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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7apu
タイトルStructure of Adenylate kinase from Escherichia coli in complex with two ADP molecules refined at 1.36 A resolution.
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PHOSPHOTRANSFERASE / ADENYLATE KINASE / COMPLEX WITH TWO ADP / PROTEIN DYNAMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage ...purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.36 Å
データ登録者Grundstom, C. / Wolf-Watz, M. / Nam, K. / Sauer, U.H.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Dynamic Connection between Enzymatic Catalysis and Collective Protein Motions.
著者: Ojeda-May, P. / Mushtaq, A.U. / Rogne, P. / Verma, A. / Ovchinnikov, V. / Grundstrom, C. / Dulko-Smith, B. / Sauer, U.H. / Wolf-Watz, M. / Nam, K.
履歴
登録2020年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9958
ポリマ－47,2402
非ポリマー1,7556
水10,611589
1
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4974
ポリマ－23,6201
非ポリマー8773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4974
ポリマ－23,6201
非ポリマー8773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.754, 82.226, 78.783
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-408-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase


分子量: 23620.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: adk, dnaW, plsA, b0474, JW0463 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P69441, adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: rods
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: AdK at 18.3 mg/ml was mixed with 5 mM each of AMP and GTP in 30 mM MOPS buffer pH 7, containing 50 mM NaCl. Hanging drop: 2 ul of AdK, preincubated with AMP and GTP, and 2 ul of precipitant ...詳細: AdK at 18.3 mg/ml was mixed with 5 mM each of AMP and GTP in 30 mM MOPS buffer pH 7, containing 50 mM NaCl. Hanging drop: 2 ul of AdK, preincubated with AMP and GTP, and 2 ul of precipitant buffer containing 30% PEG 4000, 0.2 M NH4CH3CO2 (Ammonium Acetate), buffered with 100 mM CH3COONa (Sodium Acetate) adjusted to pH 4.6.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.36→44.81 Å / Num. obs: 99761 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 16.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.36-1.417.31.0171.995060.6820.3971.09496
5.27-44.816.80.03219220.9980.0130.03598.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AKE

1ake


解像度: 1.36→44.81 Å / SU ML: 0.163 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.8338
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 5028 5.04 %
Rwork0.1843 94693 -
obs0.1854 99721 97.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.36→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 110 589 4011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01373559
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.56414834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1007537
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0119623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8035531
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.36-1.380.34861690.31182995X-RAY DIFFRACTION93.97
1.38-1.390.30721410.30033114X-RAY DIFFRACTION96.79
1.39-1.410.31561710.28093074X-RAY DIFFRACTION96.52
1.41-1.430.311590.26723062X-RAY DIFFRACTION96.24
1.43-1.450.27911710.25973093X-RAY DIFFRACTION97.37
1.45-1.460.23751550.25093079X-RAY DIFFRACTION96.25
1.47-1.490.27691780.23193108X-RAY DIFFRACTION96.93
1.49-1.510.23721530.22663092X-RAY DIFFRACTION97.42
1.51-1.530.23361660.21743103X-RAY DIFFRACTION97.15
1.53-1.560.24441700.21863107X-RAY DIFFRACTION97.36
1.56-1.580.25261570.2143134X-RAY DIFFRACTION97.34
1.58-1.610.2451740.21793113X-RAY DIFFRACTION97.74
1.61-1.640.23091610.20963146X-RAY DIFFRACTION97.87
1.64-1.680.21680.20813139X-RAY DIFFRACTION97.81
1.68-1.710.25461530.20293135X-RAY DIFFRACTION97.11
1.71-1.750.20891680.19223116X-RAY DIFFRACTION97.45
1.75-1.80.2321660.19023130X-RAY DIFFRACTION97.51
1.8-1.850.22021660.19123129X-RAY DIFFRACTION97.98
1.85-1.90.23541690.19093176X-RAY DIFFRACTION98.44
1.9-1.960.23991820.18973167X-RAY DIFFRACTION98.3
1.96-2.030.19191750.18853161X-RAY DIFFRACTION98.87
2.03-2.110.21861900.1953193X-RAY DIFFRACTION99.12
2.11-2.210.20971580.17843161X-RAY DIFFRACTION97.85
2.21-2.330.19491720.17243223X-RAY DIFFRACTION99.39
2.33-2.470.21651630.18053229X-RAY DIFFRACTION99.21
2.47-2.660.23471720.18483239X-RAY DIFFRACTION99.48
2.66-2.930.20021670.18713275X-RAY DIFFRACTION99.42
2.93-3.350.18511800.17373234X-RAY DIFFRACTION98.78
3.35-4.220.16981610.15563334X-RAY DIFFRACTION99.69
4.22-44.810.16051930.1513432X-RAY DIFFRACTION98.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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