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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7arr | ||||||
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タイトル | The de novo designed hybrid alpha/beta-miniprotein | ||||||
![]() | alpha/beta-peptide | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / alpha/beta-peptide / foldamer | ||||||
機能・相同性 | trifluoroacetic acid![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bejger, M. / Fortuna, P. / Drewniak-Switalska, M. / Rypniewski, W. / Berlicki, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A computationally designed beta-amino acid-containing miniprotein. 著者: Bejger, M. / Fortuna, P. / Drewniak-Switalska, M. / Plewka, J. / Rypniewski, W. / Berlicki, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7arsC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4081.618 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-TFA / | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate 0.1 M HEPES pH 7.5 25 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97626 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 49390 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.17 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 7.34 / Num. unique obs: 7297 / CC1/2: 0.98 / % possible all: 80.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: not deposited 解像度: 1.1→29.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 1.174 / SU ML: 0.024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.16 Å2 / Biso mean: 14.162 Å2 / Biso min: 6.17 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.1→29.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.1→1.129 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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