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万見
- PDB-7ap8: Atomic structure of the poxvirus initially transcribing complex i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ap8
タイトルAtomic structure of the poxvirus initially transcribing complex in conformation 2
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase ...) x 7
  • (Synthetic promoter DNA oligomer, ...) x 2
  • DNA-directed RNA polymerase
  • Protein H4
  • RNA (5'-R(P*AP*UP*AP*AP*A)-3')
キーワードTRANSCRIPTION / Vaccinia / Virus / RNA polymerase / DNA-dependent / initiation complex / PIC / poxvirus / poxviridae
機能・相同性
機能・相同性情報


viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-binding transcription factor activity ...viral transcription / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription termination / virion component / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal ...RNA polymerase-associated transcription specificity factor Rap94 / RNA polymerase-associated transcription specificity factor, Rap94 / DNA-directed RNA polymerase, 18kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 35kDa subunit, poxviral / RNA polymerase, 22kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 19kDa subunit, poxviral / DNA-directed RNA polymerase, 7kDa polypeptide, chordopoxviral / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type / RNA polymerase, 132kDa subunit, poxvirus-type / RNA polymerase, 30kDa subunit, chordopox-type, N-terminal / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 18 kD subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase, 35 kD subunit / Poxvirus RNA polymerase 22 kDa subunit / Poxvirus DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / Chordopoxvirus DNA-directed RNA polymerase 7 kDa polypeptide (RPO7) / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase 30kDa subunit / Poxvirus DNA dependent RNA polymerase / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit ...DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Grimm, C. / Bartuli, J. / Fischer, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)Fi-573/20-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the complete poxvirus transcription initiation process.
著者: Clemens Grimm / Julia Bartuli / Bettina Boettcher / Aladar A Szalay / Utz Fischer /
要旨: Poxviruses express their genes in the cytoplasm of infected cells using a virus-encoded multi-subunit polymerase (vRNAP) and unique transcription factors. We present cryo-EM structures that uncover ...Poxviruses express their genes in the cytoplasm of infected cells using a virus-encoded multi-subunit polymerase (vRNAP) and unique transcription factors. We present cryo-EM structures that uncover the complete transcription initiation phase of the poxvirus vaccinia. In the pre-initiation complex, the heterodimeric early transcription factor VETFs/l adopts an arc-like shape spanning the polymerase cleft and anchoring upstream and downstream promoter elements. VETFI emerges as a TBP-like protein that inserts asymmetrically into the DNA major groove, triggers DNA melting, ensures promoter recognition and enforces transcription directionality. The helicase VETFs fosters promoter melting and the phospho-peptide domain (PPD) of vRNAP subunit Rpo30 enables transcription initiation. An unprecedented upstream promoter scrunching mechanism assisted by the helicase NPH-I probably fosters promoter escape and transition into elongation. Our structures shed light on unique mechanisms of poxviral gene expression and aid the understanding of thus far unexplained universal principles in transcription.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / em_admin ...citation / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11850
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide
B: DNA-directed RNA polymerase
C: DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit
E: DNA-directed RNA polymerase subunit
F: DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit
G: DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit
I: Protein H4
J: DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit
N: Synthetic promoter DNA oligomer, non-template strand
P: RNA (5'-R(P*AP*UP*AP*AP*A)-3')
S: DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide
T: Synthetic promoter DNA oligomer, template strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)543,88817
ポリマ－543,60212
非ポリマー2865
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area74550 Å2
ΔGint-390 kcal/mol
Surface area149850 Å2
手法PISA

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要素

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DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ACEFGJS

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 147 kDa polypeptide


分子量: 146995.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q1PIV1, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 35 kDa subunit


分子量: 35430.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q49PG1, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 21365.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: A4GDF1, DNA-directed RNA polymerase
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 19 kDa subunit


分子量: 19020.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q49QC8, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 18 kDa subunit


分子量: 17917.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q49PL6, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 7 kDa subunit


分子量: 7299.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q49QI2, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase 30 kDa polypeptide


分子量: 29834.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: H2DZ00, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 2種, 2分子 BI

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase


分子量: 133526.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q49PH2, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 Protein H4 / RNA polymerase-associated transcription-specificity factor RAP94 / RPO-associated protein of 94 kDa


分子量: 93667.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q1PIU7

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Synthetic promoter DNA oligomer, ... , 2種, 2分子 NT

#9: DNA鎖 Synthetic promoter DNA oligomer, non-template strand


分子量: 18417.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
#12: DNA鎖 Synthetic promoter DNA oligomer, template strand


分子量: 18547.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#10: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*UP*AP*AP*A)-3')


分子量: 1578.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)
発現宿主: Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)

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非ポリマー , 2種, 5分子

#13: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Vaccinia transcription pre-initiation complexCOMPLEX#1-#120MULTIPLE SOURCES
2Vaccinia transcription pre-initiation complexCOMPLEX#1-#8, #111NATURAL
3RNACOMPLEX#101RECOMBINANT
4DNACOMPLEX#9, #121RECOMBINANT
分子量値: 0.67 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)502057
23Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)502057
34Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)502057
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
13Vaccinia virus GLV-1h68 (ウイルス)502057
24synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: monodisperse sample prepared by sucrose gradient centrifugation
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 74.99 sec. / 電子線照射量: 78.9 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73035 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00332235
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54443747
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.46612195
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0434952
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0035392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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