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- PDB-1ake: STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ADENYLATE KINASE FROM ESCHERICHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ake
タイトルSTRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN ADENYLATE KINASE FROM ESCHERICHIA COLI AND THE INHIBITOR AP5A REFINED AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION: A MODEL FOR A CATALYTIC TRANSITION STATE
要素ADENYLATE KINASE
キーワードTRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide interconversion / adenine metabolic process / nucleoside monophosphate metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding ...purine ribonucleotide interconversion / adenine metabolic process / nucleoside monophosphate metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / AMP kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Adenylate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mueller, C.W. / Schulz, G.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of the complex between adenylate kinase from Escherichia coli and the inhibitor Ap5A refined at 1.9 A resolution. A model for a catalytic transition state.
著者: Muller, C.W. / Schulz, G.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Induced-Fit Movements in Adenylate Kinases
著者: Schulz, G.E. / Mueller, C.W. / Diederichs, K.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Structure of the Complex of Adenylate Kinase from Escherichia Coli with the Inhibitor P1, P5-Bis (Adenosine-5'-) Pentaphosphate
著者: Mueller, C.W. / Schulz, G.E.
履歴
登録1991年11月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADENYLATE KINASE
B: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0734
ポリマ－47,2402
非ポリマー1,8332
水6,810378
1
A: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5362
ポリマ－23,6201
非ポリマー9161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADENYLATE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5362
ポリマ－23,6201
非ポリマー9161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.200, 79.800, 85.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 87 / 2: CIS PROLINE - PRO B 87
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995341, 0.068333, 0.068023), (0.038108, 0.92686, -0.373469), (-0.088568, -0.369136, -0.925145)
ベクター: 38.70362, 47.46029, 42.28705)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON THE *MTRIX* RECORDS WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*.

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要素

#1: タンパク質 ADENYLATE KINASE


分子量: 23620.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69441, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.17 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 202.909-912 1988
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120-25 mg/mlprotein1drop
22 mMAp5A1drop
350 mMMES1drop
41.5 %(w/v)PEG15001drop
51.5 Mammonium sulfate1drop
650 mMMES1reservoir
72.0-2.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 40700 / % possible obs: 94.1 % / Num. measured all: 156159 / Rmerge(I) obs: 0.147
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.98 Å / % possible obs: 92.8 % / Num. unique obs: 7170 / Rmerge(I) obs: 0.805

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / Rfactor Rwork: 0.196 / Rfactor obs: 0.196 / σ(F): 0
詳細: IN COMPLEX-I ARG 167 AND PHOSPHATE-4 OF AP5 ADOPT TWO CONFORMATIONS. BOTH CONFORMATIONS WERE REFINED ALTERNATINGLY. NOTE THAT THE DISTANCE PD - O3D FOR CONFORMATION A OF AP5 A 215 IS 2.13 ...詳細: IN COMPLEX-I ARG 167 AND PHOSPHATE-4 OF AP5 ADOPT TWO CONFORMATIONS. BOTH CONFORMATIONS WERE REFINED ALTERNATINGLY. NOTE THAT THE DISTANCE PD - O3D FOR CONFORMATION A OF AP5 A 215 IS 2.13 ANGSTROMS WHICH IS LARGER THAN EXPECTED. NOTE FURTHER THAT CONFORMATION A OF THIS ENTRY CORRESPONDS TO CONFORMATION A' OF THE PAPER CITED ON JRNL RECORDS ABOVE AND CONFORMATION B CORRESPONDS TO CONFORMATION B' OF THE PUBLICATION.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 121 378 3816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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