.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#146: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9821.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#147: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14599.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#148: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14710.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#149: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14959.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#150: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14294.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#151: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12003.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#152: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14019.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#153: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9286.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#154: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11731.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#155: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9111.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#156: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12107.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#157: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11735.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#158: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13966.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#159: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14768.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#160: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16680.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#161: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14257.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#162: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13781.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#163: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11569.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#164: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13785.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#165: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11351.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#166: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11350.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#167: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11035.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#168: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11726.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#169: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 12119.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#170: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11739.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#171: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11103.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#172: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11305.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#173: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9468.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#174: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11432.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#175: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13830.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#176: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 16013.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#177: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18364.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#178: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14518.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#179: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9928.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#180: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11407.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#181: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 17501.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#182: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13676.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#183: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14441.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#184: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14404.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#185: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11631.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#186: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11510.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#187: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 18455.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#188: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 13218.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#189: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14291.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#190: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 11680.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#191: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 14155.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#192: DNA鎖 STAPLE STRAND


分子量: 9594.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TwistTower_twist-corrected-vaiant DNA nanostructure / タイプ: COMPLEX
詳細: multilayer DNA origami nanoobject consisting of 4 domains with crosssections of 2x2, 4x4, 6x6, and 8x8 helices arranged on a square lattice. Twist corrected variant using 1 "skip" per 32bp ...詳細: multilayer DNA origami nanoobject consisting of 4 domains with crosssections of 2x2, 4x4, 6x6, and 8x8 helices arranged on a square lattice. Twist corrected variant using 1 "skip" per 32bp segment corresponding to a periodicity of 10.33bp/turn
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: monodisperse, 900nM
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: CEOS Cs corrector
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 47000 X / Calibrated defocus min: 328.5 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2444.2 nm / Cs: 0.01 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 51 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
実像数: 5911 / 詳細: magnified pixel size 1.39 A
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
11RELION2最終オイラー角割当
12RELION3最終オイラー角割当
14RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94834
詳細: Resolution of domains (Multibody Refinement): 2x2: 10.0A, 4x4: 7.7A, 6x6: 8.1A, 8x8: 8.0A -> composite map: 8.1 A (weighted average)
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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